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Evaluation de leçon: Calibrer des âges radiocarbone avec R #329

Closed spapastamkou closed 3 years ago

spapastamkou commented 3 years ago

Le Programming Historian en français a reçu la leçon intitulée "Calibrer des âges radiocarbone avec R" de @nfrerebeau et @blebrun (cf. proposition #308). Cette leçon est maintenant en cours d'évaluation. Une prévisualisation est disponible ici:

http://programminghistorian.github.io/ph-submissions/fr/lecons/calibration-radiocarbone-avec-r

Vous pouvez utiliser la numérotation des lignes fournie dans l'aperçu pour organiser vos commentaires, si cela vous convient. Toutefois, sentez-vous libre de présenter votre évaluation comme vous le jugez mieux.

J'assume le rôle de rédactrice en charge du suivi du processus de l'évaluation. Dans ce cadre, je vais solliciter deux relectures auprès de la communauté et coordonnerai les échanges qui auront lieu dans cet espace. J'ai déjà relu de mon côté la leçon et j'ai fait part de mes commentaires aux auteurs, auxquels ils ont su réagir.

Tout membre de la communauté peut faire un retour constructif sur ce fil de commentaires, après avoir pris connaissance de nos consignes aux évaluateurs et évaluatrices (https://programminghistorian.org/fr/consignes-evaluateurs) et accepté notre politique contre le harcèlement (voir ci-dessous). Nous demandons que toutes les relectures cessent après réception de la seconde évaluation formelle, pour que l'auteur(e) puisse travailler sur la révision de son texte. Je l'annoncerai sur ce fil quand cette étape aura été atteinte.

J'essaierai de maintenir la discussion au niveau de Github. Si quelqu'un préfère de discuter de manière privée, merci de m'envoyer un message électronique. Vous avez toujours la possibilité de vous tourner vers notre médiatrice Hélène Huet si vous avez le sentiment qu'une médiation est nécessaire.

Politique contre le harcèlement

Vous trouverez ci-dessous les principes du Programming Historian en français qui doivent inspirer les échanges entre évaluateurs et évaluatrices, auteur(e)s, rédacteurs et rédactrices, ainsi que toute personne contribuant à nos forums publics.

Le Programming Historian en français tient à garantir un environnement académique ouvert à la communauté, qui offre la pleine liberté d’explorer minutieusement des idées, poser des questions, faire des suggestions ou demander des clarifications. Il fournit aussi un espace libre de toute discrimination envers les personnes contribuant au projet indépendamment du genre, de l’orientation sexuelle, des situations d’handicap, de l’apparence physique, de la masse corporelle, de l’origine, de l’âge, de la religion ou de l’expérience technique. Nous ne tolérons aucune forme d’harcèlement ou d’attaque personnelle contre les membres de la communauté. Les personnes qui violent ces règles sont susceptibles d’être expulsées de la communauté à la discrétion du conseil éditorial. Toute personne en mesure de témoigner de tels comportements ou qui en est la victime peut contacter notre dispositif de médiation ([FR OMBUDSPERSON NAME] - http://programminghistorian.org/fr/equipe-projet). Merci de nous aider à créer un espace d’échange et de discussion sûr.

Modèle de cession non-exclusive des droits d'exploitation pour les auteurs

Je [prénom, nom] auteur cède à ProgHist Ltd de manière non-exclusive notamment le droit de publier le tutoriel dont il est question dans ce ticket (y compris le résumé, les tables, les illustrations, les données, et des ressources supplémentaires) sous licence CC-BY.

ghost commented 3 years ago

@spapastamkou nous avons ajoutés les liens proposés et corrigé les exposants avec des balises html, merci pour les suggestions.

spapastamkou commented 3 years ago

Merci à vous @blebrun et désolée pour le retard de réagir.

spapastamkou commented 3 years ago

J'ai le plaisir d'annoncer que notre premier évaluateur est @guillaumeflorent. En attendant de vous lire, merci à vous.

guillaumeflorent commented 3 years ago

Salut à vous, merci pour votre sollicitation et merci pour cette mise au point à propos de la datation par analyse du radiocarbone,

Je vais essayer de m’acquitter au mieux de la relecture de votre leçon. Je n’en ai pour l’instant relu que les premières parties, antérieures à « Applications avec R » (auxquelles je m’attaquerai la semaine prochaine). Je n’émettrai quasiment que des remarques de pure forme.

