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[PubMed] AOP - gerar data <PubDate PubStatus="aheadofprint"> ao invés de <PubDate PubStatus="ppublish"> para AOP #2334 #2335

Closed marciamorgan closed 8 years ago

marciamorgan commented 8 years ago

O xml dos AOPs para o Pubmed estão gerando com <PubDate PubStatus="ppublish"> ao invés de <PubDate PubStatus="aheadofprint">

Deveria ser:

<Article>
        <Journal>
            <PublisherName>Lancet Publishing Group</PublisherName>
            <JournalTitle>Lancet</JournalTitle>
            <Issn>1474-547X</Issn>
            <Volume/>
            <Issue/>
            <PubDate PubStatus="aheadofprint">
                <Year>2015</Year>
                <Month>Feb</Month>
                <Day>13</Day>
            </PubDate>
        </Journal>

Ao invés de:

 <Journal>
         <PublisherName>Academia Brasileira de Ciências</PublisherName>
         <JournalTitle>An Acad Bras Cienc</JournalTitle>
         <Issn>1678-2690</Issn>
         <Volume>00</Volume>
         <PubDate PubStatus="ppublish">
            <Year>2016</Year>
            <Month>08</Month>
            <Day>04</Day>
         </PubDate>
      </Journal>

E em histórico do xml do AOP não gerar o <PubDate PubStatus="ppublish">

Exemplo: deveria ser:

<History>
         <PubDate PubStatus="received">
            <Year>2015</Year>
            <Month>07</Month>
            <Day>18</Day>
         </PubDate>
         <PubDate PubStatus="accepted">
            <Year>2015</Year>
            <Month>10</Month>
            <Day>14</Day>
         </PubDate>
      </History>

e não:

 <History>
         <PubDate PubStatus="received">
            <Year>2014</Year>
            <Month>02</Month>
            <Day>05</Day>
         </PubDate>
         <PubDate PubStatus="accepted">
            <Year>2016</Year>
            <Month>03</Month>
            <Day>11</Day>
         </PubDate>
         <PubDate PubStatus="ppublish">
            <Year>2016</Year>
            <Month>08</Month>
            <Day>04</Day>
         </PubDate>
      </History>
RPostalli commented 8 years ago

Lembrando que Revistas que adotam publicação continua devem gerar como <PubDate PubStatus="ppublish">.

São elas:

ACR: volume. AIB: volume. BABT: volume. BJMBR: volume e número BN: volume e número. BOR: volume e número. BPSR: volume e número HIS: volume. JVATITD: volume. RGENF: volume e número. RSP: volume. CSP: volume e número NAU: volume. NI: volume e número. RBCS: volume RBCSoc: volume e número. RBEF: volume e número. RBSO: volume RLAE: volume. RIMTSP: volume TCE: volume e número ZOOL: volume e número RBPI: volume e número PRC: volume RBF: volume e número JPE: volume (ex-refuem começará com o v27) ISZ: volume BAR: volume e número EAN: volume e número PTP: volume e número ALB: volume BJFT: volume. CPA: número

robertatakenaka commented 8 years ago

@marciamorgan : Por favor, testar.

marciamorgan commented 8 years ago

@robertatakenaka : O <PubDate PubStatus="aheadofprint"> dentro de <Journal> gerou certo, mas não deve gerar dentro <history>. O <PubDate PubStatus="aheadofprint"> somente deve gerar dentro de <history> quando for exclusão de AOP. XML do AOP após correção:

<History>
         <PubDate PubStatus="received">
            <Year>2015</Year>
            <Month>12</Month>
            <Day>18</Day>
         </PubDate>
         <PubDate PubStatus="accepted">
            <Year>2016</Year>
            <Month>02</Month>
            <Day>28</Day>
         </PubDate>
         <PubDate PubStatus="aheadofprint">
            <Year>2016</Year>
            <Month>08</Month>
            <Day>08</Day>
         </PubDate>
      </History>

Deveria ser:

<History>
         <PubDate PubStatus="received">
            <Year>2015</Year>
            <Month>12</Month>
            <Day>18</Day>
         </PubDate>
         <PubDate PubStatus="accepted">
            <Year>2016</Year>
            <Month>02</Month>
            <Day>28</Day>
         </PubDate>
         </History>
luanaaraujo commented 8 years ago

O de publicação continuada continua errado também. Está gerando:

<PubDate PubStatus="ppublish">
            <Year>2016</Year>
            <Month>07</Month>
            <Day>11</Day>
         </PubDate>

