Open rocioagmi opened 4 days ago
Aquí tenéis el documento con la descripción de las BBDD @ajcanepa @SoniaRamosGomez
Gracias @rocioagmi . Mirando un poco por encima, aunque luego en la siguiente reunión seguro que lo hablaremos con @SoniaRamosGomez, en general la mayoría de los conjuntos de datos se pueden descargar en FAST y/o FASTQ.
Por ende, te recomiendo que mientras definimos los conjuntos finales y cuadremos la siguiente reunión, vayas preparando la importación de datos FAST/FASTQ en R.
Te dejo un par de enlaces que te vendrán muy bien comenzar a trabajar con ellos.
Si tienes cualquier duda nos avisas.
Saludos, @ajcanepa
Las bases de datos que aparecen en los artículos que he ido revisando son:
En el artículo Alterations of the Fecal Microbiota in Chinese Patients With Multiple Sclerosis se puede acceder a los datos desde el SRA de GenBank dentro del número de acceso SRP258890:
En el artículo Primary progressive multiple sclerosis in a Russian cohort: relationship with gut bacterial diversity las lecturas se depositaron en GenBank dentro del número de acceso SRP221464:
En el artículo Comparison of the Intestinal Microbiome of Italian Patients with Multiple Sclerosis and Their Household Relatives las secuencias fueron depositadas en GenBank con el número de acceso al estudio ID684124:
En el artículo CXCR3+ T cells in multiple sclerosis correlate with reduced diversity of the gut microbiome las secuencias se cargaron en el ENA bajo el siguiente número de acceso PRJEB34168:
En el artículo Gut microbiome of treatment-naïve MS patients of different ethnicities early in disease course los metagenomas han sido depositados en el ENA bajo el número de acceso PRJEB28543:
En el artículo B-cell-depletion reverses dysbiosis of the microbiome in multiple sclerosis patients los conjuntos de datos generados y analizados se encuentran en el ENA con el número de acceso al proyecto PRJEB44538:
En el artículo The gut microbiota in multiple sclerosis varies with disease activity las lecturas de secuenciación filtradas están en el ENA en el número de acceso PRJEB51635:
En el artículo Alterations in Circulating Fatty Acid Are Associated With Gut Microbiota Dysbiosis and Inflammation in Multiple Sclerosis las lecturas de secuencias se depositaron en el ENA bajo el número de acceso PRJNA633233:
En el artículo Alterations of the human gut microbiome in multiple sclerosis las secuencias se cargaron dentro de BioProject con el número de acceso ID321051:
En el artículo Multiple sclerosis patients have an altered gut mycobiome and increased fungal to bacterial richness los datos están disponibles en el SRA dentro del NCBI bajo el número de acceso PRJNA732670:
En el artículo Dysbiosis in the Gut Microbiota of Patients with Multiple Sclerosis, with a Striking Depletion of Species Belonging to Clostridia XIVa and IV Clusters las secuencias V1-V2 del gen 16S rRNA se encuentran en DDBJ bajo los números de acceso DRA000672, DRA000673, DRA000675, DRA000676, DRA000678-DRA000684, DRA002866-DRA002874 para los 20 pacientes con esclerosis múltiple, y DRA002875-DRA002906 para los 20 sujetos sanos.
Opinión personal:
De entre todas las BBDD anteriormente mencionadas, las que me parecen mejores para extraer los datos son la 1, la 2 y la 4 porque tienen una cantidad buena de muestras, que vienen ya marcadas según si provienen de un paciente de esclerosis múltiple o no, y son de las que menos pesan en cuanto a MB.
Artículos cuyo acceso al texto completo estaba restringido:
Molecular characterization of the gut microbiome in egyptian patients with remitting relapsing multiple sclerosis.
Gut Microbiome in Progressive Multiple Sclerosis.
A probiotic modulates the microbiome and immunity in multiple sclerosis.
Gut microbiome of multiple sclerosis patients and paired household healthy controls reveal associations with disease risk and course.
Household paired design reduces variance and increases power in multi-city gut microbiome study in multiple sclerosis.
Los artículos cuyas bases de datos podríamos obtener pidiéndoselas a los autores:
Gut bacteria from multiple sclerosis patients modulate human T cells and exacerbate symptoms in mouse models.
High frequency of intestinal TH17 cells correlates with microbiota alterations and disease activity in multiple sclerosis.
Gut Microbiota as a Potential Predictive Biomarker in Relapsing-Remitting Multiple Sclerosis.
Associations between the gut microbiota and host immune markers in pediatric multiple sclerosis and controls.