Cordialement,

Guillaume

L’expression « âges radiocarbone » n’impliquerait-elle pas l’usage du pluriel pour radiocarbones ? Il arrive dans votre texte que l’accord soit fait (dans une légende par exemple) et d’autres fois non.

§ 12 : terminus (ajouter le r manquant) post-(supprimer le tiret, le remplacer par une espace) quem § 12 : « Sauf à rechercher spécifiquement à quand remonte la mort d’un organisme, le radiocarbone fournit donc un terminus post quem pour l’événement archéologique que l’on souhaite positionner dans le temps. C’est-à-dire le moment après lequel a eu lieu l’événement archéologique ou historique d’intérêt (abandon d’un objet, combustion d’un foyer, dépôt d’une couche sédimentaire, etc.). » Est-ce qu’il ne faudrait pas signaler les possibilités d’intrusions régulièrement rencontrées dans le contexte des fouilles archéologiques ? D’autre part, si l’on considère par exemple des datations radiocarbones portant sur une US comprise dans une séquence stratigraphique et les US situées sous (stratigraphiquement parlant) l’US contenant l’organisme daté ; le radiocarbone ne fournit-il pas un terminus ante quem pour les US placées en-dessous de l’US datée ? Plus généralement, j’imagine qu’une référence courte à tous les problèmes qui peuvent se présenter à propos de la relation entre ce que l’on désire effectivement dater et la nature et les conditions du prélèvement de l’échantillon finalement soumis à l’analyse serait peut-être nécessaire ? C’est souvent l’absence de problématisation, liée à une forme de fascination pour un type de datation qualifiée « d’absolue », qui me semble conduire à un mauvais usage du radiocarbone par les archéologues, qui oublient qu’ils disposent de leurs propres outils critiques, pour encadrer leurs interprétations.

À ce propos voir par exemple :

Dean J. S., « Independent Dating in Archaeological Analysis », Adv. Archaeol. Method Theory, 1, pp. 223‑255. Que vous citez déjà.

Évin J., « Critères de choix des échantillons pour la datation par le radiocarbone », Bull. Société Préhistorique Fr., 74‑5, pp. 135‑148.

Schiffer M. B., « Archaeological Context and Systemic Context », Am. Antiq., 37, 2, pp. 156‑165.

§ 21 : exprimé sous la forme $t \pm \Delta t$ (l’âge, (ajouter virgule) plus ou moins son incertitude). Cette incertitude résulte de la combinaison des différentes (e manquant) sources d’erreur au sein du laboratoire : il s’agit d’une incertitude aléatoire inhérente à la mesure.

§ 22 : elle coïncide exactement avec l’âge radiocarbone vrai (véritable ou réel ?)

§ 23 : il contienne la vraie (accord) valeur (inconnue) § 23 : raisonnablement être attribuées à l’âge vrai. Même question que pour § 22. § 23 : Un âge conventionnel est la réalisation (ou résultante ou conséquence ?) d’un processus aléatoire, la décroissance radioactive,

§ 25 : mêmes questions que pour § 22 autour de l’emploi de « vrai ».

§ 26 : les plage de normalité aux niveaux de confiance 68 % (ajouter), 95 % (ajouter) et 99 %.

§ 29 : avec une loi normale, il va (déplacer) en va tout autrement d’un âge calendaire une fois calibré. § 29 : Il n’est en effet pas possible de décrire la distribution (simplifier ?, Il est en effet impossible ?)

§ 33 : conduire à des sur-interprétations (surinterprétations) § 33 : données et des choix ayant s (supprimer s) concouru à l’obtention § 33 : , deux aspects particulièrement importants dans le cas de la calibration d’âges radiocarbone. (proposition de reformulation : en ce qui concerne. « Dans le cas de la calibration » sonne bizarrement)

§ 86 : L’année 1950 est utilisée comme référence ,(supprimer la virgule) car elle correspondait , lors des premiers développements du radiocarbone , à l’époque astronomique standard. (ajouter les virgules).

ghost commented 3 years ago

Merci @guillaumeflorent pour cette première partie de relecture. Nous avons suivi toutes les corrections de forme suggérées et explicité le paragraphe sur le terminus. Nous avons également ajouté une référence récente à ce sujet.

spapastamkou commented 3 years ago

Merci @guillaumeflorent pour ce premier retour. @blebrun Merci pour votre rapidité. Pour la suite, je vous propose néanmoins d'attendre l'ensemble des relectures (je travaille pour en avoir encore, car il nous faut a minima 2) et faire toutes les modifications à la fin.

