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生信爱好者周刊（每周日发布）
https://openbiox.github.io/weekly/
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【周刊】第 110 期 #2142

Closed Tomcxf closed 9 months ago

Tomcxf commented 9 months ago

生信爱好者周刊（第 110 期）：

这里记录每周值得分享的生信相关内容，周日发布。

本杂志开源（GitHub: openbiox/weekly），欢迎提交 issue，投稿或推荐生信相关内容。

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（完）

ShixiangWang commented 9 months ago

2、8

ShixiangWang commented 9 months ago

2、[Genome Biology | 新型染色体外DNA（ecDNA）检测技术](https://mp.weixin.qq.com/s/BOo7LYv3pn7BFQ8h7vzwbA)

ecDNA是近年来引起广泛关注的一种肿瘤基因组结构异常，超过14 %的原发性肿瘤和40 %的转移性肿瘤存在ecDNA扩增。ecDNA游离于染色体外，呈环状，且具有自我复制功能。其含量与耐药性呈正相关，是肿瘤基因组学研究的新方向，也是极具潜力的诊断标志物。目前除了将全基因组测序（WGS）、高通量染色质空间构象捕获测序（Hi-C）、三代测序（Third-generation sequencing）三种方法联合解读的策略，没有很好的办法对ecDNA的序列信息以及三维空间构象信息进行解读。研究团队开发了一种新型多重基因组结构变异检测方法 - MGA-Seq（Multiple genetic abnormality sequencing）。该方法充分利用ecDNA在细胞核中游离的特性，首先将ecDNA与邻近的染色质进行交联，再利用限制性内切酶和连接酶对肿瘤染色质进行原位片段化、邻近酶连，将ecDNA片段与相邻的基因组DNA片段连接在一起。最后，将连接后的片段进行超声片段化，构建成测序文库。通过对反应体系的优化，研究人员将MGA-Seq所有的反应步骤合并到一个离心管中，只需9小时、花费56美金即可完成文库构建步骤，并实现对复杂基因组结构异常的精准检测。

8、[Python 深度学习路线图](https://mp.weixin.qq.com/s/xJd3wuAvyxa3-z5HSWrYhQ)

本文指导初学者开始深度学习，对诸多基础概念和框架进行了介绍。

kkjtmac commented 9 months ago

2、8

9、10、12

kkjtmac commented 9 months ago

9、[假如你不喜欢最新版的Seurat包的单细胞理念](https://mp.weixin.qq.com/s/F03vWYgtS9JmQq4D4TyQWw)

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本文介绍了如何从最新的Seurat v5版本降级到v4版本的方法。

10、[CELLxGENE | ](https://github.com/chanzuckerberg/cellxgene)

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CZ CELLxGENE Annotate是一个用于单细胞数据集的交互式数据浏览工具，可以对来自人类细胞图谱的数据集实现至少100万细胞的快速可视化。

12、[珍藏：23年必看的十大高分热点综述 ](https://mp.weixin.qq.com/s/0bNYie4lbWl5DjiTnzkFbQ)

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一、肿瘤免疫机制 : Mechanisms driving the immunoregulatory function of cancer cells 二、CAFs in cancer: The advent of immune stimulating CAFs in cancer 三、CD4+T: CD4+ T cell-induced inflammatory cell death controls immune-evasive tumours 四、泛素化: A ubiquitination cascade regulating the integrated stress response and survival in carcinomas 五、T细胞应激反应状态: Pan-cancer T cell atlas links a cellular stress response state to immunotherapy resistance 六、癌症的起源: Cancers make their own luck:theories of cancer origins 七、中性粒细胞: Liver tumour immune microenvironment subtypes and neutrophil heterogeneity 八、PD-1和T细胞: PD-1 instructs a tumor-suppressive metabolic program that restricts glycolysis and restrains AP-1 activity in T cell lymphoma 九、肿瘤微环境的动态变化: The evolving tumor microenvironment: From cancer initiation to metastatic outgrowth 十、组织驻留免疫细胞: Single-cell analyses implicate ascites in remodeling the ecosystems of primary and metastatic tumors in ovarian cancer