kkjtmac commented 1 year ago

生信爱好者周刊（第 71 期）：

这里记录每周值得分享的生信相关内容，周日发布。

本杂志开源（GitHub: ShixiangWang/weekly），欢迎提交 issue，投稿或推荐生信相关内容。

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封面图 2021年旅行摄影师大赛获奖作品：美国丹纳利国家公园 by Fortunato Gatto

本周话题：博士生真的需要一天看20篇文献吗？

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第 30期：生信的核心修炼道路在哪里？

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「Openbiox 生信周刊」运维小队：

@ShixiangWang（王诗翔）
@kkjtmac（阚科佳）
@NiEntropy（赵启祥）
@He-Kai-fly（何凯）
@JnanZhang（张佳楠）
@Tomcxf（陈啸枫）
@wangdepin（王德品）
@kongjianyang（空间阳）

1、[Nature | 原发和转移性脑肿瘤的单细胞空间免疫图谱](https://mp.weixin.qq.com/s/Q0i-jzudZDVbfGwyBH4S9A) 作者使用成像质谱流式术分析了139例高恶性度胶质瘤和46例脑转移瘤，获得了389张高维度组织病理学图像，对其中116万个细胞进行分类，包括肿瘤细胞，星形胶质细胞，血管和超过16种免疫细胞群。和预期的一样，在基质细胞中主要细胞类型为GFAP阳性的星形胶质细胞和CD68阳性的巨噬细胞，而淋巴细胞占比很小。文章中，作者构建了单细胞交互网络，在原发性脑肿瘤中，作者发现相比于女性，男性患者肿瘤组织中外周源性的单核细胞出现频率更高，说明了对癌症的免疫反应具有潜在的性别差异。另外与胶质母细胞瘤相比，脑转移瘤中有更多和更高密度的NK细胞，中性粒细胞，巨噬细胞，经典单核细胞和T细胞，且在年轻患者的脑转移瘤核心区出现更多的中性粒细胞，树突状细胞和CD4阳性T细胞。除此之外，脑转移瘤血管内皮细胞与肿瘤细胞高度交互作用，血脑屏障中的连接蛋白claudin-5在肿瘤相邻内皮细胞中和脑转移核心区表达较低，促进了肿瘤在脑内的定植。

7、[专访邱肖杰博士，揭秘RNA速度矢量场和“细胞命运”预测器dynamo、Monocle 2/ 3算法的开发史](https://mp.weixin.qq.com/s/pkImvh7V32GgmQDUew9xNg) 《时空对话》栏目有幸邀请到美国麻省理工学院教授Jonathan Weissman组博士后邱肖杰进行访谈，围绕“细胞命运”预测器dynamo的开发、Monocle算法的开发过程、心得，以及其在单细胞领域的其他最新进展进行分享。 14、[ChatGPT 中文调教指南](https://github.com/PlexPt/awesome-chatgpt-prompts-zh) ChatGPT是由OpenAI训练的一款大型语言模型，能够和你进行任何领域的对话。官网是 https://ai.com/ 国内中文版它能够生成类似于人类写作的文本。只需要给出提示或提出问题，它就可以生成你想要的东西。只需按照README.md文件中的提示输入，就找到可与 ChatGPT 一起使用的各种提示。

NiEntropy commented 1 year ago

2、10、11

4、6、9

1、7、14

3、5、8

NiEntropy commented 1 year ago

3、[贝多芬的基因组被解码](https://mp.weixin.qq.com/s/9Nwi4jJniZbcrKi47zUXBQ)

贝多芬是一位克服了听力损失和肝病等困难的音乐天才，他的遗愿是让世人了解他的病情。现在，科学家们从他的头发中提取了他的基因组进行测序，揭示了他的健康问题和死亡原因，以及他的父系祖先的秘密。

论文链接：https://www.cell.com/current-biology/pdfExtended/S0960-9822(23)00181-1

5、[UMI和barcode](https://mp.weixin.qq.com/s/U2m2b4wUH9FYxd9OH7nMxg)

barcode标记样本，UMI标记分子。一个UMI和barcode结合使用的例子：假设我们有96个样本，使用96种barcode分别对它们进行标记，各自建库，在有barcode标记的情况下，就可以把这96种文库混合在一起进行NGS测序。假设A样本用1号barcode进行了标记，但是A样本里面总共包括有3000个DNA分子，其中又有3个分子是发生了突变的，另外2997个是野生型的。为了准确识别这3个突变分子，我们选用3000种条形码，给每个分子加一个标记，这种标记就是UMI。

8、[zotero-style](https://github.com/MuiseDestiny/zotero-style)

由MuiseDestiny开发和维护的Zotero插件，用于创建个性化的Zotero样式。它可以修改和增加一些有趣的列，比如标题、进度、标签、评分等，还可以显示PDF的阅读时间分布和注释字数。它还可以生成期刊标签，表示出版物的等级和影响因子。它还可以显示关系图谱，展示文献间的相关性。

中文手册：https://www.notion.so/Zotero-Style-bc2aebbbb6df4b7baa858e376e4fc5be
github：https://github.com/MuiseDestiny/zotero-style

ShixiangWang commented 1 year ago

2、[Nature Methods | SODB 促进空间组学数据探索](https://mp.weixin.qq.com/s/2jpceJmsLkpp5chLA3dyIA)

该研究介绍了空间组学数据库(SODB)，这是一个基于Web的平台，提供丰富的数据资源和一套交互式数据分析模块。SODB目前维护着>25空间组学技术的> 2400个实验，这些实验作为与各种计算包兼容的统一数据格式免费访问。

论文链接：https://www.nature.com/articles/s41592-023-01773-7

10、[codeapp | 用 iPad 来写代码](https://mp.weixin.qq.com/s/q_RhkRmf-xomHrBV0lBmUw)

这款代码编辑器内置了 Node.js、Python、C、C++、PHP 等多种开发环境，自带 Git、Pip、NPM 等工具，可连接并管理远程服务器。

GitHub：https://github.com/thebaselab/codeapp

11、[MOVICS | 癌症分型中的多组学集成和可视化](https://github.com/xlucpu/MOVICS)

MOVICS的目标是为10种最先进的多组学聚类算法提供统一接口，并对每种算法的输出进行标准化，从而形成下游分析的管道。MOVICS集成了癌症亚型研究中最常用的下游分析，并能够以最小的努力创建丰富的可定制可视化特征。

kongjianyang commented 1 year ago

4、Sincast：利用bulk RNAseq定义细胞功能亚群

Sincast是一个新的用于查询单细胞RNA测序数据(SIN)的计算框架，它通过将这些数据投影到一个大量的参考图集(CAST)中进行查询。在进行投影之前，单细胞数据会被转换成与bulk数据直接比较的形式，以便解决单细胞表达谱稀疏的问题。值得注意的是，Sincast不需要进行批量效应校正，细胞身份连续预测，以突显在参考图谱中未发现的新细胞状态。这样做有助于完整地描述单细胞数据的特征，使其更好地理解其生物学意义。