make directory structure always match package structure

[SethTisue]

this is needed for Eclipse and ENSIME to work properly; it's a presentation compiler issue, SI-9309

[SethTisue]

old structure. note the trees are different depths:

amazon/src
└── main
    └── scala
        └── DynamoDb.scala
cli/src
└── main
    └── scala
        └── CLI.scala
core/src
└── main
    └── scala
        ├── Configuration.scala
        └── Core.scala
github/src
└── main
    └── scala
        └── scabot
            └── github
                ├── GithubApi.scala
                └── GithubService.scala
jenkins/src
└── main
    └── scala
        └── scabot
            └── jenkins
                ├── JenkinsAPI.scala
                └── JenkinsService.scala
server/src
└── main
    └── scala
        └── Actors.scala
typesafe/src
└── main
    └── scala
        └── scabot
            └── typesafe
                └── TypesafeApi.scala

corrected structure:

amazon/src
└── main
    └── scala
        └── scabot
            └── amazon
                └── DynamoDb.scala
cli/src
└── main
    └── scala
        └── scabot
            └── cli
                └── CLI.scala
core/src
└── main
    └── scala
        └── scabot
            └── core
                ├── Configuration.scala
                └── Core.scala
github/src
└── main
    └── scala
        └── scabot
            └── github
                ├── GithubApi.scala
                └── GithubService.scala
jenkins/src
└── main
    └── scala
        └── scabot
            └── jenkins
                ├── JenkinsAPI.scala
                └── JenkinsService.scala
server/src
└── main
    └── scala
        └── scabot
            └── server
                └── Actors.scala
typesafe/src
└── main
    └── scala
        └── scabot
            └── typesafe
                └── TypesafeApi.scala