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生信爱好者周刊（每周日发布）
https://openbiox.github.io/weekly/
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【周刊】第 105 期 #2067

Closed kkjtmac closed 8 months ago

kkjtmac commented 8 months ago

生信爱好者周刊（第 105 期）：

这里记录每周值得分享的生信相关内容，周日发布。

本杂志开源（GitHub: openbiox/weekly），欢迎提交 issue，投稿或推荐生信相关内容。

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封面图

image 来自BioByte 057

本周话题：你愿不愿意在一个小县城待一辈子？

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（完）

ShixiangWang commented 8 months ago

5、9、10

NiEntropy commented 8 months ago

5、9、10

1、7

NiEntropy commented 8 months ago

1、Nature | 免疫词典 image 细胞因子是一大类小型分泌蛋白，通过与靶细胞上的同源受体结合而局部或全身发挥作用，进而触发下游信号传导并协调免疫系统细胞类型之间的活动。基于细胞因子的疗法和细胞因子拮抗剂用于治疗多种疾病，包括癌症和自身免疫。作者使用86种细胞因子在小鼠身上的特异性反应。通过注射不同的细胞因子到小鼠体内，并在特定时间点收集皮肤引流淋巴结进行分析，绘制了细胞因子对各种免疫细胞的影响图谱，并搭建了富集分析平台。 ● 论文连接：https://www.nature.com/articles/s41586-023-06816-9

7、肿瘤多克隆起源 image

这篇文章探讨了单个肿瘤中存在多个独立起源的细胞克隆的可能性，这些克隆可能增加了肿瘤的遗传多样性和适应性。作者提出了一个进化假说，认为单个肿瘤中可能经常隐藏着多个独立起源的克隆，但只有一个克隆足够大而被检测到。这些克隆被称为肿瘤内肿瘤，尽管它们的尺寸很小，但它们可以将肿瘤内的多样性提高几个数量级。这种增加可能导致与癌症治疗耐药性相关的遗传多样性缺失。 ● 论文连接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC9869076/

ShixiangWang commented 8 months ago

5、[使用 Micromamba + Apptainer 容器化 bioconda 应用](https://mp.weixin.qq.com/s/XDkVZ9F5K6pczxz6cMEBtg)

容器有时候比 conda 的更适合软件部署，而且容器和 conda 并不冲突，如果将 bioconda 的软件部署到容器里，能更方便进行软件部署，本文对此分享了一些经验。

9、[irGSEA | 基于秩次的单细胞基因集富集分析整合框架](https://mp.weixin.qq.com/s/VI4ISO6y5_rt8Yy_VnIR-w)

许多Functional Class Scoring (FCS)方法，如GSEA, GSVA,PLAGE, addModuleScore, SCSE, Vision, VAM, gficf, pagoda2和Sargent，都会受数据集组成的影响，数据集组成的轻微变化将改变细胞的基因集富集分数。相反，基于单个细胞表达等级的FCS，如AUCell、UCell、singscore、ssGSEA、JASMINE和Viper，只需要计算新添加的单细胞数据集的富集分数，而无需重新计算所有细胞的基因集富集分数。原因是这些方法生成的富集分数仅依赖于单个细胞水平上的相对基因表达，与数据集组成无关。因此，这些方法可以节省大量的时间。

本文详细地介绍了 irGSEA 这个全面的 FCS 方法整合工具包，为使用者带来福音。

10、[MAGeCK-VISPR | CRISPR/Cas9 筛选的质量控制、建模和可视化](https://bitbucket.org/liulab/mageck-vispr/src/master/)

image
kkjtmac commented 8 months ago

Thanks to all!