环境问题 - Githubissues

jourmore commented 1 year ago

抱歉，确实整得有点崩溃，requirements_pip.txt因为我本地没那些文件，requirements_conda.txt会因为一些包找不到而不安装，所以我就根据sh报错来一个一个安装，最后都是一些版本之间冲突的问题，无法正常运行。请求一份可用的requirements.txt可以吗？感谢！确实想试一下RTM。

Hespter commented 1 year ago

其实requirements_pip.txt和requirements_conda.txt里的库不需要全部安装的，就只安装作者在readme.md中列出的那些即可，有些库的版本号也没必要跟作者的一致，根据自己机器的配置，能跑通就行吧

felix5572 commented 1 year ago

@jourmore mamba create -n rtmscore python==3.9 dgl-cuda11.1 mdanalysis rdkit torch-scatter pandas prody pytorch openbabel scikit-learn scipy seaborn numpy pandas matplotlib joblib -c conda-forge -c bioconda -c dglteam

jourmore commented 1 year ago

@jourmore mamba create -n rtmscore python==3.9 dgl-cuda11.1 mdanalysis rdkit torch-scatter pandas prody pytorch openbabel scikit-learn scipy seaborn numpy pandas matplotlib joblib -c conda-forge -c bioconda -c dglteam

Thanks！

Nireus-lgx commented 1 year ago

请问当出现以下问题，应该如何解决呢？已经研究了好久了，始终无法解决。希望大神们帮帮忙。 *** Open Babel Error in LoadAllPlugins Unable to find OpenBabel plugins. Try setting the BABEL_LIBDIR environment variable.

aiforbase commented 1 year ago

请问当出现以下问题，应该如何解决呢？已经研究了好久了，始终无法解决。希望大神们帮帮忙。 *** Open Babel Error in LoadAllPlugins Unable to find OpenBabel plugins. Try setting the BABEL_LIBDIR environment variable.

请问当出现以下问题，应该如何解决呢？已经研究了好久了，始终无法解决。希望大神们帮帮忙。 *** Open Babel Error in LoadAllPlugins Unable to find OpenBabel plugins. Try setting the BABEL_LIBDIR environment variable.

the error cause by the code set environment BABEL_LIBDIR remove the code os.environ["BABEL_LIBDIR"] = "/home/shenchao/.conda/envs/my3/lib/openbabel/3.1.0" install openbabel with conda: conda install -c conda-forge openbabel

Nireus-lgx commented 1 year ago

        在rtmscore.py中添加：

    os.environ["BABEL_LIBDIR"] = "/home/xxx/anaconda3/envs/rtmscore/lib/openbabel/3.1.0"

                    ***@***.***

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     发件人 

        ***@***.***>

     发送日期 

    2023年8月17日 11:26

     收件人 

        ***@***.***>

     抄送人 

        ***@***.***>
        ,

        ***@***.***>

     主题 

          Re: [sc8668/RTMScore] 环境问题 (Issue #14)

请问当出现以下问题，应该如何解决呢？已经研究了好久了，始终无法解决。希望大神们帮帮忙。 *** Open Babel Error in LoadAllPlugins Unable to find OpenBabel plugins. Try setting the BABEL_LIBDIR environment variable.

the error cause by the code set environment BABEL_LIBDIR remove the code os.environ["BABEL_LIBDIR"] = "/home/shenchao/.conda/envs/my3/lib/openbabel/3.1.0" install openbabel with conda: conda install -c conda-forge openbabel

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sc8668 / RTMScore

环境问题 #14