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sbslee / dokdo

A Python package for microbiome sequencing analysis with QIIME 2
https://dokdo.readthedocs.io
MIT License
42 stars 12 forks source link

installation issue #15

Closed khemlalnirmalkar closed 3 years ago

khemlalnirmalkar commented 3 years ago

Hi, I installed dokdo in qiime2 environment (v 2019, 2021.4), $ git clone https://github.com/sbslee/dokdo $ cd dokdo $ pip install . but i am keep getting following issue:

pkg_resources.DistributionNotFound: The 'dokdo==1.8.0' distribution was not found and is required by the application

and also checked in notebook but cant import dokdo, saying not found dokdo module Please can you guide me where is the issue? Thanks

sbslee commented 3 years ago

Hi, thanks for your interest in Dokdo! I'm away from my computer for the next couple days, but I promise to get back to you ASAP when I'm back. Thanks for your patience.

khemlalnirmalkar commented 3 years ago

No worries, i will wait, Thanks for the response,

sbslee commented 3 years ago

@khemlalnirmalkar,

Thanks for your patience. As you can see below, I set up a fresh conda environment for qiime2-2021.4 and then successfully installed Dokdo in the exact same manner as you did. Did you make sure to set up a fresh conda environment before installing Dokdo?

(base) sbslee@Seung-beens-MacBook-Air ~ % cd Desktop 
(base) sbslee@Seung-beens-MacBook-Air Desktop % wget https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2021.4-py38-osx-conda.yml

--2021-06-07 10:45:53--  https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2021.4-py38-osx-conda.yml
Resolving data.qiime2.org... 54.200.1.12
Connecting to data.qiime2.org|54.200.1.12|:443... connected.
HTTP request sent, awaiting response... 302 FOUND
Location: https://raw.githubusercontent.com/qiime2/environment-files/master/2021.4/release/qiime2-2021.4-py38-osx-conda.yml [following]
--2021-06-07 10:45:54--  https://raw.githubusercontent.com/qiime2/environment-files/master/2021.4/release/qiime2-2021.4-py38-osx-conda.yml
Resolving raw.githubusercontent.com... 185.199.109.133, 185.199.110.133, 185.199.108.133, ...
Connecting to raw.githubusercontent.com|185.199.109.133|:443... connected.
HTTP request sent, awaiting response... 200 OK
Length: 7420 (7.2K) [text/plain]
Saving to: 'qiime2-2021.4-py38-osx-conda.yml'

qiime2-2021.4-py38- 100%[===================>]   7.25K  --.-KB/s    in 0.001s  

2021-06-07 10:45:55 (13.5 MB/s) - 'qiime2-2021.4-py38-osx-conda.yml' saved [7420/7420]

(base) sbslee@Seung-beens-MacBook-Air Desktop % conda env create -n qiime2-2021.4 --file qiime2-2021.4-py38-osx-conda.yml

Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: done

==> WARNING: A newer version of conda exists. <==
  current version: 4.9.2
  latest version: 4.10.1