Quando deveria ser: 

<PubDate PubStatus="ppublish">
            <Year>2016</Year>
               </PubDate>

E <History> gera:

 <History>
         <PubDate PubStatus="received">
            <Year>2015</Year>
            <Month>09</Month>
            <Day>21</Day>
         </PubDate>
         <PubDate PubStatus="accepted">
            <Year>2015</Year>
            <Month>12</Month>
            <Day>17</Day>
         </PubDate>
      </History>

Quando deveria gerar:

 <History>
         <PubDate PubStatus="received">
            <Year>2015</Year>
            <Month>09</Month>
            <Day>21</Day>
         </PubDate>
         <PubDate PubStatus="accepted">
            <Year>2015</Year>
            <Month>12</Month>
            <Day>17</Day>
         </PubDate>
      </History>
       <PubDate PubStatus="aheadofprint">
            <Year>2016</Year>
            <Month>07</Month>
            <Day>11</Day>
         </PubDate>
RPostalli commented 8 years ago

@robertatakenaka eu a Márcia e a Luana fizemos um levantamento pesquisando inclusive no site help d Pubmed. Temos 4 tipos de publicação em SciELO: AOP, exclusão de AOP, fascículo comum e RPass.

Como devem ser geradas as datas destes documento?

FASCÍCULO = 1 DATA em journal-meta data do tipo ppublish do fascículo (sempre terá mês ou intervalo de meses e ano) `

09 
        <Year>2016</Year>

`

em history NADA

AOP = 1 DATA em journal-meta data do tipo aheadofprint do artigo (sempre terá dia, mês e ano) `

2016 
        <Month>07</Month>
        <Day>11</Day>
     </PubDate>`

em history NADA

EXCLUSÃO DE AOP = 2 DATAS em journal-meta data do tipo ppublish do fascículo (sempre terá mês ou intervalo de meses e ano) `

09 
        <Year>2016</Year>

`

em history data do tipo aheadofprint do artigo (sempre terá dia, mês e ano) `

2016 
        <Month>07</Month>
        <Day>11</Day>
     </PubDate>`

RPASS = 2 DATAS em journal-meta data do tipo ppublish do fascículo (sempre terá ano) `

2016

`

em history data do tipo aheadofprint do artigo (sempre terá dia, mês e ano) `

2016 
        <Month>07</Month>
        <Day>11</Day>
     </PubDate>`
robertatakenaka commented 8 years ago

@marciamorgan , @RPostalli , @luanaaraujo : fiz os ajustes solicitados, por favor, avaliar se os problemas persistem. Se sim, indique-os pontualmente, ou seja, qual o problema e o fascículo para testar.

luanaaraujo commented 8 years ago

@robertatakenaka Fiz o teste com a rimtsp v58 lote 5 e continua sem gerar as tags que mencionei no meu comentário anterior, e reforçado pela @RPostalli Caso queira verificar, o xml gerado está em V:\SciELO\serial\rimtsp\v58\PUBMED\rimtspv5820160711-20160712.xml

robertatakenaka commented 8 years ago

@luanaaraujo : qual é a indicação de que o artigo é rolling pass?

marciamorgan commented 8 years ago

@robertatakenaka @RPostalli @luanaaraujo Roberta, o xml de AOP continua gerando com o <PubDate PubStatus="aheadofprint"> em <history>. Notei também que os xmls mais antigos geravam com as tags <Volume/> <Issue/> que é como está o exemplo do xml no site do Pubmed, e agora gera com a tag <Volume>00</Volume>

luanaaraujo commented 8 years ago

@robertatakenaka Conter o elemento <elocation-id>.

RPostalli commented 8 years ago

Elocation-id não é sinônimo de RPass, qualquer revista pode adotar o elocation-id.

É possível saber quais são pela lista que mandei.

robertatakenaka commented 8 years ago

@RPostalli , entendo mas não é viável inserir uma lista de revistas para indicar se é ou não rolling pass. O programa é de uso comum de outras coleções. O dado tem que estar na base ou no XML.

luanaaraujo commented 8 years ago

@RPostalli mas pelo que entendi @robertatakenaka quer saber algo no artigo que indique que ele é publicação continuada, e não o periódico que adota essa modalidade. Por isso mencionei o elocation.

robertatakenaka commented 8 years ago

@luanaaraujo , sim, mas a @RPostalli tem razão pois o elocation-id não é um bom indicador, pelo menos não o suficiente.

luanaaraujo commented 8 years ago

@robertatakenaka sim, eu entendi e concordo. Só quis explicar o porque mencionei o elocation.