Je me permets juste de noter que concernant l'accord "âges radiocarbone" ou "âges radiocarbones", j'avais suggéré aux auteurs de basculer à la première forme parce que radiocarbone n'est pas un adjectif et, après vérification, dans la bibliographie que j'ai pu parcourir en ligne (par exemple ici) c'est la forme sans accord qui semble prévaloir. Mais c'est quelque chose qu'on peut voir à la fin avec tout le reste. Merci à tous pour votre rapidité!

spapastamkou commented 3 years ago

Petite note pour les auteurs, @nfrerebeau et @blebrun: j'ai un peu du mal à trouver une deuxième personne pour la relecture, mais je continue les efforts et vous tiendrai informés. Merci d'avance pour votre compréhension!

ghost commented 3 years ago

Si vous le souhaitez @spapastamkou, nous pouvons vous proposer un ou deux noms.

spapastamkou commented 3 years ago

Merci @blebrun, je crois qu'il me faut juste quelques jours de plus.

spapastamkou commented 3 years ago

C'est @LScholtus qui se charge de la deuxième relecture de la leçon, merci à elle.

spapastamkou commented 3 years ago

@marieannevibet sera la troisième relectrice de la leçon. En attendant de vous lire, merci à vous!

guillaumeflorent commented 3 years ago

Bonjour à vous,

La suite, donc, de ma relecture.

J'ai recopié les codes permettant de réaliser les tableaux, de procéder aux tests statistiques et de réaliser les graphiques dans RStudio. Je n'ai rencontré aucun problème. Pour le reste, il s'agit surtout de questions de formes. § 41 : "plusieurs questions peuvent être explorées". Remplacer par plusieurs "questions préalables" ou "aspects préliminaires" ? § 53 : "vraissemblablement" : Remplacer par "vraisemblablement". § 55 : "toute confusion par le lecteur" : Remplacer par "de tromper ou troubler le lecteur" ou encore plus simplement "toute confusion du lecteur". § 57 : En légende : "à l’intervalle 2σ", ajouter à 2 σ § 58 : les indications de pourcentage devraient être, il me semble, suivies d'une espace : "68_%"). § 62 : "en permettant la reproductibilité des résultats" : remplacer par "permettre de vérifier les résultats et d'en faire usage" ?

Merci pour cette leçon. Les recommandations relatives à la communication des résultats des analyses radiocarbone sont particulièrement bienvenues.

Je suis d'accord maintenant avec @spapastamkou, "radiocarbone" n'est pas un adjectif donc pas il n'y pas d'accord. Désolé.

Cordialement, et à bientôt,

@guillaumeflorent

spapastamkou commented 3 years ago

Merci pour votre relecture @guillaumeflorent. Une fois que nous aurons reçu les deux suivantes, je ferai une synthèse de l'ensemble des commentaires et suggestions et pour en discuter avec les auteurs. A bientôt!

LScholtus commented 3 years ago

Bonjour à tous et merci de m'avoir proposé de participer à la relecture de cette leçon.

Tout d'abord j'ai trouvé cette leçon dans son ensemble très claire et un rappel très utile sur l'utilisation du carbone 14 pour les archéologues, en particulier le rappel de la nécessité de communiquer les données et leurs analyses pour obtenir les résultats présentés.

Par rapport à la forme, je n'ai que deux remarques : § 23 : la vraie valeur (inconnue)de l' âge conventionnel § 38 : la légende pour le tableau 1 ne devrait-elle pas correspondre à la mise en page des légendes des figures ?

En ce qui concerne le code R que j'ai reproduis, je n'ai eu qu'un soucis à l'import des données que je ne m'explique pas. En effet, je ne pouvais créer le jeu de données à cause de duplicates row.names, ce qui a été résolu en réécrivant le code. Pour le reste aucun problème. Dans la partie calibration des âges, à la lecture du texte de présentation on a l'impression que l'on va commencer par calibrer les échantillons 2, 3 et 4 pour ensuite s'attaquer à l'échantillon 1, ce qui n'est pas le cas du code. J'inverserai le texte ou le code pour plus de compréhension.

Enfin, je dois admettre que j'ai eu beaucoup de mal à comprendre la figure 7 et ai été obligée de revenir plusieurs fois à la figure 5 pour comprendre la lecture que vous proposez de ces graphiques. Peut-être que cette figure pourrait bénéficier d'une légende ou d'une explication plus détaillée rappelant les différents éléments qui composent ces graphiques.

Ce sont là les seules remarques que j'aurais à faire. Je trouve cette leçon très claire pour quelqu'un qui comme moi n'a que des notions de bases sur le radiocarbone.

Bien cordialement, Lizzie Scholtus

spapastamkou commented 3 years ago

@LScholtus Je vous remercie de votre relecture et je note les points à vérifier concernant le code et aussi les légendes des figures que vous mentionnez. Dans la fig. 7, je vois aussi qu'il faut mettre "échantillons" à la place de "échantillon" - je le note aussi pour pas que cela échappe à la fin:) A la suite de la 3e relecture je ferai le point avec les auteurs dans ce ticket, qui pourront bien sûr revenir vers l'ensemble des relecteurs/relectrices pour discuter des suggestions, s'ils le souhaitent. Un grand merci à tous!

marieannevibet commented 3 years ago

Bonjour à tous, Merci également de m'avoir proposé d'être relectrice. J'ai pris plaisir à lire ce tutoriel et à me replonger dans l'univers des dates radiocarbones. Merci aux auteurs pour ce joli travail qui permet de comprendre le mécanisme pas si simple de la calibration. Je note toutefois une réserve des auteurs envers les méthodes bayésiennes. Cependant, les intervalles à plus hautes densités sont un des outils majeurs des résultats de calibration et découlent tout simplement de la modélisation bayésienne de la calibration. Je suggère fortement d'aborder ces notions simplement avec leur vrai nom, sans pour autant entrer dans le détail fastidieux des modèles bayésiens.

Voici mes quelques remarques.

§ 22 : "Un âge conventionnel est la réalisation d’un processus aléatoire, la décroissance radioactive, il peut être ainsi modélisé à l’aide d’une loi de probabilité particulière : la loi normale." N'est-ce pas simplement une convention ?

§ 25: "L’intervalle à $1\sigma$ est plus précis (moins dispersé), mais moins juste qu’à $2\sigma$" L'intervalle à 1 sigma est plus court, mais pas plus précis. car en effet, la proba est de 68%.
Pour un archéologue un intervalle plus court correspond à un objet mieux daté, encore faut-il comparer des intervalles ayant la même probabilité de contenir la vraie valeur.

§ 29 :"Retenir la seule valeur centrale ou la valeur la plus probable d’un âge calibré n’a donc pas de sens statistique." Ce n'est pas vrai, en stat, on le fait en pratique courante, par contre on doit toujours associé une mesure de dispersion à une valeur centrale. Cependant, en pratique, en archéologie, on résume simplement les bornes de l'intervalle de crédibilité.

§ 31 : "On pourrait alors être tenté de réaliser la calibration avec une incertitude à $1\sigma$ pour réduire l’intervalle de l’âge calendaire." cette technique n'est clairement pas satisfaisante d'un point de vue stat. On ne doit pas choisir les résultats qui nous arrangent, jamais ! Si on choisit de résumer les résultats avec des intervalles à 68% alors, tous les intervalles doivent être résumés ainsi, pas uniquement celui qui nous embête.

§ 33 : Excellente conclusion.

Vous ne présentez pas les intevalles à plus hautes densités (intervalles HPD), vous ne mentionnez pas la méthode statistique permettant la calibration (méthode bayésienne). C'est dommage à mon avis. D'ailleurs dans le paragraphe 31 vous citez une union d'intervalles qui correspond à l'intervalle à plus hautes densités.

§ 34 : Que signifie pour vous "mais sont plutôt destinés à traiter des problèmes de modélisation bayésienne." ? Aujourd'hui, toutes les techniques de calibrations sont réalisées à l'aide de modélisation bayésienne. C'est une chose que j'ai apprise de Caitlin Buck. BCal, Oxcal, ChronoModel, BChron et même rcarbon se basent sur les techniques bayésiennes. Cependant, Oxcal et ChronoModel sont développés pour estimer des chronologies d'évènements.

