Clock model and site model usage

Je zegt "Making the strict clock explicity is ignored by BEAST2, thus I will not set it explicitly myself either.

Ik begrijp niet wat je bedoelt. Kun je dit nader uitleggen? Ik denk dat het goed is om zowel een strict clock als een relaxed clock te proberen. Hetzelfde geldt voor JC en GTR. De reden hiervoor is als volgt: vanuit een theoretisch perspectief wil je precies weten wat de fout is die gemaakt wordt door BEAST2 door de verkeerde prior te nemen. Daarvoor is het dan nodig een strict clock en een JC substitutiemodel te gebruiken als je dat ook gedaan hebt bij het simuleren van de data. Vanuit een empirisch perspectief zou je echter kunnen zeggen dat het min of meer standaard is om een relaxed clock en een GTR substitutiemodel te nemen, omdat we niet weten wat het onderliggende model is bij echte data. Door hier "verkeerde" keuzes te maken zou je misschien de error die je maakt door een verkeerde prior te nemen (birth-death in plaats van PBD) kunnen VERKLEINEN! Je geeft de inferentie dus meer flexibiliteit, en misschien resulteert dat in een betere boom, ondanks dat de modellen die je erin stopt niet overeen komen met wat de echte genererende modellen zijn. Ik weet niet zeker of het waar is, maar het is sowieso de moeite waard om te bekijken. Ook als de error GROTER wordt in plaats van kleiner, kun je nog steeds zeggen dat het een empirisch perspectief is, en dat de empiricus in dat geval een nog grotere fout maakt dan de theoreticus.

richelbilderbeek / raket

Clock model and site model usage #21