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saisaitian / TCMR

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Step6:目前有待完成的功能 #9

Open ShixiangWang opened 3 years ago

ShixiangWang commented 3 years ago

@saisaitian 我简单优化了一些代码，你有空可以 check 下看有没有问题。另外我发现有的 ss_ 函数结果每次都会有点略微的不同。

saisaitian commented 3 years ago

好嘞，你能告诉一下是哪个ss开头的吗？

ShixiangWang commented 3 years ago

我看到 ss_CoreGx 有这种情况，就是 p 值会有略微改变，其他的你也可以检查下。

saisaitian commented 3 years ago

好的，我会在仔细检查一下代码逻辑的，保证不会出错

saisaitian commented 3 years ago

image 不好意思，翔哥，前面两周在家隔离，我今天运行了代码，发现这个代码运行报错，还想请教你一下

ShixiangWang commented 3 years ago

好 我有空看看哈 最近回复会比较慢

ShixiangWang commented 3 years ago

@saisaitian 这个问题是由于 windows 无法调用并行导致的，我修改了下将 windows 只调用 1 个 cpu 计算。后续有时间找一个统一的方式解决一些并行计算的问题。

ShixiangWang commented 3 years ago

是不是目前主要是 构建小分子调控差异表达基因网络 和 GSVA 没有实现了？

ShixiangWang commented 3 years ago

目前 check 有错误喔，你检查看看

image

saisaitian commented 3 years ago

GSVA我可以实现，就是小分子调控差异表达基因网络，我目前还不知道怎么做，就是网络可视化我还不会，另外还想增加一个转录因子富集分析

ShixiangWang commented 3 years ago

小分子调控差异表达基因网络 你想做的是这种吗？http://yulab-smu.top/clusterProfiler-book/chapter12.html#gene-concept-network 转录因子富集分析应该需要知道药物靶向的 Motif 才能做吧？

ShixiangWang commented 3 years ago

https://mp.weixin.qq.com/s/r7Z9DkkEmDVBjTL8n9pWFg 这篇文章提到的信息好像有点用处

saisaitian commented 3 years ago

今天刚给领导完成把国自然重点提交了，这段时间耽搁了，不好意思

ShixiangWang commented 3 years ago

没事，这个课题我没有相关研究背景，需要你主要推动它，我打辅助。

saisaitian commented 3 years ago

又增加了两个函数分别是 gene_dot和enrichtf分别展示感兴趣的基因在不同药物之间的logFc程度和感兴趣基因的转录因子富集分析，分别产生如下图形 image image

另外gsva目前觉得没必要做了，主要的函数就这些了，ss_Corex还需要你加速一下，代码还是挺慢的

ShixiangWang commented 3 years ago

我有空看一下

ShixiangWang commented 3 years ago

image

目前 DESCRIPTION 文件下 imports 的包过多，如果用的较少的包可以考虑移除，相关内容可以阅读 R 包开发那本书。

ShixiangWang commented 3 years ago

目前那个函数没法加速，我看了下几分钟的任务也不太影响。

目前最重要的问题是函数的逻辑比较乱，我生成了 pkgdown 网站（点击 docs/index.html），你可以看目前有多少个函数，理一下他们的功能层次关系。

image

函数本身的文档推荐保持一致。

saisaitian commented 3 years ago

师兄，主要是目前那个函数，当我运行的是100个小分子的数据，就会变得很慢，这个地方有点担心，我的测试数据使用到了是3个小分子数据，可能就需要几分钟了

saisaitian commented 3 years ago

image 这里你可以看到，背景数据只用了3个，实际上是含有100多个的数据

ShixiangWang commented 3 years ago

我知道，我4核运行大概 30 秒。问题不大，代码本身目前我检查过也没有特别能显著减少运行时间的地方。

ShixiangWang commented 3 years ago

做科研分析，时间不是最重要的，功能才是。你确保功能没问题，大家能清晰地知道整个（包）分析该怎么做，这些是核心。一个 R 函数跑很久的也很多，这里目前也没有特别值得优化的地方。而且我已经把CPU核数指定写出来的，用户的电脑性能强自然也能加速。

saisaitian commented 3 years ago

整体的函数已经写完了，下一步写一个document吗？

ShixiangWang commented 3 years ago

你可以写一个 vignette 说明下整体上这个包的功能和基本用法。

saisaitian commented 3 years ago

最近在写帮助文档的时候，我在check之后，总出现如下错误，不知道该如何解决，但是在单独运行是没错误的，整的有点郁闷，麻烦抽空帮忙看一下 image 另外note需要注意吗？