RPostalli commented 8 years ago

@robertatakenaka acho que podemos fazer a regra ao contrário então , você consegue descobrir que é:

um AOP pela falta de volume e número (00) e porque terá data completa dia, mês e ano.,

um RPass (e não um AOP) porque terá volume E/OU número e terá data de publicação completa dia mês e ano.

um Fascículo porque terá volume E/OU número mas só terá data com de mês e ano (NUNCA DIA)

uma Exclusão de AOP porque terá a tag de colletion, ou seja, terão suas datas, uma como mes dia e ano e a outra só com mês e ano.

Ajuda?

robertatakenaka commented 8 years ago

@RPostalli : acho que é por aí , verificar um conjunto de elementos.

robertatakenaka commented 8 years ago

@marciamorgan : O ideal é deixar <Volume></Volume> ou simplesmente não colocar volume?

RPostalli commented 8 years ago

@marciamorgan acho que isso não faz diferença para AOP, ter a info 00 só em volume ou em volume e número, mas já que estamos impondo regras, acho que deveria gerar tal qual está o nosso XML: volume + número com 00. Já serve como identificador de um AOP para a regra de datas.

robertatakenaka commented 8 years ago

@RPostalli , acho que faz porque no lugar do volume fica aparecendo 00 no PubMed. Mas a minha pergunta é se deixa a tag vazia ou remove a tag quando seu valor é 00.

RPostalli commented 8 years ago

@robertatakenaka sim fica 00 mesmo. Vamos deixar conforme o exemplo do Guia do PubMed que a @marciamorgan disse <Volume>00</Volume> e <issue>00</issue>

luanaaraujo commented 8 years ago

@RPostalli @robertatakenaka @marciamorgan Mas na versão 1.4 do SciELO PS os elementos <Volume> e <issue> podem ocorrer zero ou uma vez. Já peguei AOP sem esses elementos.

RPostalli commented 8 years ago

@luanaaraujo não tem problema, se tiver sem as tags, o programa identifica da mesma forma que é um AOP e gera as tags com 00 tal qual esta no exemplo do PubMed. melhor seguirmos os exemplos deles.

Eu mesmo disse na regra:

\ um AOP pela falta de volume e número (00) e porque terá data completa dia, mês e ano.,""

Ou não existe ou é 00.

luanaaraujo commented 8 years ago

@RPostalli Entendi!

suelylc commented 8 years ago

@RPostalli @robertatakenaka @luanaaraujo @marciamorgan Pessoal, segundo esse link http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK3828/#publisherhelp.All_About_Ahead_of_Print do PUBMED não deve haver volume e número para arquivos em aop. Como a Roberta disse, fica mesmo aparecendo a informação 00 na página, acredito q isso pode causar algum problema no futuro... "Often these types of citations contain partial citation information--for example, they might contain an article title and full abstract, but not contain a volume, issue, or page number".

Eu não achei os exemplos de ahead para PUBMED com informações de 00 em volume e número... Onde vcs acharam?

marciamorgan commented 8 years ago

@robertatakenaka @luanaaraujo @RPostalli @suelylc O exemplo de xml de AOP no help xml do pubmed é:

Example of an Ahead of Print XML file

<!DOCTYPE ArticleSet PUBLIC "-//NLM//DTD PubMed 2.6//EN"
"http://www.ncbi.nlm.nih.gov/corehtml/query/static/PubMed.dtd">
<ArticleSet> 
   <Article>
        <Journal>
            <PublisherName>Lancet Publishing Group</PublisherName>
            <JournalTitle>Lancet</JournalTitle>
            <Issn>1474-547X</Issn>
            <Volume/>
            <Issue/>
            <PubDate PubStatus="aheadofprint">
                <Year>2015</Year>
                <Month>Feb</Month>
                <Day>13</Day>
            </PubDate>
        </Journal>
        <ArticleTitle>Hepatitis C.</ArticleTitle>
        <FirstPage/>
        <LastPage/>
suelylc commented 8 years ago

Ah @marciamorgan @robertatakenaka @RPostalli @luanaaraujo sim. Com as tags fechadas de volume, número e paginação e não com 00

marciamorgan commented 8 years ago

@RPostalli @robertatakenaka @luanaaraujo @suelylc

Segue exemplos completos disponíveis em: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK3828/#publisherhelp.How_do_I_interpret_t

