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[utterances-bot]

Cell type 찾기 시리즈 : SingleR | S_beeni's blog

cell type annotation은 single-cell data분석에 있어서 가장 기본이 되는 분석 중에 하나지만 아직까지도 그 방법이 정형화되어 있지 않다.

https://sbeeniny.github.io/posts/celltype-annotation/

[jieunk83]

SingleR usage 검색하다가 우리말로 설명해주신 분이 계셔서 큰 도움이 됐어요^^ 혹시 초반에 query.data 는 Seurat obj를 불러오신것 같은데 어느 단계까지 진행된걸까요? qc(MT 제거등)와 normalize 까지하신것인지, findvariablefeature 나 ScaleData 도 하신것인지 궁금하구요.... 그 아래 as.SingleCellExperment 에 입력하신 JE 도 Seuart object 가 맞는지 궁금해요..query.data를 바꿔서 넣으신것인지...JE가 다른형태라면 그건 어디까지 진행된 object 인지 궁금합니다. 저도 sample data로 분석중인데 에러가 나고 있어서...여쭤봐요...!! 하시는 연구 모두 순조롭게 잘 진행되시기를 기원합니다~미리 감사드려요

[sbeeniNY]

@jieunk83 안녕하세요 댓글기능 넣어놓긴했는데 실제로 댓글단분이 처음이에요! 제 블로그를 누가 볼 거라고 생각을 못해서 신기하고 감사하네요. 저는 normalize할때 scTransform 사용해서 scaleData까지 한것과 같은 상태라고 보시면 될것 같고. JE는 제 query.data (seurat object) 이름입니다. 통일해서 수정해 놓을게요! seurat object를 sce object (singlecellexperiment)로 변환해서 singleR에 input으로 넣었어요.