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pFindStudio / pFind3

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pFIND的重大bug：鉴定到了海量的不存在的电荷肽的肽段 #4

Closed mycodingway closed 5 years ago

mycodingway commented 5 years ago

pFIND调用的电荷识别算法存在重大问题：

样品质谱方法： BS3交联，排除1+ 2+； 正确情况：用MSconvert将上述Raw转换成MGF后，没有发现任何2+ 的二级谱图，与理论情况相同，因为质谱仪上已经将2+的母离子排除，不打二级。

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pFIND情况： 用pFIND搜完之后的结果文件夹里的mgf文件打开后，发现有1万多个2+的二级谱图。 如下图所示：（pFIND搜完库之后在结果文件夹中的mgf的二电荷计数）

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这个问题请问怎么解决呢？还是我有所误解？

xuesu commented 4 years ago

这是因为您所看的是预处理步骤，输出潜在的母离子，而预处理软件的设置是找不到母离子电荷就默认为2