Example of an Ahead of Print XML file

<!DOCTYPE ArticleSet PUBLIC "-//NLM//DTD PubMed 2.6//EN"
"http://www.ncbi.nlm.nih.gov/corehtml/query/static/PubMed.dtd">
<ArticleSet> 
   <Article>
        <Journal>
            <PublisherName>Lancet Publishing Group</PublisherName>
            <JournalTitle>Lancet</JournalTitle>
            <Issn>1474-547X</Issn>
            <Volume/>
            <Issue/>
            <PubDate PubStatus="aheadofprint">
                <Year>2015</Year>
                <Month>Feb</Month>
                <Day>13</Day>
            </PubDate>
        </Journal>
        <ArticleTitle>Hepatitis C.</ArticleTitle>
        <FirstPage/>
        <LastPage/>
        <ELocationID EIdType="doi">10.1016/S0140-6736(14)62401-6</ELocationID>
        <ELocationID EIdType="pii">S0140-6736(14)62401-6</ELocationID>
        <Language>EN</Language>
        <AuthorList>
            <Author>
                <FirstName>Daniel P</FirstName>
                <LastName>Webster</LastName>
                <Affiliation>Department of Virology, Royal Free London 
                NHS Foundation Trust, London, UK. Electronic address: 
               daniel.webster@ucl.ac.uk</Affiliation>
            </Author>
            <Author>
                <FirstName>Paul</FirstName>
                <MiddleName>P</MiddleName>
                <LastName>Klenerman</LastName>
                <Affiliation>National Institute for Health Research 
                (NIHR) Biomedical Research Centre and Nuffield
                 Department of Medicine, University of Oxford, Oxford,
                 UK.</Affiliation>
            </Author>
            <Author>
                <FirstName>Geoffrey M</FirstName>
                <LastName>Dusheiko</LastName>
                <Affiliation>Institute of Liver and Digestive Health, 
                University College London, London, UK.</Affiliation>
            </Author>
         </AuthorList>
        <PublicationType>REVIEW</PublicationType>
        <ArticleIdList>
            <ArticleId IdType="pii">S0140-6736(14)62401-6</ArticleId>
            <ArticleId IdType="doi">10.1016/S0140-6736(14)62401-6</ArticleId>
        </ArticleIdList>
        <Abstract>Hepatitis C virus (HCV) infection is a major health problem worldwide. The effects of chronic infection include cirrhosis, end-stage liver disease, and hepatocellular carcinoma. As a result of shared routes of transmission, co-infection with HIV is a substantial problem, and individuals infected with both viruses have poorer outcomes than do peers infected with one virus. No effective vaccine exists, although persistent HCV infection is potentially curable. The standard of care has been subcutaneous interferon alfa and oral ribavirin for 24-72 weeks. This treatment results in a sustained virological response in around 50% of individuals, and is complicated by clinically significant adverse events. In the past 10 years, advances in HCV cell culture have enabled an improved understanding of HCV virology, which has led to development of many new direct-acting antiviral drugs that target key components of virus replication. These direct-acting drugs allow for simplified and shortened treatments for HCV that can be given as oral regimens with increased tolerability and efficacy than interferon and ribavirin. Remaining obstacles include access to appropriate care and treatment, and development of a vaccine. </Abstract>
     </Article>    
     </ArticleSet>

