richelbilderbeek commented 6 years ago

Questions from @rsetienne:

Re: PR 26 2018

2 July 2018 10:00 5 KB

- Wat is er nog nodig om babette op CRAN te krijgen?

[x] Answered, see below

- We hebben clade-wide of island-wide getest op 1 data set en
clade-wide komt er het beste uit. Nu zijn we bezig om te kijken hoe goed
(of slecht) de modelselectie gaat op gesimuleerde data (met de geschatte
parameters).

- island-wide is computationally erg moeilijk, omdat het systeem van
ODEs erg groot is (in de honderduizenden vergelijkingen). R is
waarschijnlijk niet de ideale omgeving om deze op te lossen, maar de
problemen zullen voor andere omgevingen ook moeilijk zijn. Ik wil nog
wel een FORTRAN-versie maken die met deSolve werkt, zoals ik al wel
gedaan heb voor de clade-wide versie. (Die werd er minstens 10x sneller
van).

- Wat is jouw oplossing van het "plus 1" probleem? Het probleem is dat 0
op een logaritmische as niet kan.

[x] Answered, see below

Het incorporeren van C++ simulatiecode in DAISIE zal m.i. niet veel opleveren, qua snelheid althans. De reden dat we het gaan doen is omdat Sebastian graag in C++ wil programmeren (om er ervaring mee te krijgen), en dat lijkt me prima. Ook jouw code kan zo geintegreerd worden in DAISIE. De limitatie zit 'm vooral in het schatten van de parameters waar ik helaas nog geen snellere oplossing voor heb.

- PBD heeft ook een sim_cpp code maar dit is NIET C++. cpp staat voor
coalescent point process...

richelbilderbeek commented 6 years ago

babette vraag: wanneer op CRAN?

15 July 2018 20:43 2 KB From: Richel Bilderbeek To: Rampal S. Etienne

Jij vroeg:

Wat is er nog nodig om babette op CRAN te krijgen?

Het antwoord is: genoeg vrije dagen om de feedback van rOpenSci te implementeren. Voortgang staat hier: https://github.com/ropensci/onboarding/issues/209 , maar als je meer haast wilt maken, dan zou ik daar gewone werkdagen in kunnen investeren. Ik schat -gevaarlijk!- echter dat dit al voor september is gebeurt.

richelbilderbeek commented 6 years ago

DAISIE vraag: hoe +1 weg op logaritmische as?

15 July 2018 20:48 2 KB

Wat is jouw oplossing van het "plus 1" probleem? Het probleem is dat 0 op een logaritmische as niet kan.

Antwoord: simpel, door van de getallen op de schaal 1 af te halen, zie https://github.com/richelbilderbeek/DAISIE/blob/develop/DAISIE/R/DAISIE_plot_stt.R#L63 .

richelbilderbeek commented 6 years ago

Answered all question, closing this Issue.

richelbilderbeek / raket_article

Questions rsetienne 2018-07-02 #7

DAISIE vraag: hoe +1 weg op logaritmische as?