Le reste du tutoriel est bien rédigé et clair. J'aime particulièrement la conclusion pratique paragraphe 62 et suite "Comment présenter ses résultats ?". Cependant, vous pourriez ajouter le nom de l'intervalle présenté, sauf si vous considérez que c'est une information acquise par tous vos lecteurs. Les intervalles HPD donnent des résultats différents des intervalles de crédibilité centrés sur la moyenne.

Pour la reproduction, je rencontre une erreur de compilation dès le début. Error in utils::read.table(header = TRUE, sep = " ", dec = ".", row.names = 1, : la duplication de 'row.names' est interdite Je ne trouve pas la solution pour le moment... Guillaume Florent et Lizzie Scholtus ont réussi à refaire votre programme. Je suis la seule à avoir une erreur. Alors ne faites pas attention à mon cas pour cette partie-là.

Bien cordialement, Marie-Anne Vibet

spapastamkou commented 3 years ago

Merci beaucoup @marieannevibet pour votre relecture et vos remarques détaillées et précises. Je saisis l'occasion pour vous remercier conjointement tous le trois, avec @guillaumeflorent et @LScholtus, pour la qualité de vos relectures, qui permettront de finaliser la leçon. J'en ferai la synthèse et je reviendrai vers vous, @blebrun et @nfrerebeau, sans doute au cours de la semaine prochaine pour en discuter. Si, en attendant, vous souhaitez engager la discussion avec notre relecteur et les deux relectrices directement ici, avant ou après, n'hésitez pas. A très bientôt et, une nouvelle fois, merci à vous tous.

nfrerebeau commented 3 years ago

Merci à tous pour vos commentaires ! @LScholtus et @marieannevibet pourriez-vous nous dire quelle version de R vous utilisez et sous quel système ? Je ne parviens pas à reproduire le problème lié à utils::read.table() de mon côté.

LScholtus commented 3 years ago

Bonjour, J'utilise la version 4.0.2 (2020-06-22) de R sous Windows 10. Entre temps, j'ai trouvé le problème : lorsque je copie le code dans la leçon lié à la fonction utils::read.table(), un alinéa s'ajoute à chaque ligne du paramètre text ce qui engendre le problème de duplicate rows. En enlevant cet espace le code fonctionne parfaitement.

spapastamkou commented 3 years ago

Bonjour, j'aimerais demander si quelqu'un parmi vous constate des problèmes de visualisation des formules mathématiques dans la prévisualisation de la leçon: http://programminghistorian.github.io/ph-submissions/fr/lecons/calibration-radiocarbone-avec-r Suis-je la seule à avoir un rendu comme cela ci-dessous? Merci pour votre aide!

formule-math

guillaumeflorent commented 3 years ago

Bonjour, Effectivement, je retrouve les mêmes expressions, au même endroit !

Cordialement,

Guillaume

Le mer. 24 févr. 2021 à 12:32, Sofia Papastamkou notifications@github.com a écrit :

Bonjour, j'aimerais demander si quelqu'un parmi vous constate des problèmes de visualisation des formules mathématiques dans la prévisualisation de la leçon: http://programminghistorian.github.io/ph-submissions/fr/lecons/calibration-radiocarbone-avec-r Suis-je la seule à avoir un rendu comme cela ci-dessous? Merci pour votre aide!

[image: formule-math] https://user-images.githubusercontent.com/27706167/108994539-3587cc80-769c-11eb-9645-0e330fc9640e.png

— You are receiving this because you were mentioned. Reply to this email directly, view it on GitHub https://github.com/programminghistorian/ph-submissions/issues/329#issuecomment-785013212, or unsubscribe https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/ASOZFRTWLTYPG2MMCXOAKHTTATPV7ANCNFSM4UYTBUKQ .

spapastamkou commented 3 years ago

Merci de me le confirmer @guillaumeflorent. C'est récurrent, et ce malgré une syntaxe correcte à l'intérieur du texte. @nfrerebeau et @blebrun, je m'en occuperai, pas d'inquiétude.

spapastamkou commented 3 years ago

A la suite de la réception des trois relectures, vous trouverez ci-dessous, @nfrerebeau et @blebrun, quelques suggestions pour 1) apporter des modifications sur la forme (coquilles, oublis, ajouts...); 2) revoir l'organisation de certaines parties du texte; 3) clarifier le propos. J'omets ici la première partie de la relecture de @guillaumeflorent dont les suggestions ont déjà été intégrées (merci @blebrun!); je tiens compte de la deuxième partie et des deux autres relectures, en intégrant aussi quelques suggestions de mon côté.

