ArchLinux 生物学软件

[seeu100]

Arch Linux 庞大的的AUR软件库对于装软件的人来说是一种福音。

利用paru、yay等AUR helper 可以直接安装。

目前ArchLinux官方库和AUR里有的软件

下面是对列出的生物信息学软件按照其主要作用分类和简要说明，并非严格意义上的排序，因为这些软件服务于不同的生物信息学任务，无法直接进行顺序排列：

1. 序列比对工具

   • MAFFT：快速、灵活的多重序列比对工具，适合处理大规模的蛋白质或核酸序列集。
   • ClustalW：经典的多序列比对软件，常用于小到中规模序列的比对分析。
   • muscle：高效、准确的多序列比对程序，能够快速产生高质量的比对结果。

2. 序列修剪

   • Gblocks：从DNA或蛋白质序列比对中移除对齐质量差的位置和高度变异区域。
   • trimal：

3. 进化模型选择

   • jModelTest / modeltest-ng / mrmodeltest：用于选择最优的分子进化模型，对序列数据集的进化速率、替换类型等参数进行估计。

4. 系统发育重建与进化树构建

   • mrbayes：基于贝叶斯方法进行系统发育推断，可以生成概率型系统发育树。
   • mrbayes-mpi：mrbayes的并行版本，用于加速大规模数据分析。
   • iqtree / iqtree-mpi：高性能的系统发育树构建程序，采用集成似然方法。
   • raxml / raxml-ng：快速的最大似然法系统发育树构建软件。
   • **paup***：广泛应用于系统发育、生物地理学和分子进化分析的软件包。
   • phylip：一套历史悠久的系统发育和分子进化分析软件集合。
   • FastTree：快速构建大规模进化树的程序，特别是对于超大数据集。
   • phyml：基于最大似然、贝叶斯和邻接法的系统发育树构建工具。
   • BEAST / BEAST2：贝叶斯进化分析套件，用于估算物种分化时间、种群动态参数等，并构建带时间尺度的系统发育树。
   • paml (PAML): 全称“Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood”，基于最大似然法进行分子进化分析的软件包，特别用于研究基因或蛋白质序列的系统发育和自然选择压力。它包含多个模块，其中最著名的可能是codeml，该模块用来检测正选择（positive selection），通过比较不同基因模型下的似然率，计算ω值（非同义替代速率与同义替代速率的比值），从而推断蛋白质编码基因是否经历过适应性进化。
   • pamlX: PAML的图形用户界面版本。
   • bali-phy: 基于贝叶斯框架进行序列比对和系统发育分析的软件。它能同时估计序列比对和系统发育树，尤其擅长处理高噪声序列数据和具有插入删除事件的数据集。

5. 系统发育图形可视化

   • figtree：绘制系统发育树的图形界面软件，易于阅读和修改。
   • TreeViewX：显示和打印系统发育树，提供了对系统发育树分支的排序功能，并且支持导出SVG矢量图像格式的树状图。

6. 数据分析与辅助工具

   • tracer：贝叶斯分析结果后处理工具，主要用于检查MCMC模拟的收敛性和有效性。
   • seqencematrix：用于生成序列差异矩阵的工具。
   • seaview：交互式多序列比对和系统发育分析软件。
   • MEGA：分子进化遗传分析软件，可进行多种序列分析和系统发育工作。
   • mesquite：整合了多种演化分析方法的交互式软件包。

7. 其他特定用途软件

   • popart：用于展示和分析种群遗传数据的软件。
   • MorphoJ：形态学数据分析工具，适用于形态学特征的系统发育分析。
   • Open DELTA：用于描述分类单元和分析形态数据的软件。
   • QGIS：地理信息系统软件，可用于生态学和地理分布相关的数据分析。
   • RStudio：集成开发环境，支持使用R语言进行广泛的统计分析，包括生物信息学分析。
   • python：编程语言，可通过各种第三方库（如biopython等）进行生物信息学数据处理和分析。

AUR 包名和简介

可在AUR官网查询上游等信息：https://aur.archlinux.org

• aur/mafft 7.525-1 [+14 ~0.00] Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences. https://doi.org/10.1093/molbev/mst010

• aur/mafft-extensions 7.525-1 [+14 ~0.00] MAFFT extensions

• aur/mafft-mpi 7.525-1 [+14 ~0.00] MAFFT MPI support

• aur/mafft-desktop 1.0-1 [+1 ~0.00] Desktop File For MAFFT

• aur/clustal-omega 1.2.4-1 [+12 ~0.00] Protein sequence alignment program

• aur/clustalw 2.1-4 [+4 ~0.00] Clustal W multiple sequence alignment program, version 2.0

• aur/clustalx 2.1-6 [+3 ~0.00] Multiple alignment of nucleic acid and protein sequences

• aur/muscle 5.1-1 [+11 ~0.00] Multiple sequence comparison by log-expectation

• aur/r-airway 1.22.0-1 [+0 ~0.00] RangedSummarizedExperiment for RNA-Seq in airway smooth muscle cells, by Himes et al PLoS One 2014

• aur/r-hsmmsinglecell 1.22.0-2 [+0 ~0.00] Single-cell RNA-Seq for differentiating human skeletal muscle myoblasts (HSMM)

• aur/r-meat 1.14.0-1 [+0 ~0.00] Muscle Epigenetic Age Test

• aur/r-muscle 3.44.0-1 [+0 ~0.00] Multiple Sequence Alignment with MUSCLE

• aur/gblocks 0.91b-7 [+1 ~0.00] A program written in ANSI C language that eliminates poorly aligned positions and divergent regions of an alignment of DNA or protein sequences. https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a026334

