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8.【推荐】工具 | Zotero不好用!计算机专业博士生,手搓一款开源免费且强大的文献管理神器! 你在用zotero时有下面这个痛点吗? 很多会议论文例如,NIPS,ICLR,没有 DOI 编码,导致文献管理软件几乎无法匹配他们的发表信息元数据,那么在写论文的时候,不得不一次次的搜索 Google Scholar,DBLP 来确保引文的发表信息无误。 特别是在计算机领域,会议论文占据主要地位,如果每次都需要自己重新检索来匹配论文元数据,那确实挺费事的! 如果上面的痛点也是你的痛点,不妨继续往下看,看看一位计算机专业的博士生是如何解决这个问题的!
9.【推荐】工具 | 一行代码就能发生信顶刊的GPTCelltype做单细胞亚群注释 在朋友圈刷到了一个(Published: 25 March 2024)的文章:《Assessing GPT-4 for cell type annotation in single-cell RNA-seq analysis》,题目短小精悍,就两个作者,关键是发表在《Nature Methods》杂志,算是生信顶刊了。
生信研究 | Nature communications100多个数据集的单细胞泛癌分析 这篇Nature Communications的泛癌scRNA-seq研究,作者系统整合了30多种癌症的104个数据集,涵盖单细胞、bulk和空间转录组学数据,构建了一个庞大而丰富的泛癌单细胞图谱。通过多角度、多层次的分析,揭示了肿瘤微环境中免疫细胞和间质细胞的异质性特征,绘制出各种细胞状态在不同器官和癌症中的分布图景。文章还利用空间转录组数据,分析了不同细胞状态在组织空间的相互作用和临床意义。这项研究展示了整合多组学大数据研究肿瘤异质性的新思路。
生信研究 | Cell Reports | 14种不同癌症类型的mRNA-蛋白相关性分析揭示基因突变如何影响转录后调控 这篇发表在Cell Reports上的研究通过分析14种不同癌症类型的转录组和蛋白质组学数据,系统探索了癌症中转录后调控的全貌。研究发现一些关键基因在泛癌中受到强烈的转录后调控,且较高的mRNA-蛋白相关性与患者生存期缩短相关。此外,文章还揭示了癌症驱动基因突变如何影响转录后调控水平。这项工作加深了我们对癌症基因表达调控机制的理解,强调了系统性认识转录后调控在癌症诊断和预后中的重要性。
博文资讯 | KEGG通路分析的可视化炫酷可视化--KEGG流星图 这篇文章介绍了一种新颖的KEGG通路分析可视化方法——KEGG流星图,突破了传统散点图的局限,更加直观、精美地展示富集结果。该方法不仅考虑了每条通路的p值和参与差异物的数量,还能体现出每条通路中上调和下调差异物的整体变化趋势。文中提供了详细的R代码实现过程,可以让读者轻松掌握并应用到自己的数据分析中。对于想要提升KEGG通路分析可视化水平的研究人员来说,KEGG流星图是一个新的选择。
5、[人类基因组计划的 RNome 研究](https://mp.weixin.qq.com/s/swfNHJ2D1aJf8bBYX5l1cw)
美国国家科学、工程和医学院 (NASEM)的一份报告提出了一项雄心勃勃的计划,呼吁开展类似人类基因组计划的RNome研究,重点关注RNA及其表观遗传修饰的测序。但到目前为止,大多数 RNA-seq 都是通过短读长测序完成的,它无法绝对确定地对许多 RNA isoforms进行测序。NASEM的共识研究报告概述了一项公私合作伙伴关系的 15 年计划,旨在开发新方法可以直接对 RNA 分子进行测序,并检测在其上发现的数十个(如果不是数百个)表观遗传修饰。除了技术开发之外,关键任务还包括制定 RNA 标准(可能在美国国家标准与技术研究院的帮助下)、培养精通 RNA 的科学队伍,并为这些工具创建新的应用程序。
7、[RNA速率分析](https://mp.weixin.qq.com/s/seG_3i04vlz6hkrZU25h3A)
RNA速率能够通过叠加剪接信息来推断细胞分化的方向性。本文介绍了基于scVelo如何估计RNA速率。
12、[R Graphics Cookbook 第二版(英文)](https://r-graphics.org/)
该书介绍了 R 常用的常用的任务处理的例子,非常值得参考。之前的第一版本我们 Openbiox 组织翻译了第一个中文版本 Cookbook for R 中文版。
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