Closed He-Kai-fly closed 3 months ago
4、7、8
@openbiox/weekly
4、[Nature Communications | 基因组变异解码框架Huatuo](https://mp.weixin.qq.com/s/tQgwS_DcZhCqSXZ5ZCyxxg)
该研究提出了一种新颖的分析框架Huatuo(华佗),可仅依据来自少量生物学个体的基因表达谱,实现对突变转录效应在细胞类型水平上的推断,为解析复杂的基因表达遗传调控机制提供了一种高效途径。该研究进一步构建了一个全面的细胞类型特异性基因调控遗传变异景观,并通过各种基准测试验证了分析结果的合理性。最后,团队探索了基因组遗传变异与复杂表型之间的关系,为复杂性状和疾病的驱动细胞类型和因果变异提供了系统性见解。
7、[如何通俗理解协方差、相关系数?](https://mp.weixin.qq.com/s/Y4CpQDRG4YUliOxKL5gaRA)
本文通过图文并茂的形式介绍了 2 个基本的统计概念。
8、[锐竞文献管理:构建实验室共享知识库](https://mp.weixin.qq.com/s/AUEMXRkFseDNbpCLEk245A)
锐竞公司开发了许多有用的学术工具,这篇文章介绍了一个在线文献管理工具的使用。
4、7、8
1、11、13
4、7、8
1、11、13
5、6、9
1、[nature communications | ASGARD:单细胞指导的药物再利用新策略](https://www.nature.com/articles/s41467-023-36637-3)
这期的nature communications上介绍了一种名为ASGARD(A Single-cell Guided Pipeline to Aid Repurposing of Drugs)的新工具,旨在利用单细胞RNA测序技术(scRNA-seq)来指导药物再利用,以实现精准医疗。ASGARD通过定义药物评分系统,考虑所有细胞亚群来推荐药物,从而应对每个患者内部的细胞异质性。研究发现,ASGARD在单药治疗的平均准确性上显著优于传统的基于群体细胞的两种药物再利用方法,并且在细胞群落水平的预测方法中表现更佳。通过使用TRANSACT药物反应预测方法对三阴性乳腺癌患者样本进行验证,发现许多排名靠前的药物已经获得FDA批准或正在进行对应疾病的临床试验。总体而言,ASGARD是一个有前景的药物再利用推荐工具,它为个性化医疗提供了由单细胞RNA测序指导的新策略。
11、[ShellCheck | Shell脚本静态分析工具](https://github.com/koalaman/shellcheck)
ShellCheck是一个用于分析bash/sh Shell脚本的工具,旨在识别语法错误、语义问题以及潜在的陷阱。它提供了多种使用方式,包括网页、终端、编辑器集成以及构建或测试套件中。
13、[sc-pert | 单细胞扰动组学数据集与模型资源库](https://github.com/theislab/sc-pert)
sc-pert是一个公共资源库,提供了一系列用于单细胞扰动组学(如CRISPR筛选和药物扰动)的模型和数据集。该资源库最初为2021年Cell system杂志的文章所策划,包含了多个与单细胞扰动模型评估相关的公共数据资源链接,如GDSC、DepMap PRISM、Therapeutics Data Commons等,以及不同来源的单细胞扰动数据集,支持研究人员进行深入分析和模型开发。
生信爱好者周刊(第 127 期):高校“青椒”之死:困在“非升即走”里的海归博士
这里记录每周值得分享的生信相关内容,周日发布。
本杂志开源(GitHub: openbiox/weekly),欢迎提交 issue,投稿或推荐生信相关内容。
「生信周刊讨论区」
封面图
本周话题:高校“青椒”之死:困在“非升即走”里的海归博士
生信研究
博文资讯
工具
资源
历史上的本周
贡献者(GitHub ID)
「Openbiox 生信周刊」运维小队:
@ShixiangWang
(王诗翔)@kkjtmac
(阚科佳)@NiEntropy
(赵启祥)@He-Kai-fly
(何凯)@JnanZhang
(张佳楠)@Tomcxf
(陈啸枫)@wangdepin
(王德品)@kongjianyang
(空间阳)@donghongyu2020
(董弘禹)@DrRobinLuo
(罗鹏)订阅
这个周刊每周日发布,同步更新在微信公众号「优雅R」(elegant-r)上。
微信搜索“优雅R”或者扫描二维码,即可订阅。
(完)