• aur/phyml 1:3.3.20220408-1 [+6 ~0.00] Builds phylogenies from DNA or protein sequences using a maximum likelihood approach

• aur/staden-io_lib 1.15.0-1 [+6 ~0.00] DNA sequence assembly (Gap4) and editing and analysis tools (Spin)

• aur/tcoffee 13.46.0.919e8c6b-1 [+6 ~0.00] An alignment tool for Protein, DNA and RNA sequences

• aur/escribe-suite-bin 2_SP55-1 [+5 ~0.00] Evolv eScribe Suite - DNA Management Suite and Ecigstats - INTL Version

• aur/jellyfish 2.3.1-1 [+5 ~0.00] A tool for fast, memory-efficient counting of k-mers in DNA

• aur/diamond 2.1.9-1 [+3 ~0.00] High performance sequence aligner for protein and translated DNA searches with big sequence data. https://doi.org/10.1038/s41592-021-01101-x

• aur/oxdna-cuda 3.6.0-1 [+1 ~0.19] [过时：2024-03-23] DNA/RNA/etc simulator, with CUDA support and analysis tools.

• aur/phyml-mpi 1:3.3.20220408-1 [+1 ~0.00] Builds phylogenies from DNA or protein sequences using a maximum likelihood approach, using multiple processors

• aur/r-minfi 1.48.0-1 [+1 ~0.18] Analyze Illumina Infinium DNA methylation arrays

• aur/sequencematrix 1.9-6 [+1 ~0.00] Taxonomy-aware DNA sequence processing toolkit

• aur/speciesidentifier 1.9-6 [+1 ~0.00] Taxonomy-aware DNA sequence processing toolkit

• aur/genbankexplorer 1.9-6 [+1 ~0.00] Taxonomy-aware DNA sequence processing toolkit

• aur/infernal 1.1.5-1 [+1 ~0.00] Search DNA sequence databases for RNA structure and sequence similarities using covariance models (CMs)

• aur/jmodeltest 2.1.10r20160303-7 [+1 ~0.00] Phylogenetic Model Averaging, more models, new heuristics and high-performance computing. https://doi.org/10.1093/molbev/msn083

• aur/raxmlgui 2.0.10-2 [+1 ~0.00] A new user-friendly program integrating RAxML-NG and ModelTest-NG for cutting-edge phylogenetic analysis. https://doi.org/10.1111/2041-210X.13512

• aur/modeltest-gui 0.1.7-8 [+0 ~0.00] A New and Scalable Tool for the Selection of DNA and Protein Evolutionary Models. https://doi.org/10.1093/molbev/msz189

• aur/modeltest-ng 0.1.7-6 [+0 ~0.00] A New and Scalable Tool for the Selection of DNA and Protein Evolutionary Models. https://doi.org/10.1093/molbev/msz189

• aur/modeltest-ng-mpi 0.1.7-7 [+0 ~0.00] A New and Scalable Tool for the Selection of DNA and Protein Evolutionary Models. https://doi.org/10.1093/molbev/msz189

• aur/mrmodeltest 2.4-1 [+0 ~0.00] C program for selecting DNA substitution models using PAUP*

• aur/paml 4.10.7-1 [+0 ~0.00] Phylogenetic analysis by maximum likelihood. https://doi.org/10.1093/molbev/msm088

• aur/pamlx 1.3.1-4 [+0 ~0.00] A Graphical User Interface for PAML https://doi.org/10.1093/molbev/mst179

• aur/treeviewx 0.5.0-1 [+0 ~0.00] Program to display phylogenetic trees

• aur/ugene 50.0-1 [+1 ~0.00] A free open-source cross-platform bioinformatics software

• aur/menugenerator 1.1-1 [+5 ~0.00] A simple menu generator for fluxbox openbox jwm that uses xdg-menu.

• aur/ugene-bin 49.1-1 [+4 ~0.00] A free cross-platform genome analysis suite (binary release)

• aur/ugene-git 38.1.r485.g113d9908d0-1 [+2 ~0.00] A free cross-platform genome analysis suite.

• aur/ugene-cuda 50.0-1 [+1 ~0.00] A free open-source cross-platform bioinformatics software (with CUDA)

• aur/r-occugene 1.62.0-2 [+0 ~0.00] Functions for Multinomial Occupancy Distribution

• aur/trimal 1.4.1-1 [+0 ~0.00] A tool for automated alignment trimming in large-scale phylogenetic analyses

• aur/python-pytrimal 0.7.0-1 [+0 ~0.00] Cython bindings and Python interface to trimAl, a tool for automated alignment trimming.

• MAFFT（序列比对）

• ClustalW（序列比对）

• muscle

• gblocks

• jmodeltest

• modeltest

• modeltest-ng

• mrmodeltest

• mrbayes（贝叶斯建树）

• mrbayes-mpi

• paup*

• raxml

• raxml-ng

• FastTree

• phyml

• BEAST

• BEAST2

• iqtree

• phylobayes

• phylobayes-mpi

• figtree

• treeviewx

• tracer

• seqencematrix

• phylip

• ugene

• seaview

• MEGA

• mesquite

• paml

• pamlX

• bali-phy

• phylonium

• popart

• MorphoJ

• Open DELTA

• QGIS

• RStudio

• python