Open daimantianxingguangzhishi opened 8 months ago
1.我们发现即使在勾选open search后，是否添加某些不常见的Variable Modification依然能够显著影响ID rate，理论上这种情况是否很少见？ 如：对我们的古生物样品来说，勾选open search后，Variable Modification不添加Oxidation[P]的ID rate仅有0.3%，而添加Oxidation[P]后达到9.3%（Oxidation[P]修饰在Display All中选择）。 搜库前Open Search和Variable Modification的设置如下图所示： 搜库后结果对比如下图所示（上为不添加Oxidation[P]，下为添加Oxidation[P]）：
2.在Identification中将FDR≤1%设为Spectra水平开始搜库，搜库完成后的Summary会自动写作“FDR Less than 1% at Peptides Level”而非Spectra Level。 搜库前的设置如下图所示，设置为Spectra Level： 搜库完成后的Summary如下图所示，自动变为Peptide Level： 经我们检查认为，搜库结果确实遵循Spectra Level，那么Summary的显示是否有误？ 确认过程如下：我们将FDR≤1%设为Spectra水平开始搜库，在pFind.spectra文件中含有每个PSM的q value，比较发现同一sequence相同modification的几个PSM其q value不相同，因此认为这里的q value确实是spectra层面的而非peptide层面的。在我们的数据中，从pFind.spectra中筛选q value为0.01以下的PSM，发现target有2827个，decoy有28个，pFind_Filtered.spectra报道的就是这2827个PSM，其中应该含有约28个假阳性，也就是说PSM层面的FDR为1%，搜库结果与设置是一致的。
1.我们发现即使在勾选open search后，是否添加某些不常见的Variable Modification依然能够显著影响ID rate，理论上这种情况是否很少见？ 如：对我们的古生物样品来说，勾选open search后，Variable Modification不添加Oxidation[P]的ID rate仅有0.3%，而添加Oxidation[P]后达到9.3%（Oxidation[P]修饰在Display All中选择）。 搜库前Open Search和Variable Modification的设置如下图所示：
搜库后结果对比如下图所示（上为不添加Oxidation[P]，下为添加Oxidation[P]）：
2.在Identification中将FDR≤1%设为Spectra水平开始搜库，搜库完成后的Summary会自动写作“FDR Less than 1% at Peptides Level”而非Spectra Level。 搜库前的设置如下图所示，设置为Spectra Level：
搜库完成后的Summary如下图所示，自动变为Peptide Level：
经我们检查认为，搜库结果确实遵循Spectra Level，那么Summary的显示是否有误？
确认过程如下：我们将FDR≤1%设为Spectra水平开始搜库，在pFind.spectra文件中含有每个PSM的q value，比较发现同一sequence相同modification的几个PSM其q value不相同，因此认为这里的q value确实是spectra层面的而非peptide层面的。在我们的数据中，从pFind.spectra中筛选q value为0.01以下的PSM，发现target有2827个，decoy有28个，pFind_Filtered.spectra报道的就是这2827个PSM，其中应该含有约28个假阳性，也就是说PSM层面的FDR为1%，搜库结果与设置是一致的。