Please update conda by running

    $ conda update -n base -c defaults conda

Downloading and Extracting Packages
ipykernel-5.5.3      | 167 KB    | ##################################### | 100% 
q2-quality-filter-20 | 31 KB     | ##################################### | 100% 
r-backports-1.2.1    | 96 KB     | ##################################### | 100% 
r-fansi-0.4.2        | 186 KB    | ##################################### | 100% 
clang-11.1.0         | 125 KB    | ##################################### | 100% 
r-png-0.1_7          | 57 KB     | ##################################### | 100% 
matplotlib-base-3.4. | 7.3 MB    | ##################################### | 100% 
r-glue-1.4.2         | 140 KB    | ##################################### | 100% 
hdmedians-0.14.2     | 131 KB    | ##################################### | 100% 
r-rematch2-2.1.2     | 52 KB     | ##################################### | 100% 
q2-demux-2021.4.0    | 190 KB    | ##################################### | 100% 
q2-emperor-2021.4.0  | 14 KB     | ##################################### | 100% 
q2-cutadapt-2021.4.0 | 6.3 MB    | ##################################### | 100% 
clang-11-11.1.0      | 684 KB    | ##################################### | 100% 
h5py-3.2.1           | 1.1 MB    | ##################################### | 100% 
q2-deblur-2021.4.0   | 271 KB    | ##################################### | 100% 
cython-0.29.23       | 2.0 MB    | ##################################### | 100% 
r-munsell-0.5.0      | 246 KB    | ##################################### | 100% 
lxml-4.6.3           | 1.2 MB    | ##################################### | 100% 
r-jsonlite-1.7.2     | 458 KB    | ##################################### | 100% 
bioconductor-genomei | 4.0 MB    | ##################################### | 100% 
qiime2-2021.4.0      | 322 KB    | ##################################### | 100% 
q2-sample-classifier | 630 KB    | ##################################### | 100% 
numpy-1.20.2         | 5.5 MB    | ##################################### | 100% 
pigz-2.6             | 88 KB     | ##################################### | 100% 
bokeh-2.3.1          | 8.2 MB    | ##################################### | 100% 
future-0.18.2        | 715 KB    | ##################################### | 100% 
bioconductor-delayed | 2.2 MB    | ##################################### | 100% 
q2templates-2021.4.0 | 188 KB    | ##################################### | 100% 
cached_property-1.5. | 11 KB     | ##################################### | 100% 
r-formatr-1.9        | 157 KB    | ##################################### | 100% 
nodejs-15.14.0       | 11.9 MB   | ##################################### | 100% 
r-assertthat-0.2.1   | 70 KB     | ##################################### | 100% 
lz4-3.1.3            | 40 KB     | ##################################### | 100% 
xopen-1.1.0          | 20 KB     | ##################################### | 100% 
python-isal-0.10.0   | 97 KB     | ##################################### | 100% 
q2-diversity-lib-202 | 88 KB     | ##################################### | 100% 
r-scales-1.1.1       | 556 KB    | ##################################### | 100% 
bioconductor-genomic | 2.4 MB    | ##################################### | 100% 
bioconductor-matrixg | 324 KB    | ##################################### | 100% 
libllvm12-12.0.0     | 24.1 MB   | ##################################### | 100% 
htslib-1.12          | 2.0 MB    | ##################################### | 100% 
r-withr-2.4.2        | 220 KB    | ##################################### | 100% 
bioconductor-rhtslib | 1.5 MB    | ##################################### | 100% 
q2-feature-table-202 | 228 KB    | ##################################### | 100% 
q2-vsearch-2021.4.0  | 621 KB    | ##################################### | 100% 
fonts-conda-ecosyste | 4 KB      | ##################################### | 100% 
q2galaxy-2021.4.0    | 60 KB     | ##################################### | 100% 
fastcluster-1.1.26   | 42 KB     | ##################################### | 100% 
r-bh-1.75.0_0        | 11.3 MB   | ##################################### | 100% 
r-magrittr-2.0.1     | 209 KB    | ##################################### | 100% 
q2-mystery-stew-2021 | 19 KB     | ##################################### | 100% 
biom-format-2.1.10   | 10.4 MB   | ##################################### | 100% 
q2-metadata-2021.4.0 | 970 KB    | ##################################### | 100% 
r-jpeg-0.1_8.1       | 50 KB     | ##################################### | 100% 
pango-1.48.4         | 382 KB    | ##################################### | 100% 
importlib-metadata-3 | 27 KB     | ##################################### | 100% 
q2-composition-2021. | 169 KB    | ##################################### | 100% 
r-stringr-1.4.0      | 210 KB    | ##################################### | 100% 
pytest-6.2.3         | 433 KB    | ##################################### | 100% 
perl-5.32.0          | 15.6 MB   | ##################################### | 100% 
msgpack-python-1.0.2 | 80 KB     | ##################################### | 100% 
openblas-0.3.12      | 9.7 MB    | ##################################### | 100% 
r-pkgconfig-2.0.3    | 25 KB     | ##################################### | 100% 
r-testthat-3.0.2     | 1.6 MB    | ##################################### | 100% 
fonts-conda-forge-1  | 4 KB      | ##################################### | 100% 
r-snow-0.4_3         | 124 KB    | ##################################### | 100% 
scikit-learn-0.24.1  | 6.6 MB    | ##################################### | 100% 
libcurl-7.76.1       | 309 KB    | ##################################### | 100% 
q2-phylogeny-2021.4. | 47 KB     | ##################################### | 100% 
r-rcolorbrewer-1.1_2 | 64 KB     | ##################################### | 100% 
q2cli-2021.4.0       | 78 KB     | ##################################### | 100% 
r-futile.logger-1.4. | 108 KB    | ##################################### | 100% 
terminado-0.9.4      | 26 KB     | ##################################### | 100% 
r-labeling-0.4.2     | 67 KB     | ##################################### | 100% 
r-nlme-3.1_152       | 2.3 MB    | ##################################### | 100% 
iqtree-2.1.2         | 6.5 MB    | ##################################### | 100% 
pandas-1.2.4         | 10.6 MB   | ##################################### | 100% 
