The relationship between the location of Mutator transposons and exons

[Song-10-YF]

We've observed that Mutator transposons annotated by RepeatMasker often overlap with part of the exons in a gene, meaning the exons frequently become part of the internal sequence of Mutator. However, when we extract Mutator sequences individually, we don't find any significant, specific structural features. Thus, we are curious about the principles behind the annotation of Mutator transposons. Could there have been an error in the annotation of Mutators?

[rmhubley]

Could you provide an example with the alignment data?

[Song-10-YF]

The file contains a pair of homologous genes and the sequence A is ancestral. We performed de novo library building with RepeatModeler for A and B, respectively, and then merged them. However, the annotation results show that only the exon on gene B is annotated to Mutator, and these exons are extremely similar to the ancestor with a very high degree of identity. Then why Mutator was not annotated on the ancestral sequence? I also asked Prof. Damon Lisch about this question, and he believes that Mutator is not seen in these two sequences, so I would like to know more about what is the basis for RepeatMasker to recognize Mutator?

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------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: "rmhubley/RepeatMasker" @.>; 发送时间: 2023年7月22日(星期六) 凌晨2:14 @.>; @.**@.>; 主题: Re: [rmhubley/RepeatMasker] The relationship between the location of Mutator transposons and exons (Issue #225)

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[Song-10-YF]

The file contains a pair of homologous genes and the sequence A is ancestral. We performed de novo library building with RepeatModeler for A and B, respectively, and then merged them. However, the annotation results show that only the exon on gene B is annotated to Mutator, and these exons are extremely similar to the ancestor with a very high degree of identity. Then why Mutator was not annotated on the ancestral sequence? I also asked Prof. Damon Lisch about this question, and he believes that Mutator is not seen in these two sequences, so I would like to know more about what is the basis for RepeatMasker to recognize Mutator?

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And we annotated these two homologous genes (A and B) using the merged denovo libraries and found that both could be annotated to Mutator (from one of the sets of denovo libraries), but using the ancestral whole genome did not annotate to Mutator at this gene A.

------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: "rmhubley/RepeatMasker" @.>; 发送时间: 2023年7月22日(星期六) 凌晨2:14 @.>; @.**@.>; 主题: Re: [rmhubley/RepeatMasker] The relationship between the location of Mutator transposons and exons (Issue #225)

Could you provide an example with the alignment data?

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