Closed nbosc closed 4 years ago
Error is now shorter but there is still the issue with pg_config when trying to install psycopg2:
base) C02XJ285JGH6:flame nbosc$ conda env create -f environment.yml
Collecting package metadata: done
Solving environment: done
Downloading and Extracting Packages
pip-19.1.1 | 1.8 MB | ######################################################################################################### | 100%
zstd-1.4.0 | 652 KB | ######################################################################################################### | 100%
matplotlib-3.1.0 | 6 KB | ######################################################################################################### | 100%
lz4-c-1.8.3 | 139 KB | ######################################################################################################### | 100%
cairo-1.16.0 | 1.3 MB | ######################################################################################################### | 100%
glib-2.58.3 | 3.1 MB | ######################################################################################################### | 100%
joblib-0.13.2 | 180 KB | ######################################################################################################### | 100%
pluggy-0.12.0 | 18 KB | ######################################################################################################### | 100%
ca-certificates-2019 | 145 KB | ######################################################################################################### | 100%
cryptography-2.7 | 566 KB | ######################################################################################################### | 100%
cherrypy-18.1.1 | 572 KB | ######################################################################################################### | 100%
pixman-0.38.0 | 611 KB | ######################################################################################################### | 100%
pyyaml-5.1.1 | 166 KB | ######################################################################################################### | 100%
importlib_metadata-0 | 36 KB | ######################################################################################################### | 100%
cheroot-6.5.5 | 59 KB | ######################################################################################################### | 100%
matplotlib-base-3.1. | 6.6 MB | ######################################################################################################### | 100%
packaging-19.0 | 23 KB | ######################################################################################################### | 100%
zipp-0.5.1 | 7 KB | ######################################################################################################### | 100%
libtiff-4.0.10 | 527 KB | ######################################################################################################### | 100%
scikit-learn-0.21.2 | 5.9 MB | ######################################################################################################### | 100%
tk-8.6.9 | 3.2 MB | ######################################################################################################### | 100%
pytest-4.6.3 | 356 KB | ######################################################################################################### | 100%
rdkit-2019.03.2.0 | 22.2 MB | ######################################################################################################### | 100%
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
Ran pip subprocess with arguments:
['/Users/nbosc/anaconda3/envs/flame/bin/python', '-m', 'pip', 'install', '-U', '-r', '/Users/nbosc/flame/condaenv.4jd7om6b.requirements.txt']
Pip subprocess output:
Collecting https://github.com/phi-grib/standardiser/archive/master.zip (from -r /Users/nbosc/flame/condaenv.4jd7om6b.requirements.txt (line 5))
Downloading https://github.com/phi-grib/standardiser/archive/master.zip
Collecting https://github.com/josecarlosgomezt/nonconformist/archive/master.zip (from -r /Users/nbosc/flame/condaenv.4jd7om6b.requirements.txt (line 6))
Downloading https://github.com/josecarlosgomezt/nonconformist/archive/master.zip
Collecting psycopg2 (from -r /Users/nbosc/flame/condaenv.4jd7om6b.requirements.txt (line 1))
Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/5c/1c/6997288da181277a0c29bc39a5f9143ff20b8c99f2a7d059cfb55163e165/psycopg2-2.8.3.tar.gz (377kB)
Pip subprocess error:
ERROR: Complete output from command python setup.py egg_info:
ERROR: running egg_info
creating pip-egg-info/psycopg2.egg-info
writing pip-egg-info/psycopg2.egg-info/PKG-INFO
writing dependency_links to pip-egg-info/psycopg2.egg-info/dependency_links.txt
writing top-level names to pip-egg-info/psycopg2.egg-info/top_level.txt
writing manifest file 'pip-egg-info/psycopg2.egg-info/SOURCES.txt'
Error: pg_config executable not found.
pg_config is required to build psycopg2 from source. Please add the directory
containing pg_config to the $PATH or specify the full executable path with the
option:
python setup.py build_ext --pg-config /path/to/pg_config build ...
or with the pg_config option in 'setup.cfg'.
If you prefer to avoid building psycopg2 from source, please install the PyPI
'psycopg2-binary' package instead.
For further information please check the 'doc/src/install.rst' file (also at
<http://initd.org/psycopg/docs/install.html>).
----------------------------------------
ERROR: Command "python setup.py egg_info" failed with error code 1 in /private/var/folders/sq/366j0cvs7pj1xp1jbft5d5nd6wcrt4/T/pip-install-lxmn01sy/psycopg2/
CondaEnvException: Pip failed
Installed postgresql (brew install postgresql
) and problem solved
The problem was fixed after we relaxed the versions defined in the conda environment and allow conda to select suitable versions for Mac platforms
So now, when I try to create the flame env, I get this long error message:
I have downgraded pip to version 18.1 (I have seen somewhere else someone having a similar issue and that was the fix) but this does not solve the problem.
Running under MacOS Mojave 10.14.4