r-tibble-3.1.1       | 726 KB    | ##################################### | 100% 
r-gtable-0.3.0       | 416 KB    | ##################################### | 100% 
bioconductor-biocpar | 1.2 MB    | ##################################### | 100% 
statsmodels-0.12.2   | 10.5 MB   | ##################################### | 100% 
q2-dada2-2021.4.0    | 464 KB    | ##################################### | 100% 
bioconductor-summari | 2.6 MB    | ##################################### | 100% 
blast-2.6.0          | 113.0 MB  | ##################################### | 100% 
cached-property-1.5. | 4 KB      | ##################################### | 100% 
clangxx_osx-64-11.1. | 15 KB     | ##################################### | 100% 
samtools-1.12        | 388 KB    | ##################################### | 100% 
liblapacke-3.9.0     | 11 KB     | ##################################### | 100% 
r-digest-0.6.27      | 204 KB    | ##################################### | 100% 
networkx-2.5.1       | 1.2 MB    | ##################################### | 100% 
r-futile.options-1.0 | 27 KB     | ##################################### | 100% 
libclang-cpp11.1-11. | 12.6 MB   | ##################################### | 100% 
cctools_osx-64-949.0 | 1.8 MB    | ##################################### | 100% 
psutil-5.8.0         | 351 KB    | ##################################### | 100% 
scikit-bio-0.5.6     | 1.3 MB    | ##################################### | 100% 
r-plyr-1.8.6         | 832 KB    | ##################################### | 100% 
more-itertools-8.7.0 | 39 KB     | ##################################### | 100% 
blas-devel-3.9.0     | 11 KB     | ##################################### | 100% 
pillow-8.1.2         | 657 KB    | ##################################### | 100% 
cutadapt-3.4         | 174 KB    | ##################################### | 100% 
scipy-1.6.2          | 18.6 MB   | ##################################### | 100% 
raxml-8.2.12         | 2.6 MB    | ##################################### | 100% 
isa-l-2.30.0         | 174 KB    | ##################################### | 100% 
sepp-4.3.10          | 5.3 MB    | ##################################### | 100% 
ijson-3.1.3          | 24 KB     | ##################################### | 100% 
q2-gneiss-2021.4.0   | 53 KB     | ##################################### | 100% 
ipython-7.22.0       | 1.1 MB    | ##################################### | 100% 
r-matrixstats-0.58.0 | 869 KB    | ##################################### | 100% 
q2-types-2021.4.0    | 129 KB    | ##################################### | 100% 
bioconductor-genomei | 7 KB      | ##################################### | 100% 
bioconductor-genomic | 2.2 MB    | ##################################### | 100% 
r-latticeextra-0.6_2 | 2.1 MB    | ##################################### | 100% 
q2-diversity-2021.4. | 231 KB    | ##################################### | 100% 
bowtie2-2.4.2        | 1.3 MB    | ##################################### | 100% 
emperor-1.0.3        | 599 KB    | ##################################### | 100% 
dnaio-0.5.0          | 110 KB    | ##################################### | 100% 
r-diffobj-0.3.3      | 1.0 MB    | ##################################### | 100% 
r-reshape2-1.4.4     | 127 KB    | ##################################### | 100% 
r-rcppparallel-5.1.2 | 539 KB    | ##################################### | 100% 
libtiff-4.2.0        | 548 KB    | ##################################### | 100% 
r-vegan-2.5_7        | 3.4 MB    | ##################################### | 100% 
matplotlib-3.4.1     | 7 KB      | ##################################### | 100% 
clang_osx-64-11.1.0  | 16 KB     | ##################################### | 100% 
q2-feature-classifie | 139 KB    | ##################################### | 100% 
curl-7.76.1          | 138 KB    | ##################################### | 100% 
tbb-2020.2           | 132 KB    | ##################################### | 100% 
r-praise-1.0.0       | 23 KB     | ##################################### | 100% 
clangxx-11.1.0       | 125 KB    | ##################################### | 100% 
font-ttf-inconsolata | 94 KB     | ##################################### | 100% 
libuv-1.41.0         | 421 KB    | ##################################### | 100% 
hdf5-1.10.6          | 3.1 MB    | ##################################### | 100% 
r-rcpp-1.0.6         | 2.0 MB    | ##################################### | 100% 
joblib-1.0.1         | 206 KB    | ##################################### | 100% 
unifrac-0.20.2       | 478 KB    | ##################################### | 100% 
r-hwriter-1.3.2      | 173 KB    | ##################################### | 100% 
font-ttf-source-code | 684 KB    | ##################################### | 100% 
cryptography-3.4.7   | 763 KB    | ##################################### | 100% 
r-evaluate-0.14      | 81 KB     | ##################################### | 100% 
bioconductor-rsamtoo | 3.8 MB    | ##################################### | 100% 
mafft-7.475          | 7.7 MB    | ##################################### | 100% 
typing_extensions-3. | 25 KB     | ##################################### | 100% 
bioconductor-shortre | 5.2 MB    | ##################################### | 100% 
q2-alignment-2021.4. | 19 KB     | ##################################### | 100% 
q2-quality-control-2 | 286 KB    | ##################################### | 100% 
q2-longitudinal-2021 | 7.6 MB    | ##################################### | 100% 
q2-fragment-insertio | 30 KB     | ##################################### | 100% 
dendropy-4.5.2       | 308 KB    | ##################################### | 100% 
r-permute-0.9_5      | 510 KB    | ##################################### | 100% 
bioconductor-dada2-1 | 2.5 MB    | ##################################### | 100% 
r-zeallot-0.1.0      | 62 KB     | ##################################### | 100% 
blas-2.108           | 12 KB     | ##################################### | 100% 
r-lambda.r-1.2.4     | 120 KB    | ##################################### | 100% 
q2-taxa-2021.4.0     | 109 KB    | ##################################### | 100% 
Preparing transaction: done
Verifying transaction: | 
SafetyError: The package for r-base located at /Users/sbslee/opt/anaconda3/pkgs/r-base-4.0.3-hb6e1b8c_8
appears to be corrupted. The path 'lib/R/doc/html/packages.html'
has an incorrect size.
  reported size: 2946 bytes
  actual size: 39169 bytes

