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pierrepo / PBxplore

A suite of tools to explore protein structures with Protein Blocks :snake:
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Erreur PBassign lors de l'utilisation de fichier gro et xtc #26

Closed sleonard0386 closed 9 years ago

sleonard0386 commented 9 years ago

Lors du lancement de la commande PBassign.py avec un fichier xtc et un fichier gro, j'ai l'erreur suivante :

PBxplore# ./PBassign.py -x test/md.xtc -g test/md.gro -o test/md_traj /home/alesia/fadeev/Documents/www/PBxplore Read PB definitions: 16 PBs x 8 angles Traceback (most recent call last): File "./PBassign.py", line 300, in atom = PdbAtom() NameError: name 'PdbAtom' is not defined

En analysant le script PBassign.py, l'occurrence 'PdbAtom' apparaît uniquement à la ligne 300 et la classe n'est jamais défini. J'ai comparé avec une ancienne version du script fonctionnel ; dans celle ci, il y a bien la définition d'une classe 'PdbAtom' en début de script...

PBxplore-Git# grep -e 'PdbAtom' -r * PBassign.py: atom = PdbAtom()

PBxplore-oldversion# grep -e 'PdbAtom' -r * PBassign.py:class PdbAtom: PBassign.py: atom = PdbAtom() PBassign.py: atom = PdbAtom()

sleonard0386 commented 9 years ago

PS : Je suis en train de voir avec Alex pour vous fournir des fichiers gro et xtc utilisable en test & demo

sleonard0386 commented 9 years ago

[Update] Un test avec les fichier xtc & gro présent dans le dossier demo2 permet de reproduire l'erreur :

./PBassign.py -x demo2/md_traj_4.xtc -g demo2/md_traj_4.gro -o test/md_traj /home/alesia/fadeev/Documents/www/PBxplore Read PB definitions: 16 PBs x 8 angles Traceback (most recent call last): File "./PBassign.py", line 300, in atom = PdbAtom()
NameError: name 'PdbAtom' is not defined

jbarnoud commented 9 years ago

Last working commit seems to be 10cb0e2.