robert-koch-institut / SARS-CoV-2-Sequenzdaten_aus_Deutschland

Ein zentraler Bestandteil einer erfolgreichen Erregersurveillance ist das Verständnis der Verbreitung eines Erregers sowie seiner pathogenen Eigenschaften. Hierbei stellt das Wissen über das Erregergenom eine wichtige Informationsquelle dar. So erlaubt der Nachweis von Mutationen im Genom eines Erregers, Verwandtschaftsbeziehungen zu rekonstruie...
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missing tags #17

Closed rgerhards closed 2 years ago

rgerhards commented 2 years ago

There are tags missing for some daily updates. This causes problems when iterating over the tags as suggested in https://github.com/robert-koch-institut/SARS-CoV-2-Sequenzdaten_aus_Deutschland/issues/4#issuecomment-1000338391

Iterating over the commits is fuzzy, as not all commits are daily updates.

I suggest to add the missing tags.

Problem visible by: See git tag --oneline. head of today's output:

e5d1b93 (HEAD -> master, origin/master, origin/HEAD) Update 2022-02-27
478dfd9 (tag: 2022-02-26) Update 2022-02-26
6d4ac05 Update 2022-02-26
004b86d (tag: 2022-02-25) Update 2022-02-25
5018068 Update 2022-02-25
94dbeb7 (tag: 2022-02-24) Update 2022-02-24
33e9141 (tag: 2022-02-23) Update 2022-02-23
51df27c Update 2022-02-24
2349a9f (tag: 2022-02-22) Update 2022-02-22
384078e (tag: 2022-02-21) Update 2022-02-21
229f429 Update 2022-02-22
7a3eefe Update 2022-02-21
4e9fc0e Update 2022-02-20
75bf364 Update 2022-02-19
ce1a8a4 (tag: 2022-02-18) Update 2022-02-18
58631b6 Update 2022-02-18
b3d0a09 (tag: 2022-02-17) Update 2022-02-17
b8efe07 Update 2022-02-17
af9ac14 (tag: 2022-02-16) Update 2022-02-16
e39ca1d Update 2022-02-16
005f3fb (tag: 2022-02-15) Update 2022-02-15
5b7b6cc Update 2022-02-15
aae0c7d (tag: 2022-02-14) Update 2022-02-14
ba1a5e2 Update 2022-02-14
b5f9ceb (tag: 2022-02-13) Update 2022-02-13
458224a Update 2022-02-13
9dd62f8 (tag: 2022-02-12) Update 2022-02-12
1a8e56e Update 2022-02-12
4c85b7c (tag: 2022-02-11) Update 2022-02-11
b667db9 (tag: 2022-02-10) Update 2022-02-11
a46ae6d Update 2022-02-11
42ffa28 Update 2022-02-10
7c15c4d (tag: 2022-02-09) Update 2022-02-09
00d73dd (tag: 2022-02-08) Update 2022-02-08
8dc9e6d Update 2022-02-09
5dd7c01 (tag: 2022-02-07) Update 2022-02-07
607ec85 Update 2022-02-08
6bc1d8c (tag: 2022-02-06) Update 2022-02-06
776e345 Update 2022-02-07
c9de9ca Update 2022-02-06
HannesWuensche commented 2 years ago

Hallo @rgerhards,

wir versuchen die Daten möglichst direkt bereitzustellen, sodass es zu zwei Commits pro Tag kommen sollte:

Tags verwenden wir, um über die damit verbundene Release Action einen Abzug der Daten auf Zenodo.org bereitzustellen. Ein zweifaches Tagging macht für uns daher keinen Sinn. Der spätere der beiden Commits erzeugt den Tag und führt so zum Release.

Leider haben wir derzeit Probleme mit der Zuverlässigkeit der Pipeline und es kommt zu Unregelmäßigkeiten. Vielen Dank für Hinweise wie in Issue #18., diese helfen uns Unregelmäßigkeiten in der Bereitstellung im Auge zu behalten.

Mit besten Grüßen @HannesWuensche für das Team RKI | Open Data

rgerhards commented 2 years ago

@HannesWuensche Danke für die Antwort.

Das mit den 2 commits (ggf. weitere für sonstige Änderungen) ist klar. Es fehlen aber nicht tags für die Zwischen-Commits, sondern für den finalen Stand (wohl meist nach Einfügung von Entwicklungslinien). So zum Beispiel auch heute, siehe #18.

Auch zwischen dem 18. und 21. gibt es keine Tags, aber sehr wohl Aktualisierungen:

384078e (tag: 2022-02-21) Update 2022-02-21
229f429 Update 2022-02-22
7a3eefe Update 2022-02-21
4e9fc0e Update 2022-02-20
75bf364 Update 2022-02-19
ce1a8a4 (tag: 2022-02-18) Update 2022-02-18
rgerhards commented 2 years ago

Nachtrag: ich habe zu flüchtig gelesen, #18 war ja schon erwähnt!

Wenn möglich, wäre es gut zumindest die tags der letzten 30 Tage zu ergänzen, SOFERN das vollständige Aktualisierungen waren. Ich hatte nach analyse der commits selbst den Eindruck, dass das der Fall ist. Leider kann man tags nicht in einen PR packen, sonst hätte ich das schon gemacht.

Aber wenn es zu viel Arbeit ist: dann natürlich nicht, in der Situation verständlich (wenn auch schade). Prima ist, dass bei Meldung die aktuellen tags nachgeholt werden. Das ist schon mal was :-)

HannesWuensche commented 2 years ago

Hallo @rgerhards,

wir haben die fehlenden Tags für die Commits:

4e9fc0e Update 2022-02-20
75bf364 Update 2022-02-19

hinzugefügt. Auch in einigen früheren Commits wo Tags fehlten sind diese nun ergänzt.

Mit besten Grüßen @HannesWuensche für das Team RKI | Open Data

rgerhards commented 2 years ago

Herzlichen Dank!