Closed selkamand closed 4 months ago
cn80 <- c("BP10MB[0]", "BP10MB[1]", "BP10MB[2]", "BP10MB[3]", "BP10MB[4]",
"BP10MB[5]", "BP10MB[>5]", "BPArm[0]", "BPArm[1]", "BPArm[2]",
"BPArm[3]", "BPArm[4]", "BPArm[5]", "BPArm[6]", "BPArm[7]", "BPArm[8]",
"BPArm[9]", "BPArm[10]", "BPArm[>10 & <=20]", "BPArm[>20 & <=30]",
"BPArm[>30]", "CN[0]", "CN[1]", "CN[2]", "CN[3]", "CN[4]", "CN[>4 & <=8]",
"CN[>8]", "CNCP[0]", "CNCP[1]", "CNCP[2]", "CNCP[3]", "CNCP[4]",
"CNCP[>4 & <=8]", "CNCP[>8]", "OsCN[0]", "OsCN[1]", "OsCN[2]",
"OsCN[3]", "OsCN[4]", "OsCN[>4 & <=10]", "OsCN[>10]", "SS[<=2]",
"SS[>2 & <=3]", "SS[>3 & <=4]", "SS[>4 & <=5]", "SS[>5 & <=6]",
"SS[>6 & <=7]", "SS[>7 & <=8]", "SS[>8]", "NC50[<=2]", "NC50[3]",
"NC50[4]", "NC50[5]", "NC50[6]", "NC50[7]", "NC50[>7]", "BoChr[1]",
"BoChr[2]", "BoChr[3]", "BoChr[4]", "BoChr[5]", "BoChr[6]", "BoChr[7]",
"BoChr[8]", "BoChr[9]", "BoChr[10]", "BoChr[11]", "BoChr[12]",
"BoChr[13]", "BoChr[14]", "BoChr[15]", "BoChr[16]", "BoChr[17]",
"BoChr[18]", "BoChr[19]", "BoChr[20]", "BoChr[21]", "BoChr[22]",
"BoChr[23]")
CN176 <- c("E:HH:0:AA", "E:HH:0:BB", "E:HH:1:AA", "E:HH:1:BB", "E:HH:2:AA",
"E:HH:2:BB", "E:HH:3:AA", "E:HH:3:BB", "E:HH:4:AA", "E:HH:4:BB",
"E:HH:5-8:AA", "E:HH:5-8:BB", "E:HH:9+:AA", "E:HH:9+:BB", "E:HL:1:AA",
"E:HL:2:AA", "E:HL:3:AA", "E:HL:3:BB", "E:HL:4:AA", "E:HL:4:BB",
"E:HL:5-8:AA", "E:HL:5-8:BB", "E:HL:9+:AA", "E:HL:9+:BB", "E:LH:1:AA",
"E:LH:2:AA", "E:LH:3:AA", "E:LH:3:BB", "E:LH:4:AA", "E:LH:4:BB",
"E:LH:5-8:AA", "E:LH:5-8:BB", "E:LH:9+:AA", "E:LH:9+:BB", "E:LL:1:AA",
"E:LL:2:AA", "E:LL:3:AA", "E:LL:3:BB", "E:LL:4:AA", "E:LL:4:BB",
"E:LL:5-8:AA", "E:LL:5-8:BB", "E:LL:9+:AA", "E:LL:9+:BB", "L:HH:0:AA",
"L:HH:0:BB", "L:HH:1:AA", "L:HH:1:BB", "L:HH:2:AA", "L:HH:2:BB",
"L:HH:3:AA", "L:HH:3:BB", "L:HH:4:AA", "L:HH:4:BB", "L:HH:5-8:AA",
"L:HH:5-8:BB", "L:HH:9+:AA", "L:HH:9+:BB", "L:HL:1:AA", "L:HL:2:AA",
"L:HL:3:AA", "L:HL:3:BB", "L:HL:4:AA", "L:HL:4:BB", "L:HL:5-8:AA",
"L:HL:5-8:BB", "L:HL:9+:AA", "L:HL:9+:BB", "L:LH:1:AA", "L:LH:2:AA",
"L:LH:3:AA", "L:LH:3:BB", "L:LH:4:AA", "L:LH:4:BB", "L:LH:5-8:AA",
"L:LH:5-8:BB", "L:LH:9+:AA", "L:LH:9+:BB", "L:LL:1:AA", "L:LL:2:AA",
"L:LL:3:AA", "L:LL:3:BB", "L:LL:4:AA", "L:LL:4:BB", "L:LL:5-8:AA",