Example of a Replaces XML file

<!DOCTYPE ArticleSet PUBLIC "-//NLM//DTD PubMed 2.6//EN"
"http://www.ncbi.nlm.nih.gov/corehtml/query/static/PubMed.dtd">
<ArticleSet> 
    <Article>     
    <Article>
        <Journal>
            <PublisherName>Sage Publications</PublisherName>
            <JournalTitle>Am J Hosp Palliat Care</JournalTitle>
            <Issn>1938-2715</Issn>
            <Volume>31</Volume>
            <Issue>2</Issue>
            <PubDate PubStatus="ppublish">
                <Year>2014</Year>
                <Month>Mar</Month>
            </PubDate>
        </Journal>
        <Replaces IdType="doi">10.1177/1049909113482745</Replaces>
        <ArticleTitle>Neuromodulation and palliative medicine. </ArticleTitle>
        <FirstPage>211</FirstPage>
        <LastPage>219</LastPage>
        <ELocationID EIdType="doi">10.1177/1049909113482745</ELocationID>
        <Language>EN</Language>
        <AuthorList>
            <Author>
                <FirstName>Howard S</FirstName>
                <LastName>Smith</LastName>
                <Affiliation>Department of Anesthesiology, Albany 
          Medical College, Albany, NY, USA.</Affiliation>
            </Author>
            <Author>
                <FirstName>Julie G</FirstName>
                <LastName>Pilitsis</LastName>
                <AffiliationInfo>
                <Affiliation>Center for Neuropharmacology and 
          Neuroscience, Albany Medical College, Albany, NY  
                USA.</Affiliation>
                </AffiliationInfo>
                <AffiliationInfo>
                <Affiliation>Division of Neurosurgery, Albany Medical 
                Center, Albany, NY USA.</Affiliation>
                </AffiliationInfo>
                 </Author>
        </AuthorList>
        <PublicationType>JOURNAL ARTICLE</PublicationType>
        <ArticleIdList>
            <ArticleId IdType="pii">1049909113482745</ArticleId>
            <ArticleId IdType="doi">10.1177/1049909113482745</ArticleId>
        </ArticleIdList>
        <History> 
            <PubDate PubStatus = "aheadofprint"> 
                <Year>2013</Year> 
                <Month>3</Month> 
                <Day>26</Day> 
            </PubDate> 
        </History> 
        <Abstract>The palliative care population is generally vulnerable to experiencing medication-induced adverse effects and drug-drug interactions. Neuromodulation may offer particular advantages over systemic medications in this population. Spinal cord stimulation and peripheral nerve stimulation have long been utilized in efforts to
provide analgesia for various painful conditions. More recently, deep brain stimulation/motor cortex stimulation has anecdotally been utilized for certain intractable pain states. Although brain electrical stimulation has not been adequately trialed or in some cases even tried at all for management of a variety of symptoms, it is conceivable that in the future it may be a potential therapeutic option in efforts to
palliate various severe refractory symptoms (eg, intractable pain, nausea, dyspnea, delirium).</Abstract>
        <ObjectList>
            <Object Type="keyword">
                <Param Name="value">brain</Param>
            </Object>
            <Object Type="keyword">
                <Param Name="value">dyspnea</Param>
            </Object>
            <Object Type="keyword">
                <Param Name="value">electrical</Param>
            </Object>
            <Object Type="keyword">
                <Param Name="value">nausea</Param>
            </Object>
            <Object Type="keyword">
                <Param Name="value">neuromodulation</Param>
            </Object>
            <Object Type="keyword">
                <Param Name="value">pain</Param>
            </Object>
            <Object Type="keyword">
                <Param Name="value">palliative care</Param>
            </Object>
            <Object Type="keyword">
                <Param Name="value">stimulation</Param>
            </Object>
        </ObjectList>
    </Article>
     </ArticleSet>
robertatakenaka commented 8 years ago

@RPostalli e @luanaaraujo , a conversa com @marciamorgan sobre <Volume> é do PubMed e não do nosso XML!

robertatakenaka commented 8 years ago

@RPostalli @luanaaraujo @marciamorgan @suelylc enfim a todos, por favor, observem se todas as datas de todos os tipos de fascículos/artigos estão saindo corretamente no XML do PubMed.

marciamorgan commented 8 years ago

@robertatakenaka @RPostalli @luanaaraujo

xml do AOP

Em journal geraram as tags fechadas de volume e issue, mas apareceu a tag <PubDate PubStatus="ppublish">. Gerou sem a tag <PubDate PubStatus="aheadofprint"> em histórico :

  <Journal>
         <PublisherName>Sociedade Brasileira de Genética</PublisherName>
         <JournalTitle>Genet Mol Biol</JournalTitle>
         <Issn>1678-4685</Issn>
         <Volume/>
         <Issue/>
         <PubDate PubStatus="aheadofprint">
            <Year>2016</Year>
            <Month>08</Month>
            <Day>08</Day>
         </PubDate>
         <PubDate PubStatus="ppublish">
            <Year>2016</Year>
         </PubDate>
      </Journal>
 <History>
         <PubDate PubStatus="received">
            <Year>2015</Year>
            <Month>12</Month>
         </PubDate>
         <PubDate PubStatus="accepted">
            <Year>2016</Year>
            <Month>02</Month>
         </PubDate>
      </History>
marciamorgan commented 8 years ago

@robertatakenaka @RPostalli @luanaaraujo

Gerei também o xml de um número com exclusão de aop e apareceu em journal <PubDate PubStatus="aheadofprint"> e <PubDate PubStatus="ppublish">. Na exclusão em journal deve ter apenas <PubDate PubStatus="ppublish">. O <PubDate PubStatus="aheadofprint"> deve estar só em history, o xml gerou com o dado em history e em journal.

