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robert-koch-institut / SARS-CoV-2-Sequenzdaten_aus_Deutschland

Ein zentraler Bestandteil einer erfolgreichen Erregersurveillance ist das Verständnis der Verbreitung eines Erregers sowie seiner pathogenen Eigenschaften. Hierbei stellt das Wissen über das Erregergenom eine wichtige Informationsquelle dar. So erlaubt der Nachweis von Mutationen im Genom eines Erregers, Verwandtschaftsbeziehungen zu rekonstruie...
https://robert-koch-institut.github.io/SARS-CoV-2-Sequenzdaten_aus_Deutschland/
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Archivordner fehlt im Repository #4

Closed rgerhards closed 2 years ago

rgerhards commented 2 years ago

Im README wird ein Archivordner genannt und dessen Aufbau beschrieben.

Im Archivordner sind die täglichen Datenstände unter den Dateinamen
"JJJJ-MM-TT_SARS-CoV-2-Sequenzdaten_Deutschland.fasta.xz" und
"JJJJ-MM-TT_SARS-CoV-2-Sequenzdaten_Deutschland.csv.xz" abgelegt.

Dieser Ordner ist im Repository aber nicht enthalten. Er sollte vorzugsweise auch zur Verfügung gestellt werden oder alternativ die Readme.md Datei angepasst werden.

cuehs commented 2 years ago

Hi @rgerhards wir haben aufgrund von verschiedenen Rückmeldungen die zu recht anmerken, dass alle Altdaten in git automatisch archiviert werden den Archivordner gelöscht (vgl auch https://github.com/robert-koch-institut/SARS-CoV-2_Infektionen_in_Deutschland/issues/10) Die Dokumentation muss hier noch angepasst werden.

rgerhards commented 2 years ago

@cuehs Danke für die rasche Antwort! git history ist ja immer etwas tricky, wenn da korrekturen reingefahren werden (also mehrere Commits pro Tag). Wenn ich es aber richtig sehe, wird für den jeweiligen Tagesentstand ein tag vergeben? Das wäre prima, denn dann kann man da ja einfach drüber iterieren.

cuehs commented 2 years ago

Ja im Normalfall sollte an jedem Tag ein Datenstand getagt sein.

Außerdem enthält jede Tag die Daten für alle Sequenzen, Metadaten und Lineages zurück bis Tag 0. Iterieren über die Tags ist nur nötig wenn die nutzende Person den spezifischen Stand für einen Tag haben möchte (z.B. relevant wenn Lineage-Calls für alte Sequenzen verändert werden).

rgerhards commented 2 years ago

wenn die nutzende Person den spezifischen Stand für einen Tag haben möchte

genau drum ;-)

Danke nochmal!