Roadmap Stage Maxime

[paulvill]

Skill development

• [ ] getting familiar with Python and Github

Generate results

• [ ] open files from the paper Systems Properties and Spatiotemporal Regulation of Cell Position Variability during Embryogenesis
• [ ] convert cell trackings into series of Delaunay triangulations
• [ ] compute the genealogical distance versus graph based distance
• [ ] interpret the obtained relationship

Report

• [ ] bibliography
• [ ] write introduction
• [ ] summarize results
• [ ] prepare presentation

[Angeloni46]

Note: Lors de la programmation de la triangulation de Delaunay, il est peut-être utile de pouvoir sélectionner directement sur une image différents points formant les triangles. Pour ce faire, il faut pouvoir rentrer les dimensions de l'image ( l'unité sera le pixel ), ainsi la sélection d'un point donnera les coordonnées de celui-ci en pixel. Cela est-il cohérent?

[paulvill]

Les films du développement on déjà été traités pour extraire la position de chacune des cellules à chaque pas de temps, il s'agit du tracking des noyaux cellulaires.

Les données contiennent donc, pour chaque pas de temps, la position de chacune des cellules en 3D, ainsi que le nom de chaque cellule, qui est directement associé à la généalogie des cellules.

Pour la triangulation de Delaunay, le plus direct est donc d'utiliser la position des noyaux cellulaires. Ici, nous n'auront donc pas besoin d'utiliser les images directement.

[paulvill]

[Angeloni46]

[paulvill]

Voilà la solution que j'avais implémenté, les plans ont au départ une certaine épaisseur et sont tous parallèles les uns aux autres. Lorsque la structure est déplié les éléments sont projetés sur le plan ..cf image ci-dessous. J'aurais plaisir à en discuter