 <Journal>
         <PublisherName>Sociedade Brasileira de Genética</PublisherName>
         <JournalTitle>Genet Mol Biol</JournalTitle>
         <Issn>1678-4685</Issn>
         <Volume>39</Volume>
         <Issue>2</Issue>
         <PubDate PubStatus="aheadofprint">
            <Year>2016</Year>
            <Month>05</Month>
            <Day>13</Day>
         </PubDate>
         <PubDate PubStatus="ppublish">
            <Year>2016</Year>
            <Month>Apr-Jun</Month>
         </PubDate>
      </Journal> 
 <History>
         <PubDate PubStatus="received">
            <Year>2014</Year>
            <Month>11</Month>
         </PubDate>
         <PubDate PubStatus="accepted">
            <Year>2015</Year>
            <Month>07</Month>
         </PubDate>
         <PubDate PubStatus="aheadofprint">
            <Year>2016</Year>
            <Month>05</Month>
            <Day>13</Day>
         </PubDate>
      </History>
luanaaraujo commented 8 years ago

@robertatakenaka @RPostalli @marciamorgan xml de publicação continuada:

Em <journal> a tag <PubDate PubStatus="ppublish"> gerou correta (só com ano), porém aconteceu o mesmo caso do AOP, gerou <PubDate PubStatus="aheadofprint"> no lugar errado.

RPostalli commented 8 years ago

Tinha que gerar com informação de mês tb.

marciamorgan commented 8 years ago

@robertatakenaka @RPostalli @luanaaraujo

No history do xml do AOP a informação de day sumiu:

<History>
         <PubDate PubStatus="received">
            <Year>2015</Year>
            <Month>12</Month>
         </PubDate>
         <PubDate PubStatus="accepted">
            <Year>2016</Year>
            <Month>02</Month>
         </PubDate>
      </History>

no artigo original antes da correção

 <History>
         <PubDate PubStatus="received">
            <Year>2015</Year>
            <Month>12</Month>
            <Day>18</Day>
         </PubDate>
         <PubDate PubStatus="accepted">
            <Year>2016</Year>
            <Month>02</Month>
            <Day>28</Day>
         </PubDate>
  <PubDate PubStatus="aheadofprint">
            <Year>2016</Year>
            <Month>08</Month>
            <Day>08</Day>
         </PubDate>
     </History>
luanaaraujo commented 8 years ago

Em <PubDate PubStatus="ppublish"> sempre gerou só o ano, o mês fica em <PubDate PubStatus="aheadofprint">

RPostalli commented 8 years ago

@luanaaraujo Mas deveria gerar o mês, pq é a data do fasciculo, todo o fascículo de informação de mês ou intervalo de meses.

@robertatakenaka Sobre o comentário da @marciamorgan o Day é obrigatório em histórico, se não tem o validador acusa erro.

robertatakenaka commented 8 years ago

@RPostalli, @marciamorgan, @luanaaraujo, ou quem possa testar, por favor, faça uns testes com diferentes tipos de artigos. Grata.

marciamorgan commented 8 years ago

@robertatakenaka @RPostalli @luanaaraujo

xml de AOP: informação em journal gerou correta, mas <PubDate PubStatus="aheadofprint"> continua repetindo em history. O xml da exclusão de aop gerou sem o <PubDate PubStatus="aheadofprint"> em history. Os exemplos estão abaixo.

xml de aop

 <Journal>
         <PublisherName>Sociedade Brasileira de Genética</PublisherName>
         <JournalTitle>Genet Mol Biol</JournalTitle>
         <Issn>1678-4685</Issn>
         <Volume/>
         <Issue/>
         <PubDate PubStatus="aheadofprint">
            <Year>2016</Year>
            <Month>08</Month>
            <Day>08</Day>
         </PubDate>
      </Journal>

xml de AOP não deve ter o <PubDate PubStatus="aheadofprint"> em history

 <History>
         <PubDate PubStatus="received">
            <Year>2015</Year>
            <Month>12</Month>
            <Day>18</Day>
         </PubDate>
         <PubDate PubStatus="accepted">
            <Year>2016</Year>
            <Month>02</Month>
            <Day>28</Day>
         </PubDate>
         <PubDate PubStatus="aheadofprint">
            <Year>2016</Year>
            <Month>08</Month>
            <Day>08</Day>
         </PubDate>
      </History>

xml da exclusão de aop sem <PubDate PubStatus="aheadofprint"> em history:

