Die Notification bleibt im Vordergrund, auch wenn das Owner-Window hinter einem anderem Fenster ist (nicht minimiert; in diesem Fall verhält sich die Notification wie gewünscht).
Vermutlich gibt es dafür keine "Standard-FX-Lösung".
Idee: Für Notifications mit Owner könnte statt dem Popup eine Stage mit Owner verwendet werden.
Dabei ist die Frage, ob das Popup nicht allgemein durch eine Stage ersetzt werden kann.
Die Notification bleibt im Vordergrund, auch wenn das Owner-Window hinter einem anderem Fenster ist (nicht minimiert; in diesem Fall verhält sich die Notification wie gewünscht).
Vermutlich gibt es dafür keine "Standard-FX-Lösung".
Siehe auch: http://stackoverflow.com/questions/21687370/javafx-popup-wont-hide-behind-other-application-upon-losing-focus