ShixiangWang commented 8 months ago

生信爱好者周刊（第 102 期）：

这里记录每周值得分享的生信相关内容，周日发布。

本杂志开源（GitHub: openbiox/weekly），欢迎提交 issue，投稿或推荐生信相关内容。

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本周话题：

https://github.com/openbiox/weekly/issues/1890

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「Openbiox 生信周刊」运维小队：

@ShixiangWang（王诗翔）
@kkjtmac（阚科佳）
@NiEntropy（赵启祥）
@He-Kai-fly（何凯）
@JnanZhang（张佳楠）
@Tomcxf（陈啸枫）
@wangdepin（王德品）
@kongjianyang（空间阳）

2 . Nat Gen | 环状染色体外DNA促进肿瘤异质性

2023年11月9日，美国加利福尼亚大学圣迭戈分校医学系的Lukas Chavez教授在杂志Nature Genetics上发表了题为“Circular extrachromosomal DNA promotes tumor heterogeneity in high-risk medulloblastoma”的研究论文。文中通过回顾性分析髓母细胞瘤的WGS和临床结果数据，揭示了髓母细胞瘤中ecDNA的频率和多样性，阐明了ecDNA在髓母细胞瘤发病机制中的分子作用。

论文链接：https://www.nature.com/articles/s41588-023-01551-3

3. Nat Cancer | 于吉洋组开发基于基因网络的标记物模型可预测乳腺癌病人对HDAC6抑制剂Ricolinostat的反应

Ricolinostat药物敏感度预测模型的开发与评估

2022年12月30日，来自美国西奈山伊坎医学院（Icahn School of Medicine at Mount Sinai）的Jose Silva研究团队、来自美国圣裘德儿童研究医院（St. Jude Children’s Research Hospital）的于吉洋研究团队以及来自哥伦比亚大学欧文医学中心（Columbia University Irving Medical Center）的Kevin Kalinsky研究团队在Nature Cancer发表了题为Network-based assessment of HDAC6 activity is highly predictive of pre-clinical and clinical response to the HDAC6 inhibitor ricolinostat的研究论文。该研究基于乳腺癌基因调控网络开发了新的药物敏感度预测模型，可准确预测临床前及临床样本对Ricolinostat的治疗反应。同时该研究通过开展Ib期临床试验证明了Ricolinostat与紫杉醇（Paclitaxel）联合用药方案治疗乳腺癌的安全性与有效性，并通过多组学数据分析揭示了Ricolinostat抑制乳腺癌肿瘤发生发展的新机制。

论文链接：https://www.nature.com/articles/s43018-022-00489-5

8. 深度操作系统deepin V23 Alpha正式发布

深度操作系统 V23 发布了首个 Alpha 版本，这是 V23 的阶段性版本。公告写道，设计上，deepin V23 基于最新的 “行云设计” 理念，从 UI 界面、交互体验上，为用户呈现崭新视界；功能上，积极响应社区用户反馈的需求，开发并集成许多实用功能，满足用户在更多场景下的使用需求。其他变化包括对大量使用问题进行修复，部分预装应用替换为玲珑包格式，使系统兼容性与流畅性全面提升。

镜像下载：https://cdimage.deepin.com/releases/23-Alpha/deepin-desktop-community-23-Alpha-amd64.iso

kkjtmac commented 8 months ago

1、[ Science | 张锋祭出大数据算法利器，一次性发现了188种新型CRISPR-Cas系统 ](https://mp.weixin.qq.com/s/G6rBWPj47KCq-cNVcm65-Q)

science adi1910-fa

Science 这篇题为：Uncovering the functional diversity of rare CRISPR-Cas systems with deep terascale clustering 的研究论文是CRISPR基因编辑先驱张锋的在基因编辑领域的又一力作。在本研究中张锋团开发了一种基于快速局部敏感哈希聚类算法（FLSHclust），通过对现有的三个公共数据库（包含各种不同寻常的细菌的数据）进行挖掘，该算法中识别出了188种新型CRISPR系统。同时，研究团队对其中4个系统进行了详细表征，这些新系统可能被用来编辑哺乳动物细胞，其脱靶效应比目前的CRISPR-Cas9系统要少，也有可能在被用于诊断或用来记录细胞内部活动。

论文链接：https://www.science.org/doi/10.1126/science.adi1910#Fa

6、[提问的智慧](https://github.com/ryanhanwu/How-To-Ask-Questions-The-Smart-Way/blob/main/README-zh_CN.md)

当你拋出一个技术问题时，最终是否能得到有用的回答，往往取决于你所提问和追问的方式。本指南将教你如何正确地提问以获得你满意的答案。

10、[ Docusaurus | 快速搭建静态网站的工具 ](https://docusaurus.io/zh-CN/)

Docusaurus是一个基于React的静态网站生成工具，通过它能够快速构建一个网站包括个人网站，产品，博客，市场落地页等。

工具链接：https://docusaurus.io/zh-CN/

Tomcxf commented 8 months ago

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