【周刊】第 43 期

[ShixiangWang]

生信爱好者周刊（第 43 期）：

这里记录每周值得分享的生信相关内容，周日发布。

本杂志开源（GitHub: ShixiangWang/weekly），欢迎提交 issue，投稿或推荐生信相关内容。

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封面图

• https://github.com/ShixiangWang/weekly/issues/918 摘取

本周话题：

• https://github.com/ShixiangWang/weekly/issues/669

生信研究

• https://github.com/ShixiangWang/weekly/issues/683 1
• https://github.com/ShixiangWang/weekly/issues/676 2
• https://github.com/ShixiangWang/weekly/issues/661 3
• https://github.com/ShixiangWang/weekly/issues/663 4

博文资讯

• https://github.com/ShixiangWang/weekly/issues/659 5
• https://github.com/ShixiangWang/weekly/issues/493 6
• https://github.com/ShixiangWang/weekly/issues/632 7
• https://github.com/ShixiangWang/weekly/issues/668 8

工具

• https://github.com/ShixiangWang/weekly/issues/516 9
• https://github.com/ShixiangWang/weekly/issues/522 10
• https://github.com/ShixiangWang/weekly/issues/523 11
• https://github.com/ShixiangWang/weekly/issues/530 12
• https://github.com/ShixiangWang/weekly/issues/547 13

资源

• https://github.com/ShixiangWang/weekly/issues/622 14
• https://github.com/ShixiangWang/weekly/issues/614 15
• https://github.com/ShixiangWang/weekly/issues/617 16

历史上的本周

• 2021：第 3 期：百年杨振宁

贡献者（GitHub ID）

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• @He-Kai-fly
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（完）

[He-Kai-fly]

申领5、8、10

[NiEntropy]

申领 6、11、13

[kkjtmac]

申领1、7、12

[He-Kai-fly]

博文资讯

中国英文科技期刊推介：Research

​ Research (ISSN 2096-5168 EISSN 2639-5274 CN 10-1541/N)是中国科学技术协会与美国科学促进会于2018年共同创办的综合性科技期刊，是美国Science 自1880年创刊以来的第一本合作期刊。Research 定位为国际化、高影响力的世界一流水平期刊，对标 Science 和 Nature。

期刊网址：https://spj.sciencemag.org/journals/research/

工具

WGCNA原理及实操 (qq.com)

​ WGCNA最初用于芯片测序数据，也适用于RNA-seq数据。本文详细介绍了WGCNA分析的原理，并参考官网代码与数据进行了实操。

WGCNA官网教程: https://horvath.genetics.ucla.edu/html/CoexpressionNetwork/Rpackages/WGCNA/)

tjmahr/notestar:

Notestar包是一个基于 targets包所开发的便于记录的笔记系统包，适用于平常的数据分析项目中，具体使用可参考示例教程。

[ShixiangWang]

资讯补一个 https://twitter.com/jokergoo_gu/status/1565382698880860163

[JnanZhang]

申领2、3、15

[wangdepin]

申领4、9、14

[JnanZhang]

单细胞多组学整合分析解析人类肿瘤浸润T淋巴细胞的细胞状态特异性增强子图谱

该研究利用改进优化后单细胞ATAC-seq测序技术构建了不同肿瘤TILs中T细胞的染色质可及性图谱，并解析了不同功能状态T细胞亚群染色质可及性的异质性特征和耗竭性T细胞的组织特异性调控元件及其核心拟时序分化发育轨迹。通过单细胞多组学数据的整合分析，鉴定了不同细胞亚群特异的增强子-启动子互作关系和关键调控靶基因，并利用CRISPRi/a基因编辑技术验证了这些远程调控增强子元件对相应靶基因的互作调控关系。总之，我们的结果为深入研究T细胞耗竭关键基因的非编码调控元件开辟了新的途径，并为基于CRISPR i/a介导的增强子编辑技术干预T细胞功能和免疫治疗提供了潜力。 链接：https://doi.org/10.1101/2022.03.16.484513

European Heart Journal | 中国首个冠心病多基因风险评分（PRS）模型建立

国家心血管病中心/中国医学科学院阜外医院顾东风院士与鲁向锋教授团队成功建立我国首个冠心病多基因风险评分（PRS）模型，为冠心病风险评估和干预措施选择提供了解决方案。研究成果于2022年2月23日在线发表在心脏病研究顶级期刊《欧洲心脏杂志》（European Heart Journal，IF=29.98）。该研究建立了我国居民冠心病高危人群早期筛查的实用性评估模型，并提出不同遗传和临床风险人群的心血管健康管理路径和方案。 链接：https://doi.org/10.1093/eurheartj/ehab923.

