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pFindStudio / pGlyco2

pGlyco is a software tool dedicated for the analysis of intact glycopeptides/glycoproteins using mass spectrometry.
http://pfind.ict.ac.cn/software/pGlyco/
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与结果文件相关的问题 #9

Closed ylj7 closed 6 years ago

ylj7 commented 6 years ago

1.结果文件中的Rank这一栏代表的是什么意思呢？ 2.结果文件中的GlyID是什么意思呢？是该糖在GlycomeDB中的编号？ 3.结果文件中的GlyFrag是什么意思呢？ 4.结果文件中的GlyIonRatio是什么意思呢 5.结果文件中的PepIonRatio是什么意思呢 6.结果文件中的GlyDecoy这一栏代表的是什么意思呢,0代表的是什么意思呢？ 7.结果文件中的PepDecoy这一栏代表的是什么意思呢 8.结果文件中的TotalFDR是GlycanFDR和PeptideFDR的总和吗？ 谢谢您的解答

jalew188 commented 6 years ago

这几个信息大家都不要太关注，它们一般是用于计算FDR的中间结果。

比如Rank一般输出是1，表示这张谱图中某条糖肽的匹配打分排名是多少。

GlyFrag是这条糖链的所有理论碎片离子。

PepDecoy和GlyDecoy都必须为0，否则鉴定结果肯定是错误的。

TotalFDR不是简单的求和，有公式计算，具体可以看pGlyco 2.0文章。