  <History>
         <PubDate PubStatus="received">
            <Year>2014</Year>
            <Month>11</Month>
            <Day>30</Day>
         </PubDate>
         <PubDate PubStatus="accepted">
            <Year>2015</Year>
            <Month>07</Month>
            <Day>23</Day>
         </PubDate>
      </History>
luanaaraujo commented 8 years ago

Publicação continuada: @robertatakenaka , @marciamorgan @suelylc A @RPostalli mencionou que em "ppublish" precisa aparecer o mês (acredito que não pois já aparece em <History>), se for para incluir continua errado. Se for para aparecer só o ano, como era gerado antes, então está correto:

<Article>
      <Journal>
         <PublisherName>Instituto de Medicina Tropical</PublisherName>
         <JournalTitle>Rev Inst Med Trop Sao Paulo</JournalTitle>
         <Issn>1678-9946</Issn>
         <Volume>58</Volume>
         <Issue/>
         <PubDate PubStatus="ppublish">
            <Year>2016</Year>
         </PubDate>
      </Journal>
      <ArticleTitle>In situ CUTANEOUS CELLULAR IMMUNE
                    RESPONSE IN DOGS NATURALLY AFFECTED BY VISCERAL LEISHMANIASIS</ArticleTitle>
      <FirstPage LZero="save">48</FirstPage>
      <ELocationID EIdType="pii">S0036-46652016005000235</ELocationID>
      <ELocationID EIdType="doi">10.1590/S1678-9946201658048</ELocationID>
      <Language>EN</Language>
      <AuthorList>
         <Author>
            <FirstName>Claudio Nazaretian</FirstName>
            <LastName>ROSSI</LastName>
            <Affiliation>University of Sao Paulo, Department of Clinics,
                    School of Veterinary Medicine and Animal Science. São Paulo, SP,
                    Brazil.</Affiliation>
         </Author>
         <Author>
            <FirstName>Thaise Yumie</FirstName>
            <LastName>TOMOKANE</LastName>
            <Affiliation>University of Sao Paulo, Department of
                    Pathology (LIM-50), Medical School. São Paulo, SP, Brazil.</Affiliation>
         </Author>
         <Author>
            <FirstName>Luis Fábio da Silva</FirstName>
            <LastName>BATISTA</LastName>
            <Affiliation>University of Sao Paulo, Department of
                    Pathology, School of Veterinary Medicine and Animal Science. São Paulo, SP,
                    Brazil.</Affiliation>
         </Author>
         <Author>
            <FirstName>Mary</FirstName>
            <LastName>MARCONDES</LastName>
            <Affiliation>Sao Paulo State University, Department of
                    Animal Health and Production, School of Veterinary Medicine. Araçatuba, SP,
                    Brazil.</Affiliation>
         </Author>
         <Author>
            <FirstName>Carlos Eduardo</FirstName>
            <LastName>LARSSON</LastName>
            <Affiliation>University of Sao Paulo, Department of Clinics,
                    School of Veterinary Medicine and Animal Science. São Paulo, SP,
                    Brazil.</Affiliation>
         </Author>
         <Author>
            <FirstName>Márcia Dalastra</FirstName>
            <LastName>LAURENTI</LastName>
            <Affiliation>University of Sao Paulo, Department of
                    Pathology (LIM-50), Medical School. São Paulo, SP, Brazil.</Affiliation>
         </Author>
      </AuthorList>
      <PublicationType>Journal Article</PublicationType>
      <ArticleIdList>
         <ArticleId IdType="pii">S0036-46652016005000235</ArticleId>
         <ArticleId IdType="doi">10.1590/S1678-9946201658048</ArticleId>
      </ArticleIdList>
      <History>
         <PubDate PubStatus="received">
            <Year>2015</Year>
            <Month>09</Month>
            <Day>21</Day>
         </PubDate>
         <PubDate PubStatus="accepted">
            <Year>2015</Year>
            <Month>12</Month>
            <Day>17</Day>
         </PubDate>
         <PubDate PubStatus="aheadofprint">
            <Year>2016</Year>
            <Month>07</Month>
            <Day>11</Day>
         </PubDate>
      </History>
      <Abstract>
                SUMMARY
                Thirty-eight dogs naturally affected by visceral leishmaniasis were recruited in
                        Araçatuba, São Paulo State, Brazil - an endemic area for
                    visceral leishmaniasis. The animals were distributed into one of two groups,
                    according to their clinical and laboratory features, as either symptomatic or
                    asymptomatic dogs. Correlations between clinical features and inflammatory
                    patterns, cellular immune responses, and parasitism in the macroscopically
                    uninjured skin of the ear were investigated. Histological skin patterns were
                    similar in both groups, and were generally characterized by a mild to intense
                    inflammatory infiltrate in the dermis, mainly consisting of mononuclear cells.
                    There was no difference in the number of parasites in the skin (amastigotes/mm²)
                    between the two groups. Concerning the characterization of the cellular immune
                    response, the number of positive inducible nitric oxide synthase
                        (iNOS+) cells was higher in the dermis of symptomatic than in
                    asymptomatic dogs (p = 0.0368). A positive correlation between
                    parasite density and macrophages density (p = 0.031),
                        CD4+ T-cells (p = 0.015), and CD8+
                    T-cells (p = 0.023) was observed. Furthermore, a positive
                    correlation between density of iNOS+ cells and CD3+
                    T-cells (p = 0.005), CD4+ T-cells
                        (p = 0.001), and CD8+ T-cells
                        (p = 0.0001) was also found. The results showed the
                    existence of a non-specific chronic inflammatory infiltrate in the dermis of
                    dogs affected by visceral leishmaniasis, characterized by the presence of
                    activated macrophages and T-lymphocytes, associated to cutaneous parasitism,
                    independent of clinical status.
            </Abstract>
   </Article>
RPostalli commented 8 years ago

