测序数据 解压和压缩

[seeu100]

有几种方式，这是对其效率的测试。

import os
import time
a= time.time()
#os.system('gunzip 1-Input_sequence_R2.fastq.gz')  # 89s
#os.system('./unpigz -p 4 1-Input_sequence_R2.fastq.gz') #37s

#os.system('gzip 1-Input_sequence_R2.fastq')       # 1200s
#os.system('./pigz -p 4 1-Input_sequence_R2.fastq') # 292s

b=time.time()
print b-a

最终pigz得胜，使用方法如下：

unpigz -p 4 1-Input_sequence_R2.fastq.gz #解压
pigz -p 4 1-Input_sequence_R2.fastq #压缩

-p是cpu线程数