ShixiangWang commented 1 month ago

生信爱好者周刊（第 132 期）：

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Nature | 刚刚发布！重庆大学印明柱团队发表泛癌时空多组学成果(31种癌症) 肿瘤血管生成是癌症的一个关键特征，它被诱导以帮助肿瘤获取维持生长所需的营养物质和氧气。与正常血管相比，肿瘤血管显示出渗透性增加、形态不规则且组织结构较差。内皮细胞（ECs）和壁细胞（MCs）是直接参与肿瘤血管生成的主要成分。EC亚群异质性高，且ECs可塑性使其成为抗血管生成治疗（AATs）靶点。在临床前研究中，将AAT与肿瘤免疫疗法相结合已被证明能产生更强的抗肿瘤效果。 2024年7月10日，重庆大学印明柱团队在Nature正刊发表了文章“Tumour vasculature at single-cell resolution”。文中利用单细胞转录组、空间转录组技术生成了31种癌症血管图谱（单细胞分辨率），描绘了肿瘤血管复杂性，并对抗血管生成疗法具有潜在的临床意义。
- 文章链接：https://www.nature.com/articles/s41586-024-07698-1
scCDC:单细胞RNA测序污染修正的新方法单细胞和单核转录组测序（scRNA-Seq/snRNA-Seq）已被普遍用于对细胞异质性的研究。而此类研究强烈依赖于数据的可靠性。然而，在进行单细胞测序的过程中，实验溶液环境中的游离RNA（即ambient RNA）会对被测细胞产生系统性的干扰，导致细胞内源基因的表达水平测定失真，形成数据污染。此问题已被多个研究组关注，且已有若干算法被开发出来修正污染数据。在本研究中，浙江大学爱丁堡大学联合学院（ZJE）王超尘研究组使用了多份具有不同干扰水平的实际数据集和模拟数据集，对这些去污染方法的修正效果进行了深入的分析，发现这些方法在多个数据集中存在校正不足或过度校正的问题。

为了更好地解决这一问题，研究团队开发了一种名为scCDC的新策略，有效地消除了环境RNA分子的系统性干扰。和已有的方法相比， scCDC方法的优点在于，它能够率先识别出导致强干扰的基因，并专门修正这些基因的表达水平，从而在修正高污染基因的同时，避免了对其他基因的过度修正。此外，scCDC能够与已有的修正方法共同应用，从而实现更加精确和全面的污染修正效果。

文章链接： https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-024-03284-w?utm_medium=organic_social&utm_source=wechat&utm_campaign=CONR_OAJRN_ATT1_AP_CNCM_002EC_bmcpaper

Genome Biology｜基于长读长RNA测序鉴定RNA编辑位点的新算法L-GIREMI 美国加州大学洛杉矶分校、欧文分校的研究团队合作在Genome Biology发表了题为“L-GIREMI uncovers RNA editing sites in long-read RNA-seq”的文章。研究团队提出了一种无需基因组信息即可在长读长RNA-seq中检测和分析RNA编辑位点的新方法——L-GIREMI。L-GIREMI可有效地处理测序错误和reads偏差，并使用基于模型的方法对RNA编辑位点进行评分；能够分析单个RNA分子的RNA编辑模式、多个RNA编辑事件的共现情况以及检测等位基因特异性RNA编辑。该方法为研究长读RNA-seq中的RNA核苷酸变异提供了新的机会。

文章链接：https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-023-03012-w

《Cell》：近50年，癌症研究的那些里程碑事件近50年来，癌症研究的进展不仅深化了我们对其起源、演变和脆弱性的理解，还促进了更早期和更准确的诊断及药物开发，挽救了数百万人的生命。本文将回顾近50年，癌症研究的那些里程碑事件，并展望令人激动的未来发展。
回归工具属性，测序的全面“药”化！

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【周刊】第 132 期 #2382