rdkit / RDKitjs-legacy

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Descriptors._descList #7

Closed thegodone closed 8 years ago

thegodone commented 9 years ago

how to do this python command ?

thegodone commented 9 years ago

here the python definition _descList=[] 20 -def _setupDescriptors(namespace): 21 global _descList,descList 22 from rdkit.Chem import GraphDescriptors,MolSurf,Lipinski,Fragments,Crippen 23 from rdkit.Chem.EState import EState_VSA 24 mods = [GraphDescriptors,MolSurf,EStateVSA,Lipinski,Crippen,Fragments] 25
26 otherMods = [Chem] 27
28 for nm,thing in namespace.items(): 29 if nm[0]!='
' and _isCallable(thing): 30 descList.append((nm,thing)) 31
32 others = [] 33 for mod in otherMods: 34 tmp = dir(mod) 35 for name in tmp: 36 if name[0] != '
': 37 thing = getattr(mod,name) 38 if isCallable(thing): 39 others.append(name) 40
41 for mod in mods: 42 tmp = dir(mod) 43
44 for name in tmp: 45 if name[0] != '
' and name[-1] != '_' and name not in others: 46 # filter out python reference implementations: 47 if name[:2]=='py' and name[2:] in tmp: 48 continue 49 thing = getattr(mod,name) 50 if _isCallable(thing): 51 namespace[name]=thing 52 _descList.append((name,thing)) 53 descList=_descList 54

thegodone commented 9 years ago

we want to reproduce this example

https://iwatobipen.wordpress.com/tag/rdkit/page/3/

import sys from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Descriptors from rdkit.ML.Descriptors import MoleculeDescriptors

file_in = sys.argv[1] file_out = file_in+".descr.sdf" ms = [x for x in Chem.SDMolSupplier(file_in) if x is not None] ms_wr = Chem.SDWriter(file_out)

nms=[x[0] for x in Descriptors._descList]

nms.remove('MolecularFormula')

calc = MoleculeDescriptors.MolecularDescriptorCalculator(nms)

for i in range(len(ms)): descrs = calc.CalcDescriptors(ms[i]) for x in range(len(descrs)): ms[i].SetProp(str(nms[x]),str(descrs[x])) ms_wr.write(ms[i])

gmrandazzo commented 9 years ago

I'm working on this section.

thegodone commented 9 years ago

Cool

Envoyé de mon iPhone

Le 21 mai 2015 à 17:43, Giuseppe Marco Randazzo notifications@github.com a écrit :

I'm working on this section.

— Reply to this email directly or view it on GitHub.

thegodone commented 8 years ago

Bonjour thegodone/RDKitjs, guillaume godin vous a laissé un message sur IQ Elite Cliquez ici a.iqelite.com/j/2vBDJ3/9rq/?hg=QXPcWmK0Zz pour lire votre message

L'équipe d'IQ Elite


Ce message est destiné à reply@reply.github.com. Si vous ne souhaitez pas recevoir d'autres messages de la part de IQ Elite, veuillez cliquer sur ce lien : a.iqelite.com/common/unsubscribe/?code=e02e707d&email=reply@reply.github.com.&hg=QXPcWmK0Zz

IQ Elite est un service de IQ Elite S.L., dont le siège se trouve à : C/ Gran De Gràcia 15, 1a 1a, 08012 Barcelone, Espagne.

thegodone commented 8 years ago

Bonjour,

Guillaume vient de s'inscrire sur IQ Elite. Il vous a écrit un message.

Pour lire ce message avant qu'il n'expire, il suffit de cliquer sur le lien suivant : a.iqelite.com/entry/new_message/2d435e1f6f6aa35fdc444d40bbee203c2d3fda9e1f544b80bfb/320c612f7502e5151585f59af7b60bd585f826d67bd5f906d826d82519090827b59a9cca883bd5f83bd826ecb747b8259c4586eaf6d829060b7cb515151515151515858588275b0cb67cb9060a8587b91b7c4516d91a875b0a9bdc320c612f75044d3e22edb35af44b80bfb/?hg=1yMC5zoxYa

Lisez votre message avant qu'il ne disparaisse !

Cordialement, L'équipe IQ Elite


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thegodone commented 8 years ago

Bonjour,

Votre ami Guillaume vous a envoyé un message il y a 36h jours, mais vous ne l'avez toujours pas lu.

Le message sera supprimé dans 24 heures.

Pour savoir ce que Guillaume vous a écrit, cliquez ici : a.iqelite.com/entry/new_message/2d435e1f6f6aa35fdc444d40bbee203c2d3fda9e1f544b80bfb/320c612f7502e5151585f59af7b60bd585f826d67bd5f906d826d82519090827b59a9cca883bd5f83bd826ecb747b8259c4586eaf6d829060b7cb515151515151515858588275b0cb67cb9060a8587b91b7c4516d91a875b0a9bdc320c612f75044d3e22edb35af44b80bfb/?hg=tOlin8wv7P

Cordialement, L'équipe IQ Elite


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