ddmore

[chahwajun]

Issue 사항

• Effect of CYP3A4 metabolism on sex diferences in the pharmacokinetics and pharmacodynamics of zolpidem https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34580385/ 서울대 zolpidem pkpd 논문 -> PK는 NCA로 parameter 도출
• 10월에 김형섭 교수님이 서울대 정재용 교수님한테 자료 사용 여부에 관해서 서울대 방문할 예정

해야 할것

• 김형섭 교수님이 주신 식약처 자료 공부 하기
• 모델을 시뮬레이션 가능한지 살펴보기 nonmem2rx 통해.. -> Google Sheets 만들어서 각각 모델 (폴더 숫자)별로 정리해 봅시다.
  • The ddmore model scrapings (https://github.com/dpastoor/ddmore_scraping),
  • http://repository.kscpt.org/

기타

• 기존의 한국 Zolpidem 임상 자료랑 Drover (2000) parameter 정리 해 놓기
• https://nlmixrdevelopment.github.io/RxODE-manual/simulation.html

[chahwajun]

ddmore 정리 -https://docs.google.com/spreadsheets/d/1-M8r9olQqVshyGDVE-H8nXtjPu92gzHTqWayTfqQT78/edit?usp=sharing 기존의 한국 Zolpidem 임상 자료랑 Drover (2000) parameter 정리 해 놓기 - Link 첨부하기 식약처 자료 정리 - https://docs.google.com/document/d/1qeCJUis9j4_z3OsYF4NxzMGjNOksYJCPu0MUCDBOfok/edit#heading=h.lr3zw1mjbcpg 뒤에 이어서 정리합니다

[chahwajun]

ddmore model scrapings nonmem으로 돌린 것들은 해봤는데 nonmem2x으로 변환은 되는 것 같은데 rxsolve으로 Simulation이 되지 않아요

Error in rxSolveSEXP(object, .ctl, .nms, .xtra, params, events, inits,  : 
  The following parameter(s) are required for solving: TBW, WTAC, WTAL, nmid

이런 에러가 뜹니다! 아직 다 안해봤는데 전부다 해보겠습니다

nonmem2rx -> ADVAN5,7, 9,15미지원 < Error: General Linear model translation not supported (ADVAN5 or ADVAN7) > <Error: Differential Algebra Equations are not supported in translation (ADVAN9 or ADVAN15)>

[shanmdphd]

rxsolve 로 시뮬레이션 되는게 아예 없나요? 몇개라도 되는게 있으면 정리해보세요.

[chahwajun]

https://docs.google.com/spreadsheets/d/1-M8r9olQqVshyGDVE-H8nXtjPu92gzHTqWayTfqQT78/edit#gid=0 ddore 정리 다했는데 261 하나 되는거 같아요

[shanmdphd]

Good. 261로 진행해봅시다.

[chahwajun]

Good. 261로 진행해봅시다.

교수님 github ddmore_scraping에 nonmem output file만 모아둔 폴더가 있어서 다시 한번 전부다 nonmem2rx랑 rxSolve 다시 해봤는데 261번만 rxSolve만 되고 파라미터 들은 추정? 되는거 같은데 ipred 값은 전부다 NA로 나옵니다

[shanmdphd]

1. 한국판 repository입니다. http://repository.kscpt.org/
2. ddmore_scraping 같이 https://github.com/pipetcpt/kpml_scraping 만들어 봅시다. (폴더명은 알아서 지어보세요.)
3. 그리고 nonmem2rx 후 rxSolve 되는지 확인.

[chahwajun]

nonmem에 밖에 model 이 없어서 NONMEM/모델 번호/ 해당하는 파일 + model명.txt 이렇게 폴더 만들어서 push 했습니다

일단 private으로 설정 했는데 public으로 바꿀까요 교수님?

[chahwajun]

• 교수님 일단 다 nonmem2rx이랑 rxsolve해봤는데 129(ipred 값이 모두 0 ), 143은 온전히 잘되는 거 같아요

• 뜨는 error는 모두 The following parameter(s) are required for solving: ~~~ 이런 형식인데 뒤에 ctl에 covariates으로 들어간 parameter나 $PK부분에 covariates이 조건문으로 되어 있는 거는 다 저런식으로 뜨는거 같아요

• 모두 nonmem2rx은 다 잘되는데 rsxolve가 안되는거 같아요

[shanmdphd]

https://docs.google.com/document/d/1mmTe-Sb6PuRhF-DPntc8AV65PCxjnn17HGbJexqUQuU/edit?usp=sharing

s10928-024-09921-y.pdf Evaluation_of_prompt_engineering_strategies_for_ph.pdf

[kychoe9547]

Pil:

• [ ] 269에 대해서 소아 morphine 시뮬레이션을 Claude 상에서 수행하였는데, 이걸 nonmem2rx, rxode2::rxSolve() 등을 사용해서 시뮬레이션 한 결과와 비교해 보면 좋을듯
• [ ] 269에 대해 출판된 문헌이 있는지 찾아보면 좋을 듯.