@luanaaraujo inseri a tag de mes e tenta validar no validador PubMed e me diga se acusa erro por favor.

luanaaraujo commented 8 years ago

Deu erro.

suelylc commented 8 years ago

No caso de Rolling Pass faço meus comentário junto aos da @luanaaraujo : o pub-date somente com o ano e a data de publicação no SciELO posicionada no histórico. Isso não dá erro no validador e ao contrário também não dá, mas precisamos saber qual de fato é a estrutura correta para modelo Rollin pass no PUBMED, to verificando o guia

luanaaraujo commented 8 years ago

O validador dá erro pois espera a data completa (dia/mês/ano). E essa data completa já será apresentada em <History>:

daerrrrrrrrrrro

RPostalli commented 8 years ago

@luanaaraujo obrigada. Então OK seguir com a informação de data de fascículo somente com ANO.

@suelylc não existe regra para RPass em PubMed, a @marciamorgan já havia buscado, por isso estamos usando algo similar com o descrito para AOP.

@robertatakenaka atualizando a regra final (Note que agora AOP e RPass fica igual).

Como devem ser geradas as datas destes documento?

FASCÍCULO = 1 DATA em journal-meta data do tipo ppublish do fascículo (só com ano) `

2016

`

em history NADA

AOP = 1 DATA em journal-meta data do tipo aheadofprint do artigo (sempre terá dia, mês e ano) `

2016 
        <Month>07</Month>
        <Day>11</Day>
     </PubDate>`

em history NADA

EXCLUSÃO DE AOP E RPASS = 2 DATAS em journal-meta data do tipo ppublish do fascículo (só com ano) `

2016

`

em history data do tipo aheadofprint do artigo (sempre terá dia, mês e ano) `

2016 
        <Month>07</Month>
        <Day>11</Day>
     </PubDate>`
marciamorgan commented 8 years ago

@RPostalli @robertatakenaka @luanaaraujo @robertatakenaka Renata, eu não procurei no Pubmed informação sobre xml de publicação continuada.

luanaaraujo commented 8 years ago

@robertatakenaka Então o xml de publicação continuada está correto.

RPostalli commented 8 years ago

@marciamorgan achei que tivesse. @suelylc então prossiga com sua busca e nos informe se existe algo que diferencie AOP de RPass. Obrigada.

robertatakenaka commented 8 years ago

@luanaaraujo e @RPostalli : o erro comentado por luana é devido a ordem month year.

suelylc commented 8 years ago

@RPostalli @luanaaraujo @marciamorgan Orientações sobre Rpass http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK3828/#publisherhelp.How_do_I_submit_citation_a

Sobre a tag de History: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK3828/#publisherhelp.How_do_I_use_the__History