ClobberError: This transaction has incompatible packages due to a shared path.
  packages: conda-forge/osx-64::libgcc-4.8.5-1, conda-forge/osx-64::libgfortran5-9.3.0-h6c81a4c_22
  path: 'lib/libgcc_s.1.dylib'

ClobberError: This transaction has incompatible packages due to a shared path.
  packages: conda-forge/osx-64::libgcc-4.8.5-1, conda-forge/osx-64::libgfortran5-9.3.0-h6c81a4c_22
  path: 'lib/libgcc_s_ppc64.1.dylib'

ClobberError: This transaction has incompatible packages due to a shared path.
  packages: conda-forge/osx-64::libgcc-4.8.5-1, conda-forge/osx-64::libgfortran5-9.3.0-h6c81a4c_22
  path: 'lib/libgcc_s_x86_64.1.dylib'

ClobberError: This transaction has incompatible packages due to a shared path.
  packages: conda-forge/osx-64::libgcc-4.8.5-1, conda-forge/osx-64::libgfortran5-9.3.0-h6c81a4c_22
  path: 'lib/libgfortran.dylib'

ClobberError: This transaction has incompatible packages due to a shared path.
  packages: conda-forge/osx-64::libgcc-4.8.5-1, conda-forge/osx-64::libgfortran5-9.3.0-h6c81a4c_22
  path: 'lib/libgomp.1.dylib'

ClobberError: This transaction has incompatible packages due to a shared path.
  packages: conda-forge/osx-64::libgcc-4.8.5-1, conda-forge/osx-64::libgfortran5-9.3.0-h6c81a4c_22
  path: 'lib/libgomp.dylib'

