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生信爱好者周刊（每周日发布）
https://openbiox.github.io/weekly/
354 stars 26 forks source link

【周刊】第 82 期 #1693

Closed ShixiangWang closed 1 year ago

ShixiangWang commented 1 year ago

生信爱好者周刊（第 82 期）：一种新的数字表示方法 Posits

这里记录每周值得分享的生信相关内容，周日发布。

本杂志开源（GitHub: openbiox/weekly），欢迎提交 issue，投稿或推荐生信相关内容。

「生信周刊讨论区」

封面图

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森林小屋-图源。

本周话题：一种新的数字表示方法 Posits

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（完）

kkjtmac commented 1 year ago

3、7、10、12

ShixiangWang commented 1 year ago

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NiEntropy commented 1 year ago

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kongjianyang commented 1 year ago

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kongjianyang commented 1 year ago

6、gtExtras：协助gt包创建美观表格的R包

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gtExtras是一款协助gt包创建美观表格的R包，除了内置的7种表格主题，用户还可以自定义主题。除此之外，使用该包还能在表格内添加一些图标或者图像，甚至可以在表格内绘制一些简单的条形图或者数据分布图，是一款非常强大的表格可视化包。

13、alist：一个支持多存储的文件列表程序

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alist是一个支持多种存储，支持网页浏览和 WebDAV 的文件列表程序，由 gin 和 Solidjs 驱动。支持docker安装，可以在全平台使用。

16、FreeTube：

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FreeTube 是一款开源的桌面 YouTube 播放器，在构建时充分考虑了隐私。使用时可以自动跳过所有广告，无需帐户即可订阅频道，并且可以防止 Google 使用 cookie 和 JavaScript 跟踪您。软件可用于 Windows、Mac 和 Linux平台。

ShixiangWang commented 1 year ago

2、[Science | 智慧之图：人类多器官单细胞转录组学图谱](https://www.science.org/doi/10.1126/science.abl4896)

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《智慧之图》是人体超过400种细胞类型的分子参考图谱。智慧之图联盟利用单细胞转录组学技术，对来自24种组织和器官的近50万个细胞的信使RNA分子进行了测量。这些数据为我们提供了关于人类基因组构成如何用于在人体内创建独特细胞类型的全新洞见。除了创建了这些细胞类型的详细分子定义外，该图谱还揭示了人类生物学的许多其他方面，包括同一基因如何在不同细胞类型中发生不同剪接，不同组织中共享的细胞类型如何在其身份上有微妙差异，以及免疫系统的克隆如何在多个组织之间共享。

5、[Cell Genomics | De novo提取算法SigProfilerExtractor在癌症基因数据中发现4种新突变特征](https://mp.weixin.qq.com/s/jqDYlezxmFhIBKQsW3NKbg)

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SigProfilerExtractor和其他13个突变特征提取工具在34个不同场景中的比较表明，SigProfilerExtractor对噪音具有很强的鲁棒性，并且突变特征De novo提取方面优于所有其他计算工具。将SigProfilerExtractor应用于全基因组泛癌分析项目（PCAWG）发布的2778个全基因组测序（WGS）和19184个全外显子组测序（WES）数据，揭示了四种新的突变特征。

8、[跨越生物信息学“数据鸿沟”，解码基因储存的奥秘](https://mp.weixin.qq.com/s/EghQw5Fykxab7l4XPm4Pbg)

在大数据、人工智能和高性能计算逐渐融合的趋势下，面临海量生物数据的生物信息学领域虽然存在着“数据鸿沟”，面临着诸多挑战，但也为行业发展带来新的机会。

19、[根据 RNA 测序数据进行T细胞受体库重建和分析](https://mp.weixin.qq.com/s/qg01zt-MU9xo3bsnDHPTKg)

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这里介绍了一个分析 TCR 的 nextflow 流程。

Tomcxf commented 1 year ago

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NiEntropy commented 1 year ago

2023-7-1 第82期

1、[Science | 果蝇全生命周期的单细胞图谱 Aging Fly Cell Atlas](https://mp.weixin.qq.com/s/mu8STUgFHZLyN7m2kJTTgQ)

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果蝇从卵到成虫的存活时间称为果蝇寿命。它受温度和食物供应等环境因素的影响，一般为 10 至 50 天。Aging Fly Cell Atlas 是黑腹果蝇不同生命周期的单核转录组图谱，揭示了雄性和雌性果蝇一生中多数组织的变化。研究团队还开发了衰老时钟模型，发现核糖体基因表达是一个保守的年龄预测因子，并且细胞类型特异性的衰老模式可以用来衡量生物年龄。

9、[PRIMUS | 单细胞数据整合包](https://mp.weixin.qq.com/s/in2ju7wIAKVrdSk5jGxjPg) Untitled 1

PRIMUS是一种能够同时考虑数据来源（如患者、样本、数据集）特定的组分和技术噪声，从 scRNA-seq 数据中发现细胞表型的整体聚类方法。PRIMUS 采用双线性泊松回归模型，将表达数据分解为明确的干扰因素、未定义的细胞表型以及它们对应的转录组学特征。

20、[openverse | 创意作品库](https://openverse.org/)

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Openverse是一个免费的创意作品库，包括超过7亿张照片、图像和音频，所有内容都是在创意共享许可证下或属于公共领域的，可以自由使用。

ShixiangWang commented 1 year ago

@kkjtmac @Tomcxf

Tomcxf commented 1 year ago

4.【推荐】文章 | Nanocompore: A software using nanopore dRNA-seq data to detect RNA modification 大多数利用纳米孔dRNA-seq数据检测RNA修饰的软件都无法避免使用Tombo的结果。但Tombo并不适合最新的fast5格式。作者开发的Nanocompore，通过利用nanopolish的结果进行RNA修饰检测来解决这个问题。 worflow 链接：https://www.nature.com/articles/s41467-021-27393-3 11.【推荐】工具 | groundhog groundhog通过将 library（pkg） 替换为 groundhog.library（pkg，date） 来重现 R 脚本. groundhog.library（） 可以加载在 CRAN 上选定日期可用的包及其依赖项。如果需要，其会自动安装软件包， 而且安装将保留（而不是替换）该包的现有其他版本。与此同时，所有操作系统和 R 版本都可安装/加载相同的包版本。 image 链接：https://github.com/CredibilityLab/groundhog 14.【推荐】工具 | sunmao-ui Sunmao(榫卯)是一个前端低代码框架。通过 Sunmao，您可以轻松将各种前端 UI 组件库和自己开发的前端组件，封装成低代码组件库，从而搭建您自己的低代码 UI 开发工具，使前端开发变得如榫卯般严丝合缝。 链接：https://github.com/smartxworks/sunmao-ui/blob/develop/docs/zh/README.md 15.【推荐】工具 | PyOxidizer PyOxidizer是一个用于生成嵌入 Python 的二进制文件的实用程序。 其首要目标是使复杂的包装和分发问题变得简单，以此让程序维护者可以专注于构建应用程序，而不是在构建系统和打包的工作中耗费精力。 链接：https://github.com/indygreg/PyOxidizer

ShixiangWang commented 1 year ago

Thanks all.