1. Suggestions de modifications qui portent sur la forme (coquilles, omissions de mots, ajouts pour clarifier etc).

Je mets en gras les parties en provenance du texte de la leçon et les suggestions de modifications.

Pour l'ensemble du texte, il me semble qu'on peut trancher en faveur de: âges radiocarbone à la place de: âges radiocarbones (si besoin, je peux me charger de les modifier)

§ 12: je vous proposerais de réintroduire les termes post/ante à côté de terminus comme suit (ou quelque chose de la sorte), il me semble important pour le lectorat. Il s'agirait donc de remplacer le radiocarbone fournit donc un terminus pour l’événement archéologique par le radiocarbone fournit donc un terminus ante ou post quem pour l’événement archéologique remplacer d’autant plus important par d’autant plus importants

§ 18: remplacer Cette opération est réalisée à l’aide d’une courbe, régulièrement mise à jour par la communauté scientifique par Cette opération est réalisée à l’aide d’une courbe estimée, régulièrement mise à jour par la communauté scientifique

§ 23 : remplacer la vraie valeur (inconnue) de âge conventionnel par la vraie valeur (inconnue) de l'âge conventionnel

§ 41 : remplacer plusieurs questions peuvent être explorées par plusieurs questions préalables peuvent être explorées (ou plusieurs aspects préliminaires?)

§ 53 : remplacer vraissemblablement par vraisemblablement.

§ 55 : remplacer toute confusion par le lecteur par toute confusion du lecteur.

§ 57 (légende de la fig. 7): a) remplacer différents échantillon par différents échantillons; b) remplacer zones gris foncé par zones en gris foncé; c) @guillaumeflorent formule la suggestion suivante: à l’intervalle 2σ, ajouter à 2σ; je ne suis pas sûre de comprendre la différence, mais je lui fais confiance et sans doute vous y voyez plus clair, je vous laisse donc le soin de décider.

§ 58 : remplacer 68% par 68 % (ajouter un espace)

§ 62 : remplacer en permettant la reproductibilité des résultats par en permettant la vérification et la reproductibilité des résultats

2. Réorganisation du texte

Concernant le § 38, qui présente les variables du tableau 1, il me semble que le texte gagnerait à être développé (c'est-à-dire juste faire des phrases) et continuer ainsi le texte qui précède le tableau, plutôt que d'avoir l'air d'une longue légende. Par ex., "Ce tableau présente les âges radiocarbone ($1\sigma$) obtenus dans le cadre de l’étude du Suaire de Turin (Damon et al., 1989). L'échantillon 1 (Éch. 1 ) correspond au tissu prélevé sur le Suaire de Turin; l'échantillon 2 (Éch. 2) représente un fragment de lin provenant d’une tombe de Qasr Ibrîm (Égypte), daté des XIe-XIIe siècles de notre ère.... " (la formulation est hasardeuse, et pas nécessairement une suggestion:)) Vous en pensez quoi?

Concernant les légendes des figures 5 et 7: Pour pleinement apprécier la densité et la richesse des informations qu'elles fournissent pour comprendre les visualisations, peut-être qu'il serait possible de les alléger tout en les reliant plus au texte qui précède? C'est-à-dire, les faire précéder d'à peine une ligne ou deux pour les annoncer et expliquer la valeur (pédagogique) des visualisations, en y fournissant certaines infos qui pour le moment sont à l'intérieur des légendes.

3. Clarifier le propos

Enfin, concernant certains points abordés par Marie-Anne Vibet, à l'exception du tout premier que j'ai inclus parmi les modifications suggérées pour le § 18 dans la partie 1, il me semble bien qu'il y en a qui portent sur le fond ou qui, en tout cas, peuvent permettre de reformuler ou clarifier certaines parties du texte pour le rendre encore plus pointu. Je vous laisse le soin d'en tenir compte et/ou d'échanger davantage si besoin, si cela vous convient.

Sachez que, si vous souhaitez souligner certaines parties de la leçon, par exemple des conclusions d'une ou de plusieurs parties qui vous semblent importantes à retenir par les lecteurs et lectrices, il est tout à fait possible d'utiliser par exemple des caractères bold. Mais, encore une fois, à vous de voir.

