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ruanjue / wtdbg2

Redbean: A fuzzy Bruijn graph approach to long noisy reads assembly
GNU General Public License v3.0
513 stars 94 forks source link

关于使用其他软件纠错后数据配合此软件组装的效果 #119

Closed pengbo233 closed 5 years ago

pengbo233 commented 5 years ago

您好！ 请问下，我使用necat的纠错后的数据用于此软件组装，为什么得到的基因组大小会特别小，比如原本wtdgb2直接组装，结果是2G，但是使用necat纠错后的数据组装，只有600Mb，这个可能是什么原因引起的？纠错后的数据量有50X

祝好！

ruanjue commented 5 years ago

纠错后的数据需要使用 -x ccs来组装。如果这样依然得到的基因组偏小的话，可能是纠错工具没有正确区分相似区域的序列。

yilunhuangyue commented 5 years ago

您好，请问您是更建议使用raw data还是corrected进行组装呢？在我测试的几个数据中，使用corrected data得到的N50明显小于raw data得到的N50，还是说针对corrected data除了-x ccs以外还有特定参数？. 纠错使用的是canu correct。 非常感谢您的帮助~

ruanjue commented 5 years ago

不同的基因组和测序数据质量会影响组装，我们推荐的参数都是在一般情况下得到的。你需要根据实际情况判断。