大手笔！微软一口气在 GitHub 开源了 4 个技术教程

微软在 GitHub 推出了一系列「XX-for-Beginners」的开源技术教程。顾名思义，就是写给初学者看的技术教程，里面覆盖了 Web 开发、机器学习、Python、物联网、全栈、数据科学、DevOps 等诸多内容。 以上内容已收录至 GitHubDaily 的开源项目列表中：https://github.com/GitHubDaily/GitHubDaily

[kkjtmac]

1、Science Advances | 单分子突变测序SMM-seq，可检测低丰度体细胞突变，并将商业化推广

4月份发表在Science Advances上题为“Single-molecule, quantitative detection of low-abundance somatic mutations by high-throughput sequencing”的文章介绍一种新型双重测序技术-单分子突变测序（SMM-seq），它可以用于检测细胞和组织中的超罕见突变，目前研究团队正在向商业化中，从而更大范围的探索各种疾病的诱变因素。

7、ivs包 | 处理日期上各种交叉、重叠和间隔的R包

本文通过具体实例介绍了如何使用ivs包进行时间（日期）上的交叉重叠计算，以及相关的拓展应用。

12、MetBrewer | 纽约大都会艺术博物馆大师级作品的配色方案

[wangdepin]

4、博文咨询Pacific Biosciences (PacBio) HIFI 5mC 直接测序

PacBio 在 2019 年发布了一种全新的长读长测序数据模式 —— HiFi 测序。HiFi 兼顾了长读长（10-20kb）和高准确度（Q>30)，它一经面世就被科学家应用于第一个人类完整基因组的组装，和众多罕见病研究项目以及农业，动植物育种和微生物研究领域。

9、R package cbpManager

R包cbpManager提供了一个R Shiny应用程序，它有助于生成适合于癌症基因组学cBioPortal导入的文件， 从而让用户能够管理和编辑临床数据，维护新的患者数据。

14、Course Material for Genomics Data Mining and Statistics | 包含在一个R包中

Genomics数据分析课程，将课程融合在一个R包中，方便学习。课程包括7个模块：1) Introduction to Genomics Analysis; 2) Data Preprocessing and Quality Control; 3) Comparative Experiments based on Microarrays and Linear Models (LM); 4) Comparative Experiments based on RNA-sequencing and Generalized Linear Models (GLM); 5) Comparative Experiments based on Differential Enrichment Analysis; 6) Classification; and 7) Clustering and Class Discovery.

[NiEntropy]

6、[图解 | 傅里叶变换](https://mp.weixin.qq.com/s/xLVa3dhvd7fk_xIBAvH-Pw) 太有意思了！！！任何一段波长，都可以分解为若干正弦波的组合；任何一个2D图形可以被通过周转圆分解为若干2D正弦波的组合，同样适用于3D。这就是傅里叶变换，可以将事物分解成不同频率的正弦波。

• 原文链接：https://www.jezzamon.com/fourier/index.html

11、[data.fram内容的打印包 | paint](https://github.com/MilesMcBain/paint)

• R包链接：https://github.com/MilesMcBain/paint

13、[GraphPad Prism风格的绘图包 | ggprism](https://github.com/csdaw/ggprism/) 在ggplot的基础上修改图，功能：theme_prism(）修改主题，scale_colour_prism()修改颜色，scale_fill_prism() 修改填充颜色，scale_shape_prism()修改点的形状，修改坐标轴，添加p值等。

• R包教程：https://csdaw.github.io/ggprism/articles/ggprism.html
• R包链接：https://github.com/csdaw/ggprism/

[ShixiangWang]

Thanks all