reinator / pimba

PIMBA, a PIpeline for MetaBarcoding Analysis, which allows the use of customized databases, as well as other reference databases.
GNU General Public License v3.0
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Erro na computação de diversidade individual #1

Open fhsantanna opened 1 year ago

fhsantanna commented 1 year ago

Oi, muito legal o pipeline de vocês. Estou tentando rodá-lo, mas ocorre um erro no passo de computação da diversidade individual. Saberia informar qual o problema?

Segue o erro:

Creating a BLAST Container: 
b5d24cfa785868694e70a2049bb6f19ff196d49ecd5cb21f6405171b1c4a37ab
Running the BLAST Container - blastn: 
Warning: [blastn] Examining 5 or more matches is recommended
BLAST Database error: No alias or index file found for nucleotide database [/gene/*.fasta] in search path [/output/mica:/blast/blastdb:/blast/blastdb_custom:]
mkdir: cannot create directory ‘diversity_by_sample’: File exists
Creating a QiimePipe Container: 
f50ae07c3932fe32871abc36acae528b24681773768b14d4fda62532d24c8ed4
Running the QiimePipe Container - createTaxonTable_singleFile_flex.py: 
Traceback (most recent call last):
  File "/qiimepipe/createTaxonTable_singleFile_flex.py", line 208, in <module>
    taxAssignId = open(sys.argv[3], "r", encoding="utf-8")
FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: '/gene/*_tax.txt'
chmod: cannot access '../teste_out_otus_tax_assignments.txt': No such file or directory
chmod: cannot access '../teste_out_taxon_red_flagged.txt': No such file or directory
mkdir: cannot create directory ‘output’: File exists
mv: cannot stat 'teste_out_otus_tax_assignments.txt': No such file or directory
mv: cannot stat 'teste_out_taxon_red_flagged.txt': No such file or directory

Estou usando como banco de dados o SILVA, o arquivo databases.txt está configurado dessa forma:

SILVA_DB_16S=/home/fernando/Documents/pimba/databases/SILVA_132_QIIME_release
TAXDUMP=/home/fernando/Documents/pimba/databases/new_taxdump
ITS_UNITE_DB=/home/fernando/Documents/pimba/databases/sh_qiime_release_04.02.2020
reinator commented 1 year ago

Olá, @fhsantanna ! Que bom que tá gostando do pipeline! Você pode enviar o comando utilizado?

Algo me diz que pode ser problema com o parâmetro do gene que você utilizou. Se você quiser usar o banco do SILVA, o parâmetro deve ser

-g 16S-SILVA

Abcs