Closed thegodone closed 8 years ago
here the python definition
_descList=[]
20 -def _setupDescriptors(namespace):
21 global _descList,descList
22 from rdkit.Chem import GraphDescriptors,MolSurf,Lipinski,Fragments,Crippen
23 from rdkit.Chem.EState import EState_VSA
24 mods = [GraphDescriptors,MolSurf,EStateVSA,Lipinski,Crippen,Fragments]
25
26 otherMods = [Chem]
27
28 for nm,thing in namespace.items():
29 if nm[0]!='' and _isCallable(thing):
30 descList.append((nm,thing))
31
32 others = []
33 for mod in otherMods:
34 tmp = dir(mod)
35 for name in tmp:
36 if name[0] != '':
37 thing = getattr(mod,name)
38 if isCallable(thing):
39 others.append(name)
40
41 for mod in mods:
42 tmp = dir(mod)
43
44 for name in tmp:
45 if name[0] != '' and name[-1] != '_' and name not in others:
46 # filter out python reference implementations:
47 if name[:2]=='py' and name[2:] in tmp:
48 continue
49 thing = getattr(mod,name)
50 if _isCallable(thing):
51 namespace[name]=thing
52 _descList.append((name,thing))
53 descList=_descList
54
we want to reproduce this example
https://iwatobipen.wordpress.com/tag/rdkit/page/3/
import sys from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Descriptors from rdkit.ML.Descriptors import MoleculeDescriptors
file_in = sys.argv[1] file_out = file_in+".descr.sdf" ms = [x for x in Chem.SDMolSupplier(file_in) if x is not None] ms_wr = Chem.SDWriter(file_out)
nms=[x[0] for x in Descriptors._descList]
calc = MoleculeDescriptors.MolecularDescriptorCalculator(nms)
for i in range(len(ms)): descrs = calc.CalcDescriptors(ms[i]) for x in range(len(descrs)): ms[i].SetProp(str(nms[x]),str(descrs[x])) ms_wr.write(ms[i])
I'm working on this section.
Cool
Envoyé de mon iPhone
Le 21 mai 2015 à 17:43, Giuseppe Marco Randazzo notifications@github.com a écrit :
I'm working on this section.
— Reply to this email directly or view it on GitHub.
Bonjour thegodone/RDKitjs, guillaume godin vous a laissé un message sur IQ Elite Cliquez ici a.iqelite.com/j/2vBDJ3/9rq/?hg=QXPcWmK0Zz pour lire votre message
L'équipe d'IQ Elite
Ce message est destiné à reply@reply.github.com. Si vous ne souhaitez pas recevoir d'autres messages de la part de IQ Elite, veuillez cliquer sur ce lien : a.iqelite.com/common/unsubscribe/?code=e02e707d&email=reply@reply.github.com.&hg=QXPcWmK0Zz
Bonjour,
Guillaume vient de s'inscrire sur IQ Elite. Il vous a écrit un message.
Pour lire ce message avant qu'il n'expire, il suffit de cliquer sur le lien suivant : a.iqelite.com/entry/new_message/2d435e1f6f6aa35fdc444d40bbee203c2d3fda9e1f544b80bfb/320c612f7502e5151585f59af7b60bd585f826d67bd5f906d826d82519090827b59a9cca883bd5f83bd826ecb747b8259c4586eaf6d829060b7cb515151515151515858588275b0cb67cb9060a8587b91b7c4516d91a875b0a9bdc320c612f75044d3e22edb35af44b80bfb/?hg=1yMC5zoxYa
Lisez votre message avant qu'il ne disparaisse !
Cordialement, L'équipe IQ Elite
Ce message est destiné à reply@reply.github.com. Si vous ne souhaitez pas recevoir d'autres messages de la part de IQ Elite, veuillez cliquer sur ce lien : a.iqelite.com/common/unsubscribe/?code=e02e707d&email=reply@reply.github.com.&hg=1yMC5zoxYa
Bonjour,
Votre ami Guillaume vous a envoyé un message il y a 36h jours, mais vous ne l'avez toujours pas lu.
Le message sera supprimé dans 24 heures.
Pour savoir ce que Guillaume vous a écrit, cliquez ici : a.iqelite.com/entry/new_message/2d435e1f6f6aa35fdc444d40bbee203c2d3fda9e1f544b80bfb/320c612f7502e5151585f59af7b60bd585f826d67bd5f906d826d82519090827b59a9cca883bd5f83bd826ecb747b8259c4586eaf6d829060b7cb515151515151515858588275b0cb67cb9060a8587b91b7c4516d91a875b0a9bdc320c612f75044d3e22edb35af44b80bfb/?hg=tOlin8wv7P
Cordialement, L'équipe IQ Elite
Ce message est destiné à reply@reply.github.com. Si vous ne souhaitez pas recevoir d'autres messages de la part de IQ Elite, veuillez cliquer sur ce lien : a.iqelite.com/common/unsubscribe/?code=e02e707d&email=reply@reply.github.com.&hg=tOlin8wv7P
how to do this python command ?