He-Kai-fly commented 10 months ago

生信爱好者周刊（第 103 期）：取消论文发表硬性规定，读博变轻松了吗？

这里记录每周值得分享的生信相关内容，周日发布。

本杂志开源（GitHub: openbiox/weekly），欢迎提交 issue，投稿或推荐生信相关内容。

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本周话题：

https://github.com/openbiox/weekly/issues/2025

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历史上的本周

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贡献者（GitHub ID）

「Openbiox 生信周刊」运维小队：

@ShixiangWang（王诗翔）
@kkjtmac（阚科佳）
@NiEntropy（赵启祥）
@He-Kai-fly（何凯）
@JnanZhang（张佳楠）
@Tomcxf（陈啸枫）
@wangdepin（王德品）
@kongjianyang（空间阳）

中国科学院分子植物科学卓越创新中心王佳伟研究组题在Nature Communications发表名为“Common evolutionary trajectory of short life-cycle in Brassicaceae ruderal weeds”的研究论文。该研究以十字花科多倍体杂草碎米荠(Cardamine occulta)为研究对象，通过基因组组装、群体进化分析、遗传学和分子生物学等手段，发现转录因子FLC (FLOWERING LOCUS C)的功能缺失以及蓝光受体CRY2 (CRYPTOCHROME 2)的持续激活型突变是C. occulta生命周期缩短、适应高干扰环境的遗传学基础，并进一步在另一种杂草蔊菜(Rorippa palustris)中发现CRY2具有类似的突变，提出了一条以“FLC-CRY2”为核心、进化上保守的十字花科杂草进化路径。

7、[在进化树上添加物种丰度饼图](https://mp.weixin.qq.com/s/GfeyBsMl0jN3Nwt7ES6G2A) 绘制物种分类树和相对丰富度饼图。

8、[不会Triwise怎么办？看了这篇分分钟提高](https://mp.weixin.qq.com/s/Ge5yxVQT8-CuDqlxJJQelw) Triwise 是 saeyslab团队开发的 R 软件包，可以用于探索、分析和可视化三种生物条件下的基因表达变化。官方说明文档见链接：https://zouter.github.io/triwise/index.html#introduction

ShixiangWang commented 10 months ago

@JnanZhang 佳楠，关于第2点，去掉标题中课题组的名称，另外把期刊放到标题中，保持weekly一致的规范哈

kkjtmac commented 10 months ago

3、[Cell | 发现母婴微生物群垂直传播新模式！母体和婴儿的肠道微生物共享基因](https://mp.weixin.qq.com/s/TxCc4Y3CpHV6gwmjKEk80w)

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美国麻省理工学院、哈佛大学Broad研究所等机构的研究人员在Cell上发表了题为“Mobile genetic elements from the maternal microbiome shape infant gut microbial assembly and metabolism”的文章通过追踪70对母婴组合从妊娠后期到婴儿一岁期间微生物组和代谢组的数据，发现了大规模母婴可移动遗传元件的转移，主要涉及与饮食相关的适应性基因。该研究扩展了肠道微生物组垂直传播的概念，并为孕晚期和产后初期的母婴微生物组和代谢组的发展提供了原创性见解。

论文链接：https://doi.org/10.1016/j.cell.2022.11.023

11、[muscat | 多样本、多组单细胞 RNA 测序分析工具 ](https://github.com/HelenaLC/muscat)

muscat 包是用于分析多样本、多组、多亚群单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 数据中的差异状态工具包。通过上述分析可以进行：1.分析不同组织或细胞类型中的细胞类型分化; 2.分析不同药物或治疗方案对细胞的影响; 3.分析不同发育阶段或激活状态下的细胞。

论文链接：https://www.nature.com/articles/s41467-020-19894-4

12、[保护开发者视力的开源新等宽字体](https://mp.weixin.qq.com/s/7NeE9xjRgah97eqKm81Yiw)

英特尔开源了一款面向开发者的新等宽字体 “ Intel One Mono ”，这是一种富有表现力的等宽字体系列，集清晰度、易读性和开发者视力保护于一体。 Intel One Mono 字体涵盖了 200 多种使用拉丁文字的语言，提供四种粗细 —— Light、Regular、Medium 和 Bold，并带有默认的斜体。

资源地址：https://github.com/intel/intel-one-mono

ShixiangWang commented 10 months ago

4、[TCGA 同源重组缺陷（HRD）](https://mp.weixin.qq.com/s/hq1uj1KIXUaz7yxK5uvAIw)

本文介绍了同源重组缺陷及相关的生物学概念，以及如何下载和使用 TCGA HRD 数据。

同源重组修复（homologous recombination repair，HRR）是DNA双链断裂（double strand break，DSB）的首选修复方式。

同源重组修复缺陷（homologous recombination deficiency，HRD）通常指细胞水平上的HRR功能障碍状态，可由HRR相关基因胚系突变或体细胞突变以及表观遗传失活等诸多因素导致，常存在于多种恶性肿瘤中，其中在卵巢癌、乳腺癌、胰腺导管癌、前列腺癌等肿瘤中尤其突出。

杂合性缺失（loss of heterozygosity，LOH）:大于15 Mb且小于整个染色体长度的杂合性缺失；

端粒等位基因不平衡（telomeric allelic imbalance，TAI）:延伸到其中一个亚端粒但不超过着丝粒且大于11 Mb的等位基因不平衡的染色体片段；

大片段迁移（large-scale state transition，LST）:两个相邻区域（两个区域长度均大于等于10 Mb，且区域间距小于3 Mb）之间的染色体断裂位点，肿瘤基因组截断点的总数可以用来描述基因组的不稳定性。

9、[nest 框架](https://github.com/nestjs/nest/blob/master/readme_zh.md)

Nest是构建高效，可扩展的 Node.js Web 应用程序的框架。它使用现代的 JavaScript 或 TypeScript（保留与纯 JavaScript 的兼容性），并结合 OOP（面向对象编程），FP（函数式编程）和FRP（函数响应式编程）的元素。

在底层，Nest 使用了 Express，但也提供了与其他各种库的兼容，例如Fastify，可以方便地使用各种可用的第三方插件。

10、[cnn-convoluter ｜交互式 CNN 探索](https://github.com/pwwang/cnn-convoluter)

方便学习和把玩 CNN 网络。

Tomcxf commented 10 months ago

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