Get pictures for identification and improvement DwC mapping

damianooldoni commented 8 months ago

Hi @fjasteen, @LienReyserhove and @aaikedw 👋

I started this as an email, but then I realised it was better to make an issue of it.

Hieronder de specificatie van de data overdracht (afbeeldingen) van VMM richting INBO. Deze foto's zijn nodig om sommige soorten te identificeren, voornamelijk rivierkreeften. Op dit moment publiceren we de waarnemingen van deze soorten als Decapoda: niet ideaal natuurlijk aangezien dat het gaat over invasieve soorten.

De initiële dataoverdracht zou via Dan Slootmaekers gebeuren. Het zou gaan over een 2000-tal foto's en 10-tal GB. Hij zou ons deze foto's leveren (USB stick of andere fysieke middel). De modaliteit moet nog afgesproken worden.
Per maand komen een 30-tal foto's bij. Ze zullen deze foto's via de huidige webDAV verbinding ter beschikking stellen. Zulke verbinding gebruik ik al om de Excel bestanden met waarnemingen en vangsten te halen (zie download batch DOS bestand) om erna te mapperen naar Darwin Core. Elke foto zal een maand beschikbaar staan ter download. Tijd genoeg, vind ik.
De bestandsnaam van een afbeelding zou zorgen dat we een duidelijke link naar de waarneming kunnen maken (many-to-one mogelijk, meerdere foto's voor een waarneming).

Vanaf dan is aan ons verder te doen.

Mijn voorstel:

een open Amazon EC2 opstellen om de foto's op te slaan. Een tsv bestand (tabel) in vmm-rattenapp-occurrences/data/interim opstellen om een scientific name toe te kennen aan een afbeelding. Deze mapping gebruiken we in de mapping van de waarnemingen naar Darwin Core. Identificatie gebeurt dankzij INBO experten. Ze zouden dus zorgen dat het bestand onderhoud wordt. Basic GitHub kennis vereist.
Extra/enhancement: afbeeldingen publiceren naar GBIF. Dit kan door de foto's regelmatig te publiceren in een data repository op Zenodo. De link naar elke foto kan gebruikt worden in de mapping naar Darwin Core.

Inputs welkom!

damianooldoni commented 7 months ago

@fjasteen will contact Dan Slootmaekers to agree on the first data transfer. I suppose this will happen once the VMM developers are ready with setting up the recurrent data transfer via webDAV.

fjasteen commented 7 months ago

Dan has been contacted. As soon as we obtain the images, we will start annotation with our new crayfish colleagues & share.

riparias / vmm-rattenapp-occurrences

Get pictures for identification and improvement DwC mapping #191