Step 4：差异分析 - Githubissues

ShixiangWang commented 3 years ago

完成小分子调控的差异表达分析

这里你是准备只提供结果还是说分析代码也作为函数提供？@saisaitian

注意⚠️：如果你要提供差异表达分析的数据给用户使用，记得将处理过程放到 https://github.com/saisaitian/TCM_Microarray/tree/main/data-raw 目录下，不要放到根目录或R目录下。

ShixiangWang commented 3 years ago

这个你要存储哪些结果到包里，然后提供哪些函数在未实现前和实现后都可以在这里讨论下。

saisaitian commented 3 years ago

首先可以完成自己的数据的差异表达分析
允许用户输入表达谱数据，然后提供一个函数可以支持用户的表达差异分析
用户的表达谱和我们的内部表达谱，希望可以计算一个相关性

ShixiangWang commented 3 years ago

你有空把首先可以完成自己的数据的差异表达分析这个做了吧，一些写好的函数就存到 R 包里面，但整个过程最好在 data-raw 下创建一个脚本记录。

saisaitian commented 3 years ago

ok

saisaitian commented 3 years ago

上传了一个deg.R的脚本，完成批量差异分析，并把结果保存成list对象，需要说明的一点就是，如下图这个GSE里面一共有6个DMSO对照，每个重复两次，所以实际上是分3个批次进行的实验，比如GSM2286316 和GSM2286317是另个DMSO，那么他前面的样本都是和这个对照做差异的，所以后面的情况也是类似，然后基于这个思路，完成了批量差异分析

saisaitian commented 3 years ago

另外还有一个问题，想咨询你，如下图所示的两个文件夹，是怎样生成的？这一块我没怎么看到

saisaitian commented 3 years ago

脚本放在了data-raw下面了

ShixiangWang commented 3 years ago

@saisaitian 好，我有空看下还有什么需要调整的。

你说的两个文件夹 data-raw usethis 包有一个 use_data_raw() 函数，然后 inst 是直接创建的。很多东西并不需要使用特定函数去生成，学习和了解R包的结构和目录就清楚了。

ShixiangWang commented 3 years ago

@saisaitian 我没有看到你的差异分析结果。前面的图你想说全部实验样本来自3个批次，每个批次都有实验样本和对照样本，然后是对每个批次单独做差异分析？

saisaitian commented 3 years ago

是的，结果好像没上传上传，就是运行那个脚本就会出现的，我现在把他上传到了data_raw下面了

ShixiangWang commented 3 years ago

你在 https://github.com/saisaitian/TCM_Microarray/blob/main/data-raw/deg.R 的差异基因寻找操作能否抽象为一个函数放到 R 目录下？就像 https://github.com/saisaitian/TCM_Microarray/blob/main/R/load_example_dataset.R 这里展示的一样。这个你有时间做一下，我在你的基础上进行修改和完善。

saisaitian commented 3 years ago

好嘞

ShixiangWang commented 3 years ago

@saisaitian

下面的函数建议拆分成两个函数，

第一个针对两个组别执行差异分析
第二个为上层的迭代函数

https://github.com/saisaitian/TCM_Microarray/blob/065c6227d6516d35db6f4165a6eac67df6dbce29/data-raw/deg.R#L24-L57

另外，差异分析的数据来源建议使用我们清理过的放在包内的数据集：

devtools::load_all()
data <- load_example_dataset()

然后结果名字不需要加前缀，没有i引入新的信息，后面还要去除掉。

saisaitian commented 3 years ago

好嘞

saisaitian commented 3 years ago

我整了一下，不知道是否是你说的意思？代码在data-raw下面的deg2.R

ShixiangWang commented 3 years ago

@saisaitian 虽然你现在两个函数拆分开了，但并不具备通用性，比如第二个函数里面的 expr 和 group_list 来自哪里呢，这些都需要在函数参数中进行定义。函数与外部数据应该尽量独立。你在写这些函数的时候，需要考虑你的使用者会怎么使用它，目前这两个函数虽然可以处理我们自带的数据集，但无法处理用户提供的数据，你需要把数据输入和数据处理给隔离掉。有空你可以进一步重写两个函数，并在 R/ 目录下创建对应的文件将代码放在里面，添加相应的注释文档。