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saisaitian / TCMR

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一个整合中药小分子表达谱的R工具包 #1

Open saisaitian opened 4 years ago

saisaitian commented 4 years ago
  1. 内置100个中药小分子表达谱数据（数据集为GSE85871）
  2. 完成小分子调控的差异表达分析
  3. 差异表达基因通路富集分析和GO分析
  4. GSEA分析,GSVA分析
  5. 打通CMAP数据库，可以匹配Cmap数据库
  6. 构建小分子调控差异表达基因网络
  7. 对于用户自己输入的表达谱数据，可以匹配我们的内置小分子数据，根据表达谱相似性，对小分子进行排序
ShixiangWang commented 4 years ago

已加入

ShixiangWang commented 4 years ago

数据集

很久没处理过芯片了，再放个参考流程：

ShixiangWang commented 3 years ago

这里第 4 步的 GSVA 和 6、7 步完成了吗？

saisaitian commented 3 years ago

4还缺一个GSVA，5和7呢，我改成了统一使用的5中方法，对内置的中药小分子进行排序，类似cmap的处理，6还没完成