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ruanjue / wtdbg2

Redbean: A fuzzy Bruijn graph approach to long noisy reads assembly
GNU General Public License v3.0
513 stars 94 forks source link

wtpoa-cns状态长时间不更新 #242

Closed Neo-xbx-00 closed 2 years ago

Neo-xbx-00 commented 2 years ago

您好，我在使用wtpoa-cns获取.fa文件时，wtpoa-cns一直在运行，但.fa文件已经有12h没有更新了。.fa文件的大小已经超出了我预估的基因组大小，这个时候wtpoa-cns是已经运行完成了吗 ![Uploading 捕获.PNG…]()

ruanjue commented 2 years ago

wtpoa-cns中有个隐含的BUG我一直没有调试出来，偶尔会有用户遇到，你可以尝试把.lay文件切割成多份（https://github.com/ruanjue/wtdbg2/blob/master/scripts/split_seqs_3.pl），分别运行

Neo-xbx-00 commented 2 years ago

好的，谢谢您，我尝试一下

Neo-xbx-00 commented 2 years ago

PROC_STAT(TOTAL) : real 6426.662 sec, user 187152.210 sec, sys 3586.970 sec, maxrss 21623464.0 kB, maxvsi ze 28522856.0 kB 当log文件出现这一行时，是否说明wtpoa-cns已经运行完成呢，使用top等命令已经发现wtpoa-cns停止，但并未传递Done的信号...

wtpoa-cns中有个隐含的BUG我一直没有调试出来，偶尔会有用户遇到，你可以尝试把.lay文件切割成多份（https://github.com/ruanjue/wtdbg2/blob/master/scripts/split_seqs_3.pl），分别运行

ruanjue commented 2 years ago

是的，任务已经结束