ClobberError: This transaction has incompatible packages due to a shared path.
  packages: conda-forge/osx-64::libgcc-4.8.5-1, conda-forge/osx-64::libgfortran5-9.3.0-h6c81a4c_22
  path: 'lib/libquadmath.0.dylib'

ClobberError: This transaction has incompatible packages due to a shared path.
  packages: conda-forge/osx-64::libgcc-4.8.5-1, conda-forge/osx-64::libgfortran5-9.3.0-h6c81a4c_22
  path: 'lib/libquadmath.dylib'

ClobberError: This transaction has incompatible packages due to a shared path.
  packages: conda-forge/osx-64::openjdk-11.0.9.1-hcf210ce_1, conda-forge/osx-64::freetype-2.10.4-h4cff582_1
  path: 'lib/libfreetype.dylib'

done
Executing transaction: \ Enabling notebook extension jupyter-js-widgets/extension...
      - Validating: OK

done
#
# To activate this environment, use
#
#     $ conda activate qiime2-2021.4
#
# To deactivate an active environment, use
#
#     $ conda deactivate

(base) sbslee@Seung-beens-MacBook-Air Desktop % qiime2-2021.4
zsh: command not found: qiime2-2021.4
(base) sbslee@Seung-beens-MacBook-Air Desktop % conda activate qiime2-2021.4
(qiime2-2021.4) sbslee@Seung-beens-MacBook-Air Desktop % git clone https://github.com/sbslee/dokdo
Cloning into 'dokdo'...
remote: Enumerating objects: 1676, done.
remote: Counting objects: 100% (333/333), done.
remote: Compressing objects: 100% (241/241), done.
remote: Total 1676 (delta 160), reused 248 (delta 86), pack-reused 1343
Receiving objects: 100% (1676/1676), 4.99 MiB | 5.33 MiB/s, done.
Resolving deltas: 100% (1013/1013), done.
(qiime2-2021.4) sbslee@Seung-beens-MacBook-Air Desktop % cd dokdo
(qiime2-2021.4) sbslee@Seung-beens-MacBook-Air dokdo % pip install .
Processing /Users/sbslee/Desktop/dokdo
Building wheels for collected packages: dokdo
  Building wheel for dokdo (setup.py) ... done
  Created wheel for dokdo: filename=dokdo-1.8.0-py3-none-any.whl size=55253 sha256=6bde54b84ebcd59dd44b4dfd7932bcfcb78767933e8ed3568f54301c965b9adc
  Stored in directory: /private/var/folders/qb/htltkvbx6lq8pzl6gs54nk340000gn/T/pip-ephem-wheel-cache-z5gcrg52/wheels/07/24/ff/7562e49dc6d743d793aaaf0ff7e26bb19c9d9a5832da9a7859
Successfully built dokdo
Installing collected packages: dokdo
Successfully installed dokdo-1.8.0
(qiime2-2021.4) sbslee@Seung-beens-MacBook-Air dokdo % dokdo -h
usage: dokdo [-v] [-h] COMMAND ...

positional arguments:
  COMMAND        Name of the command.
    collapse     Create seven collapsed feature tables, one for each taxonomic level (i.e. 'level-1.csv' to
                 'level-7.csv').
    make-manifest
                 Create a manifest file (.tsv) from a directory containing FASTQ files.
    add-metadata
                 Add new metadata columns to an existing metadata file (.tsv).
    summarize    Extract summary or verbose data from an Artifact file.
    prepare-lefse
                 Create a TSV file which can be used as input for the LEfSe tool.
    count-reads  Count the number of sequence reads from FASTQ.

optional arguments:
  -v, --version  Show the version and exit.
  -h, --help     Show this help message and exit.
(qiime2-2021.4) sbslee@Seung-beens-MacBook-Air dokdo % dokdo -v
dokdo 1.8.0
(qiime2-2021.4) sbslee@Seung-beens-MacBook-Air dokdo %
sbslee commented 3 years ago

@khemlalnirmalkar,

If you experience the same issue even after you set up a fresh conda environment, please also upload the full error message (not just the last line like you did before).

khemlalnirmalkar commented 3 years ago

Thanks for checking. Very strange, i did try with a new conda environment for qiime2. Now, I closed my terminal, notebook and tried again. It seems all good n working. Sorry about that, I should have explored a little bit more.

sbslee commented 3 years ago

Good to hear that. No worries. Closing this.