"L:LL:5-8:BB", "L:LL:9+:AA", "L:LL:9+:BB", "M:HH:0:AA", "M:HH:0:BB",
"M:HH:1:AA", "M:HH:1:BB", "M:HH:2:AA", "M:HH:2:BB", "M:HH:3:AA",
"M:HH:3:BB", "M:HH:4:AA", "M:HH:4:BB", "M:HH:5-8:AA", "M:HH:5-8:BB",
"M:HH:9+:AA", "M:HH:9+:BB", "M:HL:1:AA", "M:HL:2:AA", "M:HL:3:AA",
"M:HL:3:BB", "M:HL:4:AA", "M:HL:4:BB", "M:HL:5-8:AA", "M:HL:5-8:BB",
"M:HL:9+:AA", "M:HL:9+:BB", "M:LH:1:AA", "M:LH:2:AA", "M:LH:3:AA",
"M:LH:3:BB", "M:LH:4:AA", "M:LH:4:BB", "M:LH:5-8:AA", "M:LH:5-8:BB",
"M:LH:9+:AA", "M:LH:9+:BB", "M:LL:1:AA", "M:LL:2:AA", "M:LL:3:AA",
"M:LL:3:BB", "M:LL:4:AA", "M:LL:4:BB", "M:LL:5-8:AA", "M:LL:5-8:BB",
"M:LL:9+:AA", "M:LL:9+:BB", "S:HH:0:AA", "S:HH:0:BB", "S:HH:1:AA",
"S:HH:1:BB", "S:HH:2:AA", "S:HH:2:BB", "S:HH:3:AA", "S:HH:3:BB",
"S:HH:4:AA", "S:HH:4:BB", "S:HH:5-8:AA", "S:HH:5-8:BB", "S:HH:9+:AA",
"S:HH:9+:BB", "S:HL:1:AA", "S:HL:2:AA", "S:HL:3:AA", "S:HL:3:BB",
"S:HL:4:AA", "S:HL:4:BB", "S:HL:5-8:AA", "S:HL:5-8:BB", "S:HL:9+:AA",
"S:HL:9+:BB", "S:LH:1:AA", "S:LH:2:AA", "S:LH:3:AA", "S:LH:3:BB",
"S:LH:4:AA", "S:LH:4:BB", "S:LH:5-8:AA", "S:LH:5-8:BB", "S:LH:9+:AA",
"S:LH:9+:BB", "S:LL:1:AA", "S:LL:2:AA", "S:LL:3:AA", "S:LL:3:BB",
"S:LL:4:AA", "S:LL:4:BB", "S:LL:5-8:AA", "S:LL:5-8:BB", "S:LL:9+:AA",
"S:LL:9+:BB")
SV38 <- c("clustered:del:<1Kb", "clustered:del:>10Mb", "clustered:del:1-10Kb",
"clustered:del:10-100Kb", "clustered:del:100Kb-1Mb", "clustered:del:1Mb-10Mb",
"clustered:inv:<1Kb", "clustered:inv:>10Mb", "clustered:inv:1-10Kb",
"clustered:inv:10-100Kb", "clustered:inv:100Kb-1Mb", "clustered:inv:1Mb-10Mb",
"clustered:tds:<1Kb", "clustered:tds:>10Mb", "clustered:tds:1-10Kb",
"clustered:tds:10-100Kb", "clustered:tds:100Kb-1Mb", "clustered:tds:1Mb-10Mb",
"clustered:trans", "non-clustered:del:<1Kb", "non-clustered:del:>10Mb",
"non-clustered:del:1-10Kb", "non-clustered:del:10-100Kb", "non-clustered:del:100Kb-1Mb",
"non-clustered:del:1Mb-10Mb", "non-clustered:inv:<1Kb", "non-clustered:inv:>10Mb",
"non-clustered:inv:1-10Kb", "non-clustered:inv:10-100Kb", "non-clustered:inv:100Kb-1Mb",
"non-clustered:inv:1Mb-10Mb", "non-clustered:tds:<1Kb", "non-clustered:tds:>10Mb",
"non-clustered:tds:1-10Kb", "non-clustered:tds:10-100Kb", "non-clustered:tds:100Kb-1Mb",
"non-clustered:tds:1Mb-10Mb", "non-clustered:trans")