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pFindStudio / pGlyco3

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关于pGlyco结果筛选的问题 #18

Closed xiashj3027 closed 1 year ago

xiashj3027 commented 1 year ago

您好！请问pGlyco输出的结果中，如何根据三个分值（total score，peptide score和glycan score）初步筛选所要保留的结果呢？是否有推荐的cut off值？此外，如果total score很高，但对应的pepscore和glyscore其中一个很低，通常这种结果怎么处理呢？是否需要逐张检查PSM图？谢谢！

jalew188 commented 1 year ago

目前的报表都是已经经过FDR筛选过的，匹配质量都是比较高的。不建议单独筛选，除非要看某一条特定的糖肽。

如果真要单独筛选，最好还是用pepscore和glyscore，这样能够保证肽和糖的匹配质量都较高。

xiashj3027 commented 1 year ago

了解了，感谢！     ------------------ Original ------------------ From: @.>; Date:  Sun, Oct 9, 2022 03:24 PM To: @.>; Cc: @.>; @.>; Subject:  Re: [pFindStudio/pGlyco3] 关于pGlyco结果筛选的问题 (Issue #18)

 

目前的报表都是已经经过FDR筛选过的，匹配质量都是比较高的。不建议单独筛选，除非要看某一条特定的糖肽。

如果真要单独筛选，最好还是用pepscore和glyscore，这样能够保证肽和糖的匹配质量都较高。

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