Closed lenaschimmel closed 2 years ago
@lenaschimmel Genau das haben wir bereits auf der Roadmap.
Als workaround ist auch möglich bei GISAID nach der IMS_ID zu filtern:
“Select”
Activate “sample ID given by the originating lab”
@lenaschimmel Genau das haben wir bereits auf der Roadmap.
Das ist super!
Als workaround ist auch möglich bei GISAID nach der IMS_ID zu filtern:
Das heißt, für Personen mit GISAID-Zugang funktioniert dieser Workaround auch umgekehrt? Also, bei bekannter Accession kann in GISAID die IMS_ID angezeigt werden?
(Kann es derzeit nicht selbst prüfen, da ich noch auf Freischaltung meines GISAID-Accounts warte.)
Das heißt, für Personen mit GISAID-Zugang funktioniert dieser Workaround auch umgekehrt? Also, bei bekannter Accession kann in GISAID die IMS_ID angezeigt werden?
Genau. Eine Person kann bei in GISAID bei einer Sequenz aus dem RKI prüfen welche IMS_ID dafür vorhanden ist.
Die Spalte GISAID_ACCESSION wurde hinzugefügt
Sequenzen bei GISAID werden über ihren "Virus name" (z.B.
Germany/NW-RKI-I-592489/2022
) und ihre Accession (z.B.EPI_ISL_10910370
) identifiziert, während sie in diesem Datensatz eine IMS_ID wie z.B.IMS-10294-CVDP-48D4B4C1-58D3-4C97-A368-7EBB8E5D1989
haben.Ich sehe derzeit keinen Weg, wie die verschiedenen IDs derselben Sequenz einander zugeordnet werden können, was die Kommunikation zwischen Wissenschafter_innen, die primär auf den RKI-Daten arbeiten, und denen, die auf den globalen GISAID-Daten arbeiten, erschwert.
Da es für mich nicht so aussieht, als würden die IDs nach einem einfachen (mathematischen) Prinzip auseinander abgeleitet werden, müsste vermutlich in der
SARS-CoV-2-Sequenzdaten_Deutschland.csv(.xz)
eine bzw. zwei weitere Spalte(n) eingeführt werden, in der die GISAID ID(s) nachgetragen werden, sobald die Sequenzen auch dort verfügbar sind?