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UTF-8 é a codificação padrão em XMLs, e portanto para este caso a declaração é opcional.
@gustavofonseca como o envio manual depende de baixar o arquivo diretamente do article-meta seria adequado já deixar automático para que a declaração não seja inserida manualmente. Não é possível realizar essa alteração?
Inserir UTF-8 nos arquivos SciELOCI no article-meta Exemplo: http://articlemeta.scielo.org/api/v1/article/?code=S1808-16572018000100237&format=xmlwos