ShixiangWang commented 3 years ago

我有空看下，最近外出了，过几天才回上海。

ShixiangWang commented 3 years ago

我现在看看

ShixiangWang commented 3 years ago

@saisaitian 我check后没有看到与你完全一样的问题，我这边check了一下，你再试一试。

saisaitian commented 3 years ago

我目前进一步增加了几个函数，可以完成化合物的相似性分析，药物signature分析以及药物理化性质分析，应该说算是完全了

ShixiangWang commented 3 years ago

可以的，你有空可以分几类总结下功能特性。然后也整理出它的hightlights。 后面可以一起在安装、使用等方面再优化下。

ShixiangWang commented 3 years ago

仓库设置里面可以打开 pages，这样方面随时浏览器看下看目前的文档情况。也可以根据它整理分组下功能函数，规整下逻辑。

image

saisaitian commented 3 years ago

好的  

田赛赛 海军军医大学药学系 Tel：13764132684

 

------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: "Shixiang @.>; 发送时间: 2021年8月4日(星期三) 下午5:05 收件人: @.>; 抄送: @.>; @.>; 主题: Re: [saisaitian/TCMR] Step6:目前有待完成的功能 (#9)

仓库设置里面可以打开 pages，这样方面随时浏览器看下看目前的文档情况。也可以根据它整理分组下功能函数，规整下逻辑。

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saisaitian commented 3 years ago

image 为啥我的是这个样子？点击了update，好像还要付费 image

ShixiangWang commented 3 years ago

额。那算了吧。以后公开再弄这个。

本地看看 docs/index.html 应该会有目前全部的函数，你有空分组整理下。 有什么需要帮忙和建议的和我说下。

saisaitian commented 3 years ago

好嘞，谢谢翔哥

saisaitian commented 3 years ago

最后还有一个函数可能需要你帮忙，我现在是简单计算了两个药物的协同得分，现在是我想要计算出最佳的药物组合对，我现在不知道如何实现，这里有个参考链接 image 文章是：Renoprotective Effect of Combined Inhibition of Angiotensin-Converting Enzyme and Histone Deacetylase

我这个代码是synergy.R,需要你帮助一下

ShixiangWang commented 3 years ago

好的 我看看

saisaitian commented 3 years ago

函数我写出来了，刚才又重新更新了一下

ShixiangWang commented 3 years ago

可以的 👍 。

目前包开发方面一个是太大了，另外就是函数命名组织可能还是得优化下。这两点接下来一周我抽空弄一下。 工具开发方面这两个是重点，非常影响用户体验。

学术价值方面，目前你主要确认下分析功能没有问题，到位就行了，性能/可视化等等后面还可以慢慢优化。 后面写文章的话需要你自己整理一些亮点出来看看，毕竟我没有相关的背景。

ShixiangWang commented 3 years ago

@saisaitian 我对全部的函数名的设定进行了重构和文件规整，这样更具备一致性。 你有空仔细检查下看有遗漏的没有，以及是否造成一些了代码异常的替换。

我接下来对数据的加载进行重构和优化，花时间把大的数据迁移出包，单独放到其他地方（https://zenodo.org/），看能不能把包的大小压缩到10MB以内。

ShixiangWang commented 3 years ago

这个 https://github.com/saisaitian/TCMR/blob/wsx/tcga.disease.Rdata 有什么特别的作用吗？我看你放在根目录下。如果是想作为内置数据的话，需要放到 data/ 然后添加文档。保存的文件名和实际存储的对象名也不一样。发现data已经有了，我直接删除掉。

saisaitian commented 3 years ago

好的

saisaitian commented 3 years ago

为啥我没看到修改的地方？ 26EDC473

ShixiangWang commented 3 years ago

你需要切换分支 https://github.com/saisaitian/TCMR/tree/wsx

你如果是在命令行使用git的话

git checkout wsx
git pull
ShixiangWang commented 3 years ago

我没有直接合并修改到主分支，怕有其他一些问题。

你切换到 wsx 分支后检查问题，做一些必要的调整，进行commit。觉得没有问题了就合并 https://github.com/saisaitian/TCMR/pull/10

另外一种方法是你先点击合并我的修改，然后在现在的主分支下检查和修改。

saisaitian commented 3 years ago

你太厉害了，我看到了，你的代码太工整了，学到了

saisaitian commented 3 years ago

师兄，想问一下名字的重构都是自己手动完成的吗？我觉得你名字起的都很好

ShixiangWang commented 3 years ago

我看了你的vignette，根据函数的大体功能重新思考设计的。然后用下面的命令批量一个一个改掉之前的函数名。

sed -i "" "s/old_name/new_name/g" `grep "old_name" -rl ./*`
saisaitian commented 3 years ago

image 问一个别的问题，很奇怪，我一直登不上去，账号密码都没错

ShixiangWang commented 3 years ago

不清楚，你网页版本退出登陆试试？ 这个可能是这个软件问题也可能是你激活了非网页软件需要使用 token？