Simulate with an expected equal amount of good species?

[richelbilderbeek]

From #9:

On 5 July 2018 at 17:19:54 +02:00, Rampal S. Etienne [...] wrote:

Je gaat de afwijking van de echte tree onder het PBD model vergelijken met de afwijking van de echte tree onder een BD model (omdat er nu eenmaal noise is die zorgt voor een afwijking). Maar mijn vraag is, hoe doe je dat? Kies je completion rate = Infinity voor het BD model, want dat betekent niet alleen dat je BD kiest voor de echte boom, maar ook dat je het aantal soorten groter maakt, en dus daardoor alleen al de afwijking kleiner is. Beter zou zijn als je in je simulaties met BD en PBD model hetzelfde verwachte aantal soorten zou hebben. M.a.w. als je de completion rate naar Infinity laat gaan, dan moet je de initiation rate (die dus speciation rate wordt in het BD model) gaan verkleinen zodanig dat het verwachte aantal soorten hetzelfde is als in het PBD model.

[richelbilderbeek]

Added this, request feedback from rsetienne, close this Issue.