job_do_segmentCAT12 with `par.sge=1` does not work correcly with `extopts.expertgui=2`

[benoitberanger]

https://github.com/romainVala/matvol/blob/597405ae2183c02e02e50eafa222608b80e076a2/SPM/preproc/job_do_segmentCAT12.m#L143

At the moment, with an unedited cat_defaults.m file, this cmd_prepend line is not enough to activate the expertgui option in the case if cluster execution.

[romainVala]

ok je pense que le plus simple c'est de rajoute directement dans le scrip matvol job_do_segmentCAT12 au lieu de faire le assert (ligne 152) on fait global cat; cat_defaults; cat.extopts.subfolders=par.subfolder; cat.extopts.expertgui = 2

[benoitberanger]

j'ai déjà testé, ça marche pas -> l'initialisation de SPM (et de CAT12) doit être fait APRES expertgui = 2 recheck de ton côté tu me diras j'ai pas trouvé de solution qui marche bien, c'est pour cela que j'ai demandé de l'aide...

[romainVala]

ok, du coup il faut juste ajouter aussi (juste pare expertgui=2)

spm('defaults','fmri')
spm_jobman('initcfg')

et aussi dans le mfonc_job.m

global cat; cat_defaults; cat.extopts.subfolders=0;
cat.extopts.expertgui = 2
spm('defaults','fmri')
spm_jobman('initcfg')

 spm_jobman('run',{j});

ca me donne quand meme

Item opts: No field(s) named acc Item output: No field(s) named jacobianwarped

mais par contre il me donne bien le GM warped par ex je soupsonne, que ca vient de la version cat12 du cluster qui est trop vielle

[benoitberanger]

bonne remarque ! à vérifier si avec une version plus récente ça passe dans les logs de CAT12, il ya le numéro de version dans les 1ières lignes

[romainVala]

cat12.m 1275 2018-02-12

[benoitberanger]

le fix : spm_jobman('initcfg'); global cat; cat_defaults; cat.extopts.subfolders=0;

[benoitberanger]

probably better : spm_jobman('initcfg'); global cat; cat_defaults; cat.extopts.expertgui=2; cat.extopts.subfolders=0;

[benoitberanger]

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