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saisaitian / TCMR

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Step3：清理包结构 #5

Closed ShixiangWang closed 4 years ago

ShixiangWang commented 4 years ago

给予目前已有的数据集和信息，进行比较完备的R包结构构建。以便于接下来的函数开发。

saisaitian commented 4 years ago

翔哥，这个部分没有明白做啥，R包的基本结构不是已经有了吗？

ShixiangWang commented 4 years ago

目前还有些问题，我来处理。

ShixiangWang commented 4 years ago

image

@saisaitian 我发现表型数据有些列有编码问题，你有空可以检查和处理下，另外无用的列其实可以从表中删除。

ShixiangWang commented 4 years ago

另外记得装一个 roxytest 包在你电脑上，开发之前在控制台中载入一下。

saisaitian commented 4 years ago

好嘞

ShixiangWang commented 4 years ago

这个编码问题能够解决吗？

saisaitian commented 4 years ago

可以的，今天晚上我上传一下哈，今天一天在开视频会

ShixiangWang commented 4 years ago

好

ShixiangWang commented 4 years ago

这个有弄好嘛？

saisaitian commented 4 years ago

这个乱码主要是微摩尔用的符号表示的，读进来就会变成乱码，我这边已经把主要的问题做了纠正，想问一下，如何将数据extdata文件里面？

ShixiangWang commented 4 years ago

直接写到对应目录下就可以了，参考 https://github.com/saisaitian/TCM_Microarray/blob/main/data-raw/DATASET.R 最后

image

saisaitian commented 4 years ago

image 很奇怪，我更改了之后，写出到tsv，还是乱码，只能用write.csv写出的时候没有乱码，我先保存成Rdata，上传，您看看

saisaitian commented 4 years ago

image pdata主要在这

ShixiangWang commented 4 years ago

好，今天我有空查看和处理下