N'hésitez pas à prendre le temps qu'il vous faut pour revoir le texte. Normalement on prévoit un mois environ pour finaliser le texte après les relectures, et on peut bien sûr revoir ce délai à la baisse ou à la hausse si nécessaire. Merci, et je reste bien évidemment à votre disposition!

spapastamkou commented 3 years ago

@nfrerebeau @blebrun Avant la publication, il sera nécessaire de nous fournir:

spapastamkou commented 3 years ago

@nfrerebeau @blebrun Vous trouverez ci-dessous le modèle d'une déclaration nous autorisant à publier sous licence CC-BY, que chacun de vous pourra soumettre sous forme de commentaire ici.

Je [prénom, nom] auteur cède à ProgHist Ltd de manière non-exclusive notamment le droit de publier le tutoriel dont il est question dans ce ticket (y compris le résumé, les tables, les illustrations, les données, et des ressources supplémentaires) sous licence CC-BY.

nfrerebeau commented 3 years ago

Merci @spapastamkou pour la synthèse des remarques ! Nous avons intégré l'ensemble des remarques concernant la forme (1) et la réorganisation du texte (2), comme proposé ou avec quelques variations.

Sur le fond (3), les remarques de @marieannevibet nous ont conduit à faire des modifications plus importantes. Je les résume (avec quelques désaccords) :

Section "Comment calibrer ?", 2ème paragraphe "Cette incertitude résulte de la combinaison des différentes sources d’erreur au sein du laboratoire". En fait, l'age conventionnel obtenu résulte d'une opération dans laquelle l'erreur de mesure du labo et l'erreur de mesure sur la courbe de calibration sont toutes les deux prises en compte.

L'âge conventionnel correspond à l'âge avant calibration, l'erreur sur la courbe n'intervient pas ici.

L'intervalle à 1 sigma est plus court, mais pas plus précis. car en effet, la proba est de 68%. Pour un archéologue un intervalle plus court correspond à un objet mieux daté, encore faut-il comparer des intervalles ayant la même probabilité de contenir la vraie valeur.

Notre formulation était en effet maladroite, nous l'avons modifié.

"Retenir la seule valeur centrale ou la valeur la plus probable d’un âge calibré n’a donc pas de sens statistique." Ce n'est pas vrai, en stat, on le fait en pratique courante, par contre on doit toujours associé une mesure de dispersion à une valeur centrale. Cependant, en pratique, en archéologie, on résume simplement les bornes de l'intervalle de crédibilité.

C'est en effet une pratique courante en stat, mais il nous semble que ce n'est pas pertinent lorsque la distribution est multimodale (ce qui est souvent le cas des âges calibrés). Retenir les bornes de l'intervalle HPD ou de crédibilité est plus qu'une pratique : c'est à notre avis la seule façon pertinente de présenter un âge calibré (car on sait quelle confiance accorder à cet intervalle). En pratique s'attacher à la valeur centrale conduit souvent à ne retenir qu'elle (même lorsqu'elle est associée à une valeur de dispersion) ce qui n'a guère de sens pour l'interprétation. Nous avons reformulé un peu ce paragraphe.

"On pourrait alors être tenté de réaliser la calibration avec une incertitude à $1\sigma$ pour réduire l’intervalle de l’âge calendaire." cette technique n'est clairement pas satisfaisante d'un point de vue stat. On ne doit pas choisir les résultats qui nous arrangent, jamais ! Si on choisit de résumer les résultats avec des intervalles à 68% alors, tous les intervalles doivent être résumés ainsi, pas uniquement celui qui nous embête.

En effet ! Ce passage était également maladroit, nous l'avons revu.

Vous ne présentez pas les intevalles à plus hautes densités (intervalles HPD), vous ne mentionnez pas la méthode statistique permettant la calibration (méthode bayésienne). C'est dommage à mon avis. D'ailleurs dans le paragraphe 31 vous citez une union d'intervalles qui correspond à l'intervalle à plus hautes densités.

Nous n'avons pas souhaité rentrer de les détails du calcul de la calibration, cela nous semble être un aspect trop avancé dans le cadre de cette leçon. Cela aurait peut être plus de sens dans une future leçon sur la construction de chronologies d'événements (ce qui rejoint la remarque sur le paragraphe 34). Cependant, l'absence d'explication sur les intervalles HPD et de crédibilité était un manque que nous avons essayé de combler. Nous avons illustré les deux types d'intervalle sans pour autant rentrer dans le détail des calculs, nous aimerions avoir un retour des relecteurs sur ce point.

Nous avons modifié le code pour que l'importation de données ne pose plus de soucis.

Un grand merci à @guillaumeflorent, @LScholtus et @marieannevibet pour leur relecture et leurs suggestions !

nfrerebeau commented 3 years ago
ghost commented 3 years ago

licence Je Brice Lebrun auteur cède à ProgHist Ltd de manière non-exclusive notamment le droit de publier le tutoriel dont il est question dans ce ticket (y compris le résumé, les tables, les illustrations, les données, et des ressources supplémentaires) sous licence CC-BY.

bio Brice Lebrun est Ingénieur de Recherche en géochronologie à l'IRAMAT-CRP2A (UMR 5060 / Université Bordeaux Montaigne - CNRS).

ORCID 0000-0001-7503-8685

résumé de la leçon Cette leçon vous apprend à calibrer des âges radiocarbone avec R. Après un rappel sur le principe du radiocarbone et les enjeux de la calibration, cette leçon explique pas à pas comment réaliser la calibration d'un ensemble de dates et comment explorer et présenter les résultats.

spapastamkou commented 3 years ago

@nfrerebeau @blebrun Je vous remercie pour votre travail et pour votre vitesse! Je ferai les dernières vérifications sur la version finale dès que possible et préparerai la publication. Je vous tiens au courant sur ce ticket lorsque tout sera prêt. @guillaumeflorent @LScholtus et @marieannevibet Merci une nouvelle fois pour votre contribution!

spapastamkou commented 3 years ago

@blebrun En préparant la publication de la leçon, j'ai attaqué le problème de visualisation des formules mathématiques qui persistait même après avoir activé mathjax. Celles qui se trouvent séparément du texte et sont signalées par $$...$$ ne présentent aucun problème. Mais pour celles qui sont dans le texte, il a fallu remplacer $...$ par \(...\); dans la plupart des cas, le problème a été résolu, mais il en reste quelques unes plus tenaces. Pour ces dernières, vous serait-il possible de parcourir le texte pour vérifier que, en dehors du remplacement des $...$ par `(...) , les formules dedans sont bien intactes (parfois il y avait des parenthèses de fin qui sautaient, par ex.)? Comme les délimiteurs sont visibles, elles sont facilement repérables dans la prévisualisation. J'ai travaillé pour l'instant la partie qui va du début au paragraphe 54 (dernier commit). Merci beaucoup et, si jamais il faut plus d'infos, j'ai ouvert un ticket à propos.

spapastamkou commented 3 years ago

@blebrun @nfrerebeau Toutes les vérifications ont été faites et les dernières corrections intégrées. Les formules mathématiques s'affichent enfin correctement:) Merci pour cette leçon agréable à lire, même par un non spécialiste comme moi.

J'ai seulement un doute par rapport à la phrase que je copie ci-dessous: est-ce qu'il manque un mot (verbe?) dans la première partie? C'est peut-être moi qui comprends mal, mais je préfère vous poser la question.

"Dans la plage définie par l’âge radiocarbone plus ou moins son incertitude, toutes les valeurs n’ont la même probabilité de coïncider avec l’âge radiocarbone vrai, or la calibration par simple interception suppose l’inverse. " (paragraphe 28, entre les figures 4 et 5).

nfrerebeau commented 3 years ago

@spapastamkou nous avons corrigé la phrase du paragraphe 28 (il manquait bien un mot), ainsi qu'une dernière coquille qui nous avait échappé.

spapastamkou commented 3 years ago

Merci beaucoup @nfrerebeau et @blebrun!

spapastamkou commented 3 years ago

La leçon est en cours de publication, je vous tiendrai au courant lorsqu'elle sera en ligne.

spapastamkou commented 3 years ago

La leçon est maintenant en ligne: https://programminghistorian.org/fr/lecons/calibration-radiocarbone-avec-r C'est notre première leçon originale en français! Un grand merci @nfrerebeau et @blebrun pour votre travail, et merci aussi à vous @guillaumeflorent, @LScholtus et @marieannevibet pour vos relectures. Cela a été particulièrement agréable de travailler avec vous. Encore merci pour ce beau résultat!