Option Clustering in massive docking vina

[davidRFB]

Hola ! Soy estudiante de maestría en química en la Universidad de los Andes. En primer lugar me gustaría agradecerles por estos recursos online. Muy útil e interesante uso del autodock vina. Recientemente he usado el script de MassiveDockingVina sin embargo creo que una parte complementaria de clustering se puede adicionar fácilmente con el fin de obtener algunos análisis de forma automática. Se puede usar bitclust (doi: 10.1021/acs.jcim.9b00828 y documentación: https://bitclust.readthedocs.io/en/latest/ )

el código para generar el análisis seria:

cp receptor.pdbqt pdbqt/
cd pdbqt/
    obabel -ipdbqt receptor.pdbqt -opdb -O receptor.pdb
    count=1
    for i in {1..100};
    do
    cd splitpdbqt$i
        for j in {01..10}; do
            echo "$i $j"
            obabel -ipdbqt ligand"$j".pdbqt -opdb -O ligand"$j".pdb ---errorlevel 0
            #Generate a complex file with all poses and the receptor
            echo "MODEL $count" >> ../Complexes.pdb
            grep "REMARK\|HETA" ligand"$j".pdb >> ../Complexes.pdb
            grep "ATOM" ../receptor.pdb >> ../Complexes.pdb
            echo "ENDMDL" >> ../Complexes.pdb
            #Generate a Poses file with all poses in pdb format
            echo "MODEL $count" >> ../Poses.pdb
            grep "REMARK\|HETA" ligand"$j".pdb >> ../Poses.pdb
            echo "ENDMDL" >> ../Poses.pdb
            ((count++))
            done
        cd ..
    done
#Generate clustering anaylsis folder.
bitclust -top splitpdbqt1/ligand1.pdb -traj Complexes.pdb -odir Analysis -cutoff 3 -sel "resname UNK"

Lo dejo porque puede una posible adición al recurso! Muchas gracias por su tiempo. David

[ramirezlab]

Muchas gracias por el aporte David.

Implementaremos estos cambios para complementar el análisis

Saludos!!!

RamirezLab

[ramirezlab]

Hola @davidRFB, @JezsMartinez modificó el código, por favor dale un vistazo para ver su funcionalidad.

Gracias por la contribución!!!

[davidRFB]

Con gusto. Solo de pronto una aclaración. Al ejecutar OpenBabel instalado desde anaconda versión 3.0.0 se utiliza el comando obabel, para versiones anteriores babel. Esto puede cambiar según la versión disponible por el usuario