convert_pileup_to_quasar error

[SebastienNin]

Hi, I got this error when running your convertPileupToQuasar.R script

Error in names(pileup) <- c("chr", "pos-1", "pos", "ref", "num.reads", : attribute 'names' [11] must have the same length than vector [8]

I translated the error so it may be not exactly the same in an english R session.

Here is the header of my bed file after the bedtools_intersectBed step.

rs10004195-ALT-G-1 3 4 T 209 ....,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, YOYT=6<6:<::::61<<<6<::;:=:<:::<<:<<=::::::6:6:6:::6:::=:6::6:::6<6<1<:<::<<<<<:::6:<:=<:6:<<::1::6<:<:<=:<96:<:<::<1:6:=<::<::6<<::<::::<=1<<:6:<<6:<::::<::::66<:<::<6::<:<::<<:6<<<:::6::<:<<:1:<<<6:<:::1\=:: 1 rs10004195-ALT-G-1 4 5 G 215 ............................................................................................................,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, _RY_dYR__=_R__h_dhRd__[__ddROYRY_QOQ_Y____dd_A_VdYdJYhRJhhR_Nhddd__hRdYYdRYYd_Y_Va____hRRadd_YdNY_OhVRdh_d_dJRdd__hdRhdYdhODRY_RDR=RRYR_dhddJRd_R_ORhh_d_RY_Rd_d=_Odh_hdYhRddhd_Rdg_OdYdh_h__hYdaJYYhddRRU 1 rs10004195-ALT-G-1 5 6 G 215 ............................................................................................................,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, iiieSei\WZeiiiiiiiiiJeiiieSeeeeJieeeieeieeeieeeiiJZiieieiieiiiiieeiiiieeieeieieiieZeieeiWeeieiiieiee\eiieJiieDiieieOSeieeieeeeeeZeeiiiieeiiiOiiiieeeeiiiiiieeeiiiiiJeieiieiiiieii=ieieeZeeiiieeieiieiZiieeii 1 rs10004195-ALT-G-1 6 7 T 215 ............................................................................................................,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, iiiieSeS=iiiiiiiiiiiiiiiiiieiJieiSiiiiiiiiiiieiiieiiiiSeiiiieiiiiiiiiiSiiiiiOiiSiieiiiiiiiiiiiiZiOiiiiiiiiiiiiiiiiOiiiiiiieiiiieieiiiieiiiiiiiiieiiiiiSiiiiiiSeeiSiiieiiiiiiiiiieeiiiiiiieSiiiiiiiiiiiiiiiiiieii 1 rs10004195-ALT-G-1 7 8 A 215 ............................................................................................................,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, eiiiieiiDeiiieiiiiiiiieeiiiiieeiiiiiiSiiiiiiiZiieiieSieiiiieeiiiiiiieiieeiiiSiiiiiiiiiieiiiiiieiiieiiiiiieSeiiiiiSiiiiiiiZeiiieeZiiiiZiiiiiiieiSiiSiiiiiiiaiiiiiiieiieiiieiiiiiiiiiiiiiiQiaieiiiiiiiZiiiiiiiiiiiieiQ 1 rs10004195-ALT-G-1 8 9 T 215 ............................................................................................................,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, iSeiieSeJeSiiieiiiiiOiiiSJSiSiZiiiiiiiiiieiiiiiiSeSiii=iiiiiieeiSieieeVieiiiiiiieiiiiieiiaeiiiiiiiiieiOSiiSiiiiiSJiiiieeiiiii`iiiiiiiiiiiiSiiiiiiiO`iiiiiSZiiiiiiieei`iiii`iiiiiD`ii\ieieii`iiiiiiieiiieiiie 1 `rs10004195-ALT-G-1 9 10 T 214 ...........................................................................................................,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, Sieie=ieiSe`iiiiiii`eieeiiieeiiiOie`eiiieieieieiiiiiie`iie`SiiieeiieiZZeiiee`eiaiiiiiiiiii`eii`ieZiieeieieieieiiiiiiieieiiSieeieei`Sieeii`iee`iiieeeeeieeiieSeiiii`eiiiieiie`eeee`eiiieiii`iiW`e=ieiiSieeieeSeieiZeieJ 1` `rs10004195-ALT-G-1 10 11 G 215 ............................................................................................................,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ieiSiSi=Zeeeieiei``eeiiieeeiDeaieeiieSeJieieeiZe```=iDieeiOiieZ```ieOeeZieSiieeiSeeSieZeeSieieeieiieieeieeSeeiiiJieieeiieeeei=iieeeeOeeiiiiee``eeeZ=eeieeieieeaeeeDieZeiieieieieeieeei 1 rs10004195-ALT-G-1 11 12 C 215 ............................................................................................................,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ieeei``iJaieieiiiiiieeOieiiieiii=iiiiiieiiSSSeeS\i\iieeWiiiiiiieiiiiieieiiJiiiiiiiieieiieiiiieiiiiiiiiiiiiiieeJiiiiiiWiieiieieiiSJiiiieiieieii\ieiiieeJZiiiiieiiiiiiOiiiiiiiiiiieiiiOeeeeiiieiiiiiiiieSiiiiiiSii 1 rs10004195-ALT-G-1 12 13 A 215 ............................................................................................................,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,t,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, iiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiaiiiiiieieiSieieiiiiieiaiiiiiiiieeiiiiSiiiiiiiiiiiiiiieaiieiiiiiiiiiiieiieiiiiiiiiiiiiiiiiiiieiiiiiiiSeiSeeaiOiiieiiiZiiiiiiiieeiiiiiiieiiiiiiiSiiiieiiiiiieiiiieiiiiieii=iiiiieeiiieiiiiiiiei: 1

[SebastienNin]

I don't really understand this output, but for now I still didn't have time to document myself on it.