Open Dr-F-Arthur opened 7 months ago
目前已知给出了一个预训练好的模型参数,在模型文件夹trained_models/karmadock_screening.pkl下的文件,那么如何产生这个文件?按照自己的理解对参数进行微调和修改? 我通过读utils/fns.py文件,了解到有在124行的save_model方法,并在下面128行的step方法里面得到运用。在包括utils/virtual_screening.py和utils/ligand_docking.py文件内,也只看到了load相关方法的使用,想了解一下该如何复现产生trained_models/karmadock_screening.pkl模型参数文件。 之前我尝试写过这样的代码,感觉效果不理想,而且如分数参数是我随便写的,并不清楚如何设置比较合理:
import argparse import os import sys from tqdm import tqdm project_dir = os.path.dirname(os.path.dirname(os.path.realpath(__file__))) sys.path.append(project_dir) from utils.fns import Early_stopper, set_random_seed from architecture.KarmaDock_architecture import KarmaDock import torch.nn as nn import torch.optim # device device_id = 0 if torch.cuda.is_available(): my_device = f'cuda:{device_id}' else: my_device = 'cpu' model = KarmaDock() model = nn.DataParallel(model, device_ids=[device_id], output_device=device_id) model.to(my_device) # stoper model_file = f'{project_dir}/trained_models/try_model.pkl' stopper = Early_stopper(model_file=model_file, mode='lower', patience=10) stopper.step(50,model)
目前已知给出了一个预训练好的模型参数,在模型文件夹trained_models/karmadock_screening.pkl下的文件,那么如何产生这个文件?按照自己的理解对参数进行微调和修改? 我通过读utils/fns.py文件,了解到有在124行的save_model方法,并在下面128行的step方法里面得到运用。在包括utils/virtual_screening.py和utils/ligand_docking.py文件内,也只看到了load相关方法的使用,想了解一下该如何复现产生trained_models/karmadock_screening.pkl模型参数文件。 之前我尝试写过这样的代码,感觉效果不理想,而且如分数参数是我随便写